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- PDB-7nqf: Prim-Pol Domain of CRISPR-associated Prim-Pol (CAPP) from Marinit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nqf
タイトルPrim-Pol Domain of CRISPR-associated Prim-Pol (CAPP) from Marinitoga sp. 1137 with dsDNA
要素
  • DNA(CGTGDG)
  • TPR_REGION domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / AEP Archaeo-Eukaryotic Primase Apo Prim-Pol Primase-Polymerase Primase Polymerase
機能・相同性: / TOTE conflict system, Archaeo-Eukaryotic Primase domain / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / GTP binding / metal ion binding / : / DNA / TOTE conflict system primase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Marinitoga sp. 1137 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Li, A.W.H. / Doherty, A.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S008691/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M008800/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P007031/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for the initiation of DNA primer synthesis.
著者: Li, A.W.H. / Zabrady, K. / Bainbridge, L.J. / Zabrady, M. / Naseem-Khan, S. / Berger, M.B. / Kolesar, P. / Cisneros, G.A. / Doherty, A.J.
履歴
登録2021年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年5月25日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / struct ...entity_src_gen / struct / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.title / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.32022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TPR_REGION domain-containing protein
B: TPR_REGION domain-containing protein
C: DNA(CGTGDG)
D: DNA(CGTGDG)
E: DNA(CGTGDG)
F: DNA(CGTGDG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,21210
ポリマ－58,9766
非ポリマー2364
水3,063170
1
A: TPR_REGION domain-containing protein
C: DNA(CGTGDG)
D: DNA(CGTGDG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6065
ポリマ－29,4883
非ポリマー1182
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TPR_REGION domain-containing protein
E: DNA(CGTGDG)
F: DNA(CGTGDG)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6065
ポリマ－29,4883
非ポリマー1182
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.041, 160.362, 39.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質 TPR_REGION domain-containing protein


分子量: 25837.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinitoga sp. 1137 (バクテリア)
株: DSM 14283 / JCM 11233 / KA3 / 遺伝子: Marpi_0402 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H2J4R1
#2: DNA鎖
DNA(CGTGDG)


分子量: 1825.216 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sodium cacodylate PEG 4000 Sodium Chloride Spermine Cobalt chloride Guanosine triphosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→80.18 Å / Num. obs: 33089 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 34.34 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.02→2.06 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.986 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1622 / CC1/2: 0.321 / Rpim(I) all: 1.059 / Rrim(I) all: 2.257 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NQD

7nqd


解像度: 2.02→69.44 Å / SU ML: 0.3356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.837
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 1557 4.73 %
Rwork0.2121 31375 -
obs0.2144 32932 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→69.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3615 484 4 170 4273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94235822
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7678716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.090.4071320.35982720X-RAY DIFFRACTION96.51
2.09-2.160.42651520.32662752X-RAY DIFFRACTION99.38
2.16-2.250.34271500.28262805X-RAY DIFFRACTION99.39
2.25-2.350.29141380.25392857X-RAY DIFFRACTION99.83
2.35-2.480.28631360.25142818X-RAY DIFFRACTION99.76
2.48-2.630.26441390.24012850X-RAY DIFFRACTION99.53
2.63-2.830.35821360.2222835X-RAY DIFFRACTION99.7
2.83-3.120.30191450.21872853X-RAY DIFFRACTION99.9
3.12-3.570.2471330.19092903X-RAY DIFFRACTION99.9
3.57-4.50.18771380.16422906X-RAY DIFFRACTION99.54
4.5-69.440.21811580.18943076X-RAY DIFFRACTION99.72
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06710611079410.0453663753508-0.04451362675540.01231787297290.003716933934390.0575619144958-0.133002939639-0.58267911541-0.1231264160230.155312313790.364301965970.02797943976890.77925125313-0.449713973447-1.0047738454E-70.4416564967240.0845797034710.001964477751150.3870501347380.03490643561680.349352307035-42.307843962525.1917312878-3.89756019355
20.1143382019060.1543686922170.1475437365540.02331274868920.1106025128510.164723880491-0.04611662411240.1411080073220.185082559841-0.104252813248-0.336120191885-0.050677748812-0.1013516924280.03550569497261.46462252231E-70.324069340535-0.02057688556270.003036189501650.2383258371740.02454706937160.394650701354-5.629713254129.04966869641-17.3567489388
30.074121130766-0.01932090902770.09389639265760.139998428544-0.04818564831660.0473936214043-0.021650602085-0.3548505042760.53227964349-0.350609784649-0.3060011438920.2489287412650.03364372385370.0567751269-9.53160670868E-70.292855779304-0.01897114376040.02889888835150.2215918068670.01981333375560.36217820071-2.4260551002410.2945631901-12.1898500007
40.0216608350805-0.01694227592340.05931043087080.0153185718992-0.0233250581882-0.0258539199395-0.705442479851-0.421649775195-1.18426648899-0.265356504368-0.283045764555-0.110484192506-0.6987918431660.8528048994052.52977392038E-6-0.929437410785-1.34043053622-0.607969079632-0.497981352762-0.1168018318430.778032357851-27.022917807453.3755184671-15.2260555441
50.02430071075980.02764937106870.0133485796795-0.00265175696331-0.03554936789890.0583231406015-0.0633152707066-0.3772605752920.2313659748860.2021277471520.4935566985310.0713021899679-0.7613729864261.313240325541.94432066241E-60.553078787120.124785124088-0.2050458637140.968585463832-0.1587640969010.884912876433-30.886216573751.1879177833-9.48244652303
60.05430121921410.06440678620230.04101511443650.0267898787212-0.002322016097230.000467339357349-0.08753129035090.186118566662-0.055264850657-0.2165213358080.065250789930.2593171201770.186899655501-0.1174178106099.80263992613E-80.298899040183-0.06126939952320.01353968753560.222477453923-0.02204382806530.319680330533-27.680465566-11.8318154518-12.9730673293
70.674670235822-0.290746011976-0.3850610884150.539050710330.02824252081440.104333951257-0.0104275938656-0.00278045462906-0.404573548866-0.0598151932127-0.0271280052586-0.145212635901-0.0602174703118-0.0054399939814-4.87781476394E-90.2252374529510.006738201818120.02434042779350.2126618832110.01489895224520.335873339763-13.6533826846-8.01268297295-14.0480174174
8-0.25891039778-0.257766501476-0.007740915347890.445120761364-0.2915478805680.217747737546-0.1255430627420.0511389768540.06001126356490.0456005838683-0.0258519444107-0.06876816293260.02613672554680.13941037311-3.95554578327E-80.2366263842890.00100512416663-0.02800395772240.28840949661-0.04673820474330.187485851898-16.67834359829.68727241797-8.85859409218
90.1610860496810.13369006623-0.2237342723490.0601861666991-0.08378994695770.0830129819595-0.02208965167820.01105588413940.07420848917990.0616067592735-0.0323409100676-0.02611491434880.0619950645540.0111785281504-1.25813855813E-60.2308995490910.00599384196024-0.0274229060280.2549970180320.003862487201830.173624422198-26.319651787115.9887599921-2.76198767442
100.134350855784-0.137404379101-0.01272645543420.6499139219150.5126817156780.623421632353-0.0040204290580.0324290546798-0.08130459778530.0413640940106-0.0282987498299-0.0943349165613-0.00623108056208-0.0533157424789-1.15686892056E-70.198075346658-0.0316100597147-0.02668718742780.2335294094230.02625833487120.2288079618-25.61764271859.015521436-15.1349363311
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120.1815396833760.293662386074-0.2954828780910.8201749924670.07654116668450.9924203576790.002395132671390.0755228630269-0.2129652510670.102924393771-0.00143451448630.1679247067670.035992244756-0.0482002991723-3.75023406164E-80.18874551678-0.02693894084260.002772304439640.198783398010.005636706783650.2100008959-27.26068751893.36374350027-11.1965774583
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 315 through 328 )BD315 - 328206 - 219
22chain 'C' and (resid 1 through 6 )CG1 - 6
33chain 'D' and (resid 1 through 6 )DH1 - 6
44chain 'E' and (resid 1 through 6 )EI1 - 6
55chain 'F' and (resid 1 through 6 )FJ1 - 6
66chain 'A' and (resid 111 through 122 )AA111 - 1221 - 12
77chain 'A' and (resid 123 through 165 )AA123 - 16513 - 55
88chain 'A' and (resid 166 through 189 )AA166 - 18956 - 79
99chain 'A' and (resid 190 through 210 )AA190 - 21080 - 100
1010chain 'A' and (resid 211 through 250 )AA211 - 250101 - 140
1111chain 'A' and (resid 251 through 272 )AA251 - 272141 - 162
1212chain 'A' and (resid 273 through 328 )AA273 - 328163 - 218
1313chain 'B' and (resid 110 through 122 )BD110 - 1221 - 13
1414chain 'B' and (resid 123 through 164 )BD123 - 16414 - 55
1515chain 'B' and (resid 165 through 210 )BD165 - 21056 - 101
1616chain 'B' and (resid 211 through 262 )BD211 - 262102 - 153
1717chain 'B' and (resid 263 through 302 )BD263 - 302154 - 193
1818chain 'B' and (resid 303 through 314 )BD303 - 314194 - 205

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る