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- PDB-7nr6: Structure of NUDT15 in complex with NSC56456 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nr6
タイトルStructure of NUDT15 in complex with NSC56456
要素Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / complex / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...nucleoside phosphate catabolic process / purine nucleotide catabolic process / nucleotide diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / dGTP catabolic process / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / DNA protection / Azathioprine ADME / regulation of proteasomal protein catabolic process / xenobiotic catabolic process / response to reactive oxygen species / mitotic cell cycle / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-azanyl-9-cyclohexyl-3~{H}-purine-6-thione / Nucleotide triphosphate diphosphatase NUDT15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rehling, D. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-03406 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coupling cellular target engagement to drug-induced responses with CeTEAM
著者: Valerie, N.C.K. / Rehling, D. / Stenmark, P.
履歴
登録2021年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
B: Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9418
ポリマ－37,2702
非ポリマー6716
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.843, 49.032, 135.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Probable 8-oxo-dGTP diphosphatase NUDT15 / 8-oxo-dGTPase NUDT15 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / ...8-oxo-dGTPase NUDT15 / 7 / 8-dihydro-8-oxoguanine-triphosphatase NUDT15 / MutT homolog 2 / MTH2 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 15 / Nudix motif 15


分子量: 18635.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT15, MTH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NV35, nucleotide diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-UO8 / 2-azanyl-9-cyclohexyl-3~{H}-purine-6-thione


分子量: 249.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2M sodium acetate, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→67.69 Å / Num. obs: 29634 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 24.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.919 / Num. unique obs: 1714 / CC1/2: 0.757 / Rpim(I) all: 0.371 / Rrim(I) all: 0.993

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BON

5bon


解像度: 1.8→67.69 Å / SU ML: 0.1893 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5802
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 1419 4.81 %
Rwork0.1872 28109 -
obs0.1882 29528 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→67.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2464 0 44 284 2792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00572629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82243575
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5813975
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.860.29581300.24732767X-RAY DIFFRACTION99.52
1.86-1.940.27981430.23132766X-RAY DIFFRACTION99.11
1.94-2.030.22591480.21432731X-RAY DIFFRACTION99
2.03-2.130.24631190.19942828X-RAY DIFFRACTION99.83
2.13-2.270.22021260.20542793X-RAY DIFFRACTION99.83
2.27-2.440.241370.20922796X-RAY DIFFRACTION99.19
2.44-2.690.21591500.20612780X-RAY DIFFRACTION99.49
2.69-3.080.21311540.20332837X-RAY DIFFRACTION99.67
3.08-3.880.1951450.16132861X-RAY DIFFRACTION99.34
3.88-67.690.17091670.16382950X-RAY DIFFRACTION98.39
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.253242045431.13150392018-0.4258774066711.520779577580.6053697113282.077112235030.002244067644430.2940732887540.0214363805442-0.0926415742331-0.01245157112730.3625114675870.338012804671-0.483033750645-0.02809263717440.1786280529480.023088780170.0154802229280.1269742891420.01923654356950.11198373170552.708694193655.3900957245289.63470132
22.688179475180.966908443792-1.047635802442.24848426538-0.4479682930681.01272991107-0.01594070030490.06762875683580.2834950786440.0684081950560.1267685820680.2090806371430.0451586240981-0.1536112506530.02684406339790.1212027572960.02274259092470.004691918160110.1059717955090.01977769136890.13600982328256.439969552863.2741833426293.438963241
31.372670801621.307751589770.2655718639381.1574817353-0.5308342909032.17162139911-0.04928480562630.143801202868-0.188738842418-0.05427017482830.1144089979550.2080088641460.241026894004-0.565066240636-0.005878019079760.241782214794-0.02327710239310.008744324245970.2806537851710.0188206701080.1801357895749.312397799550.7390366677290.389098599
42.071416298531.34894726084-0.5790536323981.512668997670.2270505961130.889302184078-0.1308265224770.189457704694-0.181442841904-0.2453567848160.126429811948-0.1444907975290.2905305044440.124143977311-5.79703962965E-70.229462112630.02463081344710.01700308887450.1993605226640.01429212530290.18915624352664.789216649157.2274159245283.235627036
52.273149053511.31564802964-0.8274936939281.86834775146-0.6992368998142.854677739730.0121537662960.2384353245830.400884848270.004432036005370.1169543539130.25928764019-0.3274761286760.09815946490250.0370150466760.1414076087210.00776489381092-0.00225336029370.1383982546460.05258379941730.18420964516873.024998913277.7005561238281.145418845
61.17456971531-0.1918362630340.1467145608980.378469588776-0.5673252991880.9295291934230.0690812877561-0.02894069450291.053037080690.3585524481820.1591329282190.037925709673-0.6535421295060.3011242074850.09325622295770.311992798220.01497007910260.07757596437590.0874878565433-0.0462285484530.44932125993265.84538932878.3424097411291.168928083
71.463709687020.462310855047-0.3779248479921.188054158330.02631143693561.841128341950.1079626457570.0684993524160.2354127375270.01135176537030.0395274056336-0.0947458613694-0.4271969312610.4763515395050.01005307030060.268275985845-0.07427233880440.04709553849380.2315677336460.03378077137460.22009506911981.938579532282.8929507632280.78618401
81.637041306251.62475278416-0.2625743203581.60597404908-0.7850554828051.264045549250.0433032531449-0.1949237565670.00967049527440.0872632949508-0.0558884479916-0.110814352423-0.09070461148630.356737757477-5.26582934861E-70.2075748800080.00793925002932-0.01826832360270.2449031982550.008885082976430.21113609949875.466521335270.3764502446292.610255052
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain A and resid 11:45)AA11 - 451 - 35
22(chain A and resid 46:105)AA46 - 10536 - 98
33(chain A and resid 106:134)AA106 - 13499 - 127
44(chain A and resid 135:163)AA135 - 163128 - 156
55(chain B and resid 11:84)BE11 - 841 - 77
66(chain B and resid 85:99)BE85 - 9978 - 92
77(chain B and resid 100:132)BE100 - 13293 - 125
88(chain B and resid 133:163)BE133 - 163126 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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