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- PDB-7nro: Crystal structure of AlkB in complex with manganese and N-(4-((6-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nro
タイトルCrystal structure of AlkB in complex with manganese and N-(4-((6-((carboxymethyl)carbamoyl)-5-hydroxypyridin-2-yl)amino)phenyl)-N-oxohydroxylammonium
要素Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
キーワードOXIDOREDUCTASE / Alpha ketoglutarate and iron dependent oxygenase / DNA Demethylase / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding ...response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA repair / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-UPW / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Shishodia, S. / Maheswaran, P. / Leissing, T. / Aik, W.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Design of Selective Fat Mass and Obesity Associated Protein (FTO) Inhibitors.
著者: Shishodia, S. / Demetriades, M. / Zhang, D. / Tam, N.Y. / Maheswaran, P. / Clunie-O'Connor, C. / Tumber, A. / Leung, I.K.H. / Ng, Y.M. / Leissing, T.M. / El-Sagheer, A.H. / Salah, E. / Brown, ...著者: Shishodia, S. / Demetriades, M. / Zhang, D. / Tam, N.Y. / Maheswaran, P. / Clunie-O'Connor, C. / Tumber, A. / Leung, I.K.H. / Ng, Y.M. / Leissing, T.M. / El-Sagheer, A.H. / Salah, E. / Brown, T. / Aik, W.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2021年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年12月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4923
ポリマ－24,1041
非ポリマー3882
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.880, 38.750, 40.250
Angle α, β, γ (deg.)77.600, 75.380, 66.140
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB / Alkylated DNA repair protein AlkB / DNA oxidative demethylase AlkB


分子量: 24103.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: alkB, aidD, b2212, JW2200
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P05050, DNA oxidative demethylase
#2: 化合物 ChemComp-UPW / 2-[[6-[(4-nitrophenyl)amino]-3-oxidanyl-pyridin-2-yl]carbonylamino]ethanoic acid


分子量: 333.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 % / 解説: rhombohedral 150um x 150um x 100 um
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 2mM MnCl2, 0.1M NaCl, 22% w/v PEG 3350, AlkB protein 20mg/ml, 2mM N-(4-((6-((carboxymethyl)carbamoyl)-5-hydroxypyridin-2-yl)amino)phenyl)-N-oxohydroxylammonium, 0.5% v/v DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日 / 詳細: K-B mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→35.15 Å / Num. obs: 50272 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 13.08 Å2 / CC1/2: 0.9935 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.48
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.0754 / Mean I/σ(I) obs: 12.16 / Num. unique obs: 2464 / CC1/2: 0.9906 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.091 / % possible all: 90.82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
xia20.6.277データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FDJ

2fdj


解像度: 1.25→35.15 Å / SU ML: 0.0951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.09 / 位相誤差: 16.1124
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1639 2427 4.83 %
Rwork0.1463 47841 -
obs0.1471 50268 92.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→35.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1563 0 25 279 1867
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01171722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20432354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0895242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0169335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8551658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.280.1811280.17572728X-RAY DIFFRACTION91.01
1.28-1.30.18451500.16462807X-RAY DIFFRACTION92.23
1.3-1.330.1571470.1612815X-RAY DIFFRACTION92.3
1.33-1.370.16561260.16712810X-RAY DIFFRACTION93.21
1.37-1.40.18751390.1682806X-RAY DIFFRACTION93.08
1.4-1.450.19291610.16242841X-RAY DIFFRACTION93.37
1.45-1.490.17281410.15342834X-RAY DIFFRACTION93.38
1.49-1.550.15451500.14382862X-RAY DIFFRACTION93.69
1.55-1.610.16661280.14632827X-RAY DIFFRACTION93.66
1.61-1.680.17171320.14512836X-RAY DIFFRACTION93.3
1.68-1.770.17411330.15062819X-RAY DIFFRACTION93.06
1.77-1.880.17321580.14432781X-RAY DIFFRACTION92.74
1.88-2.020.14761520.13632824X-RAY DIFFRACTION93.09
2.03-2.230.14031330.12832824X-RAY DIFFRACTION92.84
2.23-2.550.1751340.13292818X-RAY DIFFRACTION93.03
2.55-3.210.15171620.13992815X-RAY DIFFRACTION92.94
3.21-35.150.17041530.15812794X-RAY DIFFRACTION92.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9073006415920.271114986320.4053695504171.77036426532-1.964783089273.29385519363-0.101760890119-0.04063291794270.1693142949540.08401183546520.05901078889490.0574467734676-0.452362600169-0.180928403457-0.02300292781520.1232905881530.00682974312369-0.006964630605440.123918787429-0.004695086306040.154652895422.112426242116.0820668527-3.34945392936
21.38335128891.575907825230.3606195231711.853625807980.4640994691070.121452885187-0.07496033053310.3414429238060.0371994289193-0.5019341588950.0677431039525-0.3057363194630.04698929278210.130343287445-0.02389230720450.1417579613550.003043117708750.02067603113930.15622547033-0.01036599150590.1293236295376.951101578520.599115124017-14.9735495166
30.715429393485-0.3522672718110.07381137328590.58019381850.04764448120780.0703323476307-0.0094201731025-0.251524647288-0.1077061341810.0621037229480.03124971357670.01962996848220.174054287210.0420427472290.1915971353290.143478197642-0.0121037051402-0.003920025086580.130087988866-0.00671104704530.167900634962-4.83083667579-9.96788105683-2.59860129015
41.326694777810.1037564745980.3544508115890.9771436533490.2472341779470.374883165840.122053975115-0.376397547061-0.3730652810570.347779399523-0.07945575896150.05589826317620.364208953663-0.299255185670.02922794595170.187509750111-0.02865112385-0.008165968604910.1728031861680.0215080765190.2014634900613.01074804333-9.230020458612.78311001265
50.0301867102965-0.0258182286923-0.03650043689060.03100596640.001423902593660.0360375917308-0.1007756037920.0445577400889-0.156949937065-0.07383968222510.0489586102786-0.09497743139220.07348893572720.0284414124608-0.0309458567470.114717201990.007412362034250.005222576492550.0903822243601-0.01266775786440.2031491620049.41926080135-11.1772703804-3.93257486614
60.0874069389581-0.246018737747-0.2933242424080.8054639944760.9513243176481.15362914124-0.03125110891390.05766796499230.2304810855450.02916083722670.101870749941-0.248048586693-0.07441033220930.206485681915-0.06032688420570.119506956136-0.01420475223-0.0009484110582670.132844077503-0.01182784184950.16963078419512.9639312328.93498233548-4.64216706193
70.213471655696-0.002668860273890.2187400911371.173899983940.7077393862881.2838460146-0.0414593143864-0.0272698457552-0.06164270067770.1096567471380.124888933691-0.264071969875-0.001828549399240.1625648442250.4759411033180.06855448976870.023270868603-0.03098496452160.04200212689130.01580500153070.06251644367522.041292143892.389053873523.63752565775
80.673021539283-0.02188031819650.1141949529420.596227909623-0.2513056287210.222448354272-0.048993612171-0.1053267398650.08141555587630.1201913579930.06367927510770.0436250161177-0.0730911107909-0.05456971418920.07421988795740.1002557487260.01333032508740.002805580626510.108077259436-0.008100131610950.0920308796982-5.42365222589.697694337961.61236780162
90.005907848359060.0265063138293-0.00415991454440.0132178407916-0.01600606474030.002195667041730.00723694039737-0.1517902824850.02015562842630.0437912507856-0.01033802466640.00822265985042-0.0206722585655-0.0128609139754-0.0002343350240680.1430603323220.00456372011089-0.006341036531720.159252651593-0.00161270306260.115252039537-3.413134930067.51944256269.42199475271
100.187667777660.0642827908255-0.1319210963730.2783586277240.05719173293980.0961336463766-0.036444820096-0.0131302023450.01058727443030.02024600150680.0390474139973-0.02179011598880.0181311869761-0.0414020457216-0.08499222769350.0908463496251-0.00896542927218-0.0118680829870.1093067244350.002774125191120.0843405259417-2.404475080183.26085547842-7.09316728041
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 14 through 29 )14 - 291 - 16
22chain 'A' and (resid 30 through 41 )30 - 4117 - 28
33chain 'A' and (resid 42 through 59 )42 - 5929 - 46
44chain 'A' and (resid 60 through 79 )60 - 7947 - 66
55chain 'A' and (resid 80 through 93 )80 - 9367 - 80
66chain 'A' and (resid 94 through 106 )94 - 10681 - 93
77chain 'A' and (resid 107 through 142 )107 - 14294 - 129
88chain 'A' and (resid 143 through 179 )143 - 179130 - 166
99chain 'A' and (resid 180 through 189 )180 - 189167 - 176
1010chain 'A' and (resid 190 through 215 )190 - 215177 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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