PDB-7npz: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (R)-N5-cyclopropyl-N3-m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7npz

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (R)-N5-cyclopropyl-N3-methyl-2-oxo-1-(1-phenylethyl)-1,2-dihydropyridine-3,5-dicarboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification of a Series of N -Methylpyridine-2-carboxamides as Potent and Selective Inhibitors of the Second Bromodomain (BD2) of the Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Proteins.
著者: Harrison, L.A. / Atkinson, S.J. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Levernier, E. / Lewis, A. / Lugo, D. / Messenger, C. / Michon, A.M. / Mitchell, D.J. / Preston, A. / ...

履歴

登録	2021年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7npz.cif.gz	62.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7npz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7npz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7npz_validation.pdf.gz	753.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7npz_full_validation.pdf.gz	753.3 KB	表示
XML形式データ	7npz_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	7npz_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/7npz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/7npz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7npyC 7nq0C 7nq1C 7nq2C 7nq3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7jx7-d 5dw1-1 7nq9-d 5dw1-4 7nq8-d 6e6j-5 7npy-d 5dw1-2 5o3f-d 5uer-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.860, 52.310, 31.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-731- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ULH / ~{N}5-cyclopropyl-~{N}3-methyl-2-oxidanylidene-1-[(1~{R})-1-phenylethyl]pyridine-3,5-dicarboxamide 分子量: 339.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→35.93 Å / Num. obs: 30641 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.28→1.31 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1914 / CC_1/2: 0.492 / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: in house

解像度: 1.28→35.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.734 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.052 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1933	1542	5.04 %
R_work	0.1736	29052	-
all	0.175	-	-
obs	-	30594	96.141 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.005 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.003 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→35.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	914	0	37	217	1168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.202	1.658	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.36	1.624	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.916	5	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.727	21.607	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.576	15	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.301	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	487
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.162	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.052	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.845	1.998	452
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.835	1.989	451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.434	4.45	565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.436	4.464	566
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.296	2.305	541
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.294	2.305	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.157	4.98	766
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.155	4.981	767
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.097	20.517	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.095	20.524	1246

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.28-1.313	0.338	95	0.309	1812	0.31	2291	0.781	0.77	83.2388	0.289
1.313-1.349	0.275	111	0.281	1982	0.28	2264	0.842	0.827	92.447	0.259
1.349-1.388	0.252	95	0.246	2029	0.247	2198	0.861	0.88	96.6333	0.219
1.388-1.431	0.253	100	0.22	2003	0.221	2116	0.912	0.91	99.3856	0.198
1.431-1.478	0.199	105	0.212	1963	0.211	2082	0.937	0.923	99.3276	0.187
1.478-1.53	0.218	117	0.194	1882	0.196	2018	0.935	0.941	99.0585	0.171
1.53-1.587	0.206	76	0.178	1841	0.179	1930	0.941	0.95	99.3264	0.158
1.587-1.652	0.217	92	0.176	1751	0.178	1860	0.946	0.954	99.086	0.155
1.652-1.725	0.152	86	0.168	1687	0.167	1778	0.966	0.962	99.7188	0.151
1.725-1.809	0.192	82	0.168	1636	0.169	1741	0.955	0.962	98.6789	0.153
1.809-1.907	0.193	88	0.173	1527	0.174	1638	0.958	0.958	98.5958	0.163
1.907-2.022	0.186	104	0.167	1429	0.168	1563	0.962	0.962	98.0806	0.164
2.022-2.161	0.162	67	0.156	1358	0.156	1461	0.966	0.965	97.5359	0.159
2.161-2.334	0.181	63	0.155	1282	0.157	1381	0.961	0.966	97.3932	0.162
2.334-2.555	0.185	69	0.157	1162	0.159	1280	0.956	0.967	96.1719	0.17
2.555-2.855	0.208	51	0.165	1047	0.167	1147	0.952	0.962	95.728	0.186
2.855-3.293	0.159	48	0.161	920	0.161	1038	0.962	0.957	93.2563	0.185
3.293-4.025	0.173	41	0.148	773	0.149	893	0.957	0.969	91.1534	0.178
4.025-5.657	0.225	35	0.162	605	0.165	708	0.961	0.966	90.3955	0.201
5.657-35.93	0.172	17	0.211	363	0.209	434	0.964	0.959	87.5576	0.268

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 32.9496 Å / Origin y: 10.2421 Å / Origin z: 1.0088 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0258 Å²	0.005 Å²	0.0029 Å²	-	0.0149 Å²	-0.0007 Å²	-	-	0.0059 Å²
L	0.5399 °²	0.1033 °²	0.1008 °²	-	0.3061 °²	0.0465 °²	-	-	0.0737 °²
S	0.0229 Å °	0.0237 Å °	-0.0169 Å °	0.0173 Å °	-0.0128 Å °	-0.0064 Å °	-0.0293 Å °	-0.0087 Å °	-0.0101 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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