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- PDB-7nqh: 55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRF1a and P-site tRNAMet -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nqh
タイトル55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRF1a and P-site tRNAMet
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 3
  • (39S ribosomal protein ...) x 2
  • (Mitochondrial ribosomal protein ...) x 38
  • 12S rRNA
  • 16S rRNA
  • Aurora kinase A interacting protein 1
  • Death associated protein 3
  • ICT1
  • Mitoribosomal protein ms28, mrps28
  • Mrpl34
  • Pentatricopeptide repeat domain 3
  • Peptide chain release factor 1-like, mitochondrial
  • Ribosomal protein
  • bL17m
  • bL31m
  • bL32m
  • bL33m
  • bS21m
  • bS6m
  • mL40
  • mL42
  • mL44
  • mL52
  • mL53
  • mL54
  • mL62 (ICT1)
  • mL64
  • mRNA
  • mS23
  • mS33
  • mS34
  • mS37
  • tRNA(Phe) in LSU
  • tRNAMet
  • uL13m
  • uL14m
  • uL15m
  • uL16m
  • uL22m
  • uL23m
  • uL24m
  • uL2m
  • uL30m
  • uS11m
  • uS15m
  • uS17m
  • uS9m
  • unknown
キーワードTRANSLATION / Ribosome / Mitochondria / Termination / mtRF1a / Release
機能・相同性
機能・相同性情報


Hormone ligand-binding receptors / G alpha (q) signalling events / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / ribonuclease III activity ...Hormone ligand-binding receptors / G alpha (q) signalling events / gonadotropin hormone-releasing hormone activity / gonadotropin-releasing hormone receptor binding / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / ribonuclease III activity / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon specific / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial protein degradation / translation release factor activity / mitochondrial large ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / peptidyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial translation / organelle membrane / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / RNA processing / rescue of stalled ribosome / cell junction / regulation of translation / large ribosomal subunit / double-stranded RNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / nuclear membrane / negative regulation of translation / rRNA binding / nuclear body / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / translation / ribonucleoprotein complex / nucleotide binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / : / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily ...Gonadotropin-releasing hormone / Gonadoliberin / Gonadotropin-releasing hormone / Gonadotropin-releasing hormones signature. / : / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / Peptide chain release factor / PCRF domain / PCRF / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Peptide chain release factor class I superfamily / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Prokaryotic-type class I peptide chain release factors signature. / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / : / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / : / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein L53, mitochondrial / 39S ribosomal protein L53/MRP-L53 / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein L35, mitochondrial / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Mitoribosomal protein mL52 / : / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / : / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / : / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal subunit 39S / Ribosomal protein L49/IMG2
類似検索 - ドメイン・相同性
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類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kummer, E. / Schubert, K. / Ban, N.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO) スイス
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural basis of translation termination, rescue, and recycling in mammalian mitochondria.
著者: Eva Kummer / Katharina Noel Schubert / Tanja Schoenhut / Alain Scaiola / Nenad Ban /
要旨: The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as ...The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as a screening tool to identify mitochondrial translation termination mechanisms and to describe them in molecular detail. We show how mitochondrial release factor 1a releases the nascent chain from the ribosome when it encounters the canonical stop codons UAA and UAG. Furthermore, we define how the peptidyl-tRNA hydrolase ICT1 acts as a rescue factor on mitoribosomes that have stalled on truncated messages to recover them for protein synthesis. Finally, we present structural models detailing the process of mitochondrial ribosome recycling to explain how a dedicated elongation factor, mitochondrial EFG2 (mtEFG2), has specialized for cooperation with the mitochondrial ribosome recycling factor to dissociate the mitoribosomal subunits at the end of the translation process.
履歴
登録2021年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12527
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CL: Mitochondrial ribosomal protein L12
DL: Mitochondrial ribosomal protein L12
EL: Mitochondrial ribosomal protein L12
FL: Mitochondrial ribosomal protein L12
GL: Mitochondrial ribosomal protein L12
HL: Mitochondrial ribosomal protein L12
B0: Mitochondrial ribosomal protein L27
B1: Mitochondrial ribosomal protein L28
B2: Mitochondrial ribosomal protein L47
BB: tRNA(Phe) in LSU
BD: uL2m
BE: ICT1
BF: Mitochondrial ribosomal protein L4
BI: Mitochondrial ribosomal protein L9
BJ: Mitochondrial ribosomal protein L10
BK: Mitochondrial ribosomal protein L11
BL: Peptide chain release factor 1-like, mitochondrial
BN: uL13m
BO: uL14m
BP: uL15m
BQ: uL16m
BR: bL17m
BS: Mitochondrial ribosomal protein L18
BT: Mitochondrial ribosomal protein L19
BU: Mitochondrial ribosomal protein L20
BV: Mitochondrial ribosomal protein L21
BW: uL22m
BX: uL23m
BY: uL24m
Ba: Mitochondrial ribosomal protein L37
Bb: Mitochondrial ribosomal protein L38
B3: uL30m
Bc: Mitochondrial ribosomal protein L39
Bd: mL40
Be: Mitochondrial ribosomal protein L41
Bf: mL42
Bg: Mitochondrial ribosomal protein L43
Bh: mL44
Bi: Mitochondrial ribosomal protein L45
Bj: Mitochondrial ribosomal protein L46
Bk: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
Bl: Mrpl34
Bm: Mitochondrial ribosomal protein L50
Bn: Mitochondrial ribosomal protein L51
Bo: mL52
Bp: mL53
Bq: mL54
Bt: Mitochondrial ribosomal protein L57
Bu: mL62 (ICT1)
Bv: mL64
Bw: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
Bx: Mitochondrial ribosomal protein S18A
AA: 12S rRNA
B4: bL31m
B5: bL32m
B6: bL33m
B7: Mitochondrial ribosomal protein L34
AB: Mitochondrial ribosomal protein S2
AC: Mitochondrial ribosomal protein S24
AE: Mitochondrial ribosomal protein S5
AF: bS6m
AG: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
AI: uS9m
AJ: Mitochondrial ribosomal protein S10
AK: uS11m
AL: Mitochondrial ribosomal protein S12
AN: Mitochondrial ribosomal protein S14
AO: uS15m
AP: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
AQ: uS17m
AR: Mitochondrial ribosomal protein S18C
AU: bS21m
AV: tRNAMet
AX: mRNA
AZ: unknown
Aa: Mitochondrial ribosomal protein S22
Ab: mS23
Ac: Mitochondrial ribosomal protein S25
Ad: Mitochondrial ribosomal protein S26
B8: Mitochondrial ribosomal protein L35
Ae: Mitochondrial ribosomal protein S27
Af: Mitoribosomal protein ms28, mrps28
Ag: Death associated protein 3
Ah: Mitochondrial ribosomal protein S31
Ai: mS33
Aj: mS34
Ak: Mitochondrial ribosomal protein S35
Am: mS37
An: Aurora kinase A interacting protein 1
Ao: Pentatricopeptide repeat domain 3
Ap: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
B9: Ribosomal protein
BA: 16S rRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,121,263428
ポリマ－3,111,16493
非ポリマー10,100335
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Mitochondrial ribosomal protein ... , 38種, 43分子 CLDLELFLGLHLB0B1B2BFBIBJBKBSBTBUBVBaBbBcBeBgBiBjBmBnBtBxB7AB...

#1: タンパク質
Mitochondrial ribosomal protein L12


分子量: 21268.975 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ARV8
#2: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L27


分子量: 15943.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RT79
#3: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L28


分子量: 30148.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZTW8
#4: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L47


分子量: 30085.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SGC7
#8: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L4


分子量: 33251.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B9C4
#9: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L9


分子量: 30373.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LR45
#10: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L10


分子量: 29449.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RWJ0
#11: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L11


分子量: 20809.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 178-192 built as poly-Alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RU54
#18: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L18


分子量: 20582.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNK1
#19: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L19


分子量: 33441.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 62 - 70 modeled as poly-Alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LNJ0
#20: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L20


分子量: 17554.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZU56
#21: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L21


分子量: 23154.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RY70
#25: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L37


分子量: 47917.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BIV6
#26: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L38


分子量: 44656.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RW03
#28: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L39


分子量: 38523.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SHP6
#30: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L41


分子量: 15073.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AWS0
#32: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L43


分子量: 17728.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8U4
#34: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L45


分子量: 35331.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGM5
#35: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L46


分子量: 32215.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SRT0
#38: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L50


分子量: 22785.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9H6
#39: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L51


分子量: 15249.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BE26
#43: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 12001.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BP93
#47: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18A


分子量: 22273.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRH6
#52: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L34


分子量: 10871.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A119
#53: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S2


分子量: 31731.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S001
#54: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S24


分子量: 18935.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ANU4
#55: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S5


分子量: 48213.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SU66
#59: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S10


分子量: 23105.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RUU2
#61: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S12 / Mitoribosomal protein us12m / mrps12


分子量: 15257.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL52
#62: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S14 / Mitoribosomal protein us14m / mrps14


分子量: 15120.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL53
#66: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S18C / Mitoribosomal protein bs18m / mrps18c


分子量: 16211.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL54
#71: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S22


分子量: 43234.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AQT5
#73: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S25 / Mitoribosomal protein ms25 / mrps25


分子量: 19954.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL55
#74: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S26


分子量: 23637.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AY01
#75: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein L35


分子量: 21548.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SVC5
#76: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S27


分子量: 51945.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 337-352 built as poly-Alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2R5D6
#79: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S31


分子量: 44091.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RME2
#82: タンパク質 Mitochondrial ribosomal protein S35


分子量: 37104.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SG95

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 BBAAAVAXBA

#5: RNA鎖 tRNA(Phe) in LSU


分子量: 23402.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 76262549
#48: RNA鎖 12S rRNA


分子量: 308989.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 11055671
#68: RNA鎖 tRNAMet


分子量: 22664.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1208989970
#69: RNA鎖 mRNA


分子量: 2839.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#88: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 504852.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 33320725

+
タンパク質 , 39種, 39分子 BDBEBLBNBOBPBQBRBWBXBYB3BdBfBhBlBoBpBqBuBvB4B5B6AFAIAKAOAQAU...

#6: タンパク質 uL2m


分子量: 33270.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RRN2
#7: タンパク質 ICT1 / Mitochondrial ribosomal protein L3


分子量: 43708.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A140UHW4
#12: タンパク質 Peptide chain release factor 1-like, mitochondrial / Mitochondrial translational release factor 1-like / mtRF1a


分子量: 41166.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mtRF1a (residues 33-380) with N-terminal GS-linker / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTRF1L, MTRF1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UGC7
#13: タンパク質 uL13m


分子量: 20633.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GP19
#14: タンパク質 uL14m


分子量: 15955.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BMZ6
#15: タンパク質 uL15m


分子量: 33481.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RSH0
#16: タンパク質 uL16m


分子量: 28680.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RI89
#17: タンパク質 bL17m


分子量: 19268.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RMQ4
#22: タンパク質 uL22m


分子量: 24313.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RQC9
#23: タンパク質 uL23m


分子量: 17643.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 115-133 built as poly-Alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZZC6
#24: タンパク質 uL24m


分子量: 24893.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RHJ1
#27: タンパク質 uL30m


分子量: 18921.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1STE5
#29: タンパク質 mL40


分子量: 24075.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZP98
#31: タンパク質 mL42


分子量: 16680.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 77-100 built as poly-Alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BQA1
#33: タンパク質 mL44


分子量: 37527.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SR64
#37: タンパク質 Mrpl34


分子量: 18957.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0R4J8D6
#40: タンパク質 mL52


分子量: 13813.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S9B7
#41: タンパク質 mL53


分子量: 12015.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A341D604
#42: タンパク質 mL54


分子量: 15957.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Residues 71-87 built as poly-Alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN63
#44: タンパク質 mL62 (ICT1)


分子量: 23545.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 86-92 built as poly-Alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJR2
#45: タンパク質 mL64


分子量: 25815.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZXA6
#49: タンパク質 bL31m


分子量: 15156.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 83-96 built as poly-Alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9J0
#50: タンパク質 bL32m


分子量: 21537.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LTC4
#51: タンパク質 bL33m


分子量: 7508.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZU68
#56: タンパク質 bS6m


分子量: 30365.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LEJ9
#58: タンパク質 uS9m


分子量: 45604.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LU08
#60: タンパク質 uS11m


分子量: 20841.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJJ6
#63: タンパク質 uS15m


分子量: 27411.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BMP0
#65: タンパク質 uS17m


分子量: 14452.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RIU0
#67: タンパク質 bS21m


分子量: 10682.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNB3
#72: タンパク質 mS23


分子量: 21666.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AEW3
#77: タンパク質 Mitoribosomal protein ms28, mrps28


分子量: 21014.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL56
#78: タンパク質 Death associated protein 3


分子量: 46966.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LS10
#80: タンパク質 mS33


分子量: 12544.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8G3
#81: タンパク質 mS34


分子量: 25843.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AVS9
#83: タンパク質 mS37


分子量: 13561.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SU49
#84: タンパク質 Aurora kinase A interacting protein 1


分子量: 22843.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B3R8
#85: タンパク質 Pentatricopeptide repeat domain 3


分子量: 79343.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: residues 201-234 built as poly-Alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GKS8
#87: タンパク質 Ribosomal protein


分子量: 10841.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A731

-
39S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 BkBw

#36: タンパク質 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / 39S ribosomal protein L48 / mitochondrial isoform 1 / Mitochondrial ribosomal protein L48


分子量: 29942.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480J9Z6
#46: タンパク質 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S30


分子量: 49100.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480QIM3

-
28S ribosomal protein ... , 3種, 3分子 AGAPAp

#57: タンパク質 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S7


分子量: 27778.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJ25
#64: タンパク質 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S16


分子量: 15182.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480JTD7
#86: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2


分子量: 29220.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q767K8

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 AZ

#70: タンパク質・ペプチド unknown


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: unknown polypeptide modeled as poly-Alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)

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非ポリマー , 6種, 338分子

#89: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#90: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#91: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#92: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#93: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#94: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1translation termination complex of mitochondrial ribosome with release factor mtRF1a and P-site tRNAMetRIBOSOME#1-#880MULTIPLE SOURCES
2translation termination complex of mitochondrial ribosomeRIBOSOME#1-#11, #13-#67, #70-#881NATURAL
3Peptide chain release factor 1-like, mitochondrialRIBOSOME#121RECOMBINANT
4RNARIBOSOME#68-#691RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Sus scrofa (ブタ)9823
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Escherichia coli (大腸菌)562
24synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47048 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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