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- PDB-7np8: Crystal structure of the Coenzyme F420-dependent sulfite reductas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7np8
タイトルCrystal structure of the Coenzyme F420-dependent sulfite reductase from Methanocaldococcus jannaschii at 2.3-A resolution
要素Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Sulfite detoxification / Sulfur metabolism / sulfide / hydrogenotrophic methanogens / iron-sulfur cluster / sulfite-reductase evolution / sulfite/nitrite reductase / siroheme / flavin / ferredoxin / F420 / hyperthermophile
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfite reductase (coenzyme F420) / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, with an iron-sulfur protein as acceptor / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase FRHB/FDHB/HCAR-like / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily ...Oxidoreductase FRHB/FDHB/HCAR-like / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / 4Fe-4S binding domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / IRON/SULFUR CLUSTER / SULFITE ION / SIROHEME / Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jespersen, M. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society/ ドイツ
German Research Foundation (DFG)Schwerpunktprogram 1927 Iron-sulfur for Life WA 4053/1-1 ドイツ
引用
ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structures of the sulfite detoxifying F 420 -dependent enzyme from Methanococcales.
著者: Jespersen, M. / Pierik, A.J. / Wagner, T.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: The structure of the F420-dependent sulfite-detoxifying enzyme from Methanococcales reveals a prototypical sulfite-reductase with assimilatory traits
著者: Jespersen, M. / Pierik, A.J. / Wagner, T.
履歴
登録2021年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.02023年12月6日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
B: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
C: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
D: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,34493
ポリマ－279,6084
非ポリマー19,73689
水13,908772
1
A: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
B: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
ヘテロ分子

A: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
B: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,49782
ポリマ－279,6084
非ポリマー18,88978
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area49840 Å2
ΔGint-807 kcal/mol
Surface area88120 Å2
手法PISA
2
C: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
D: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
ヘテロ分子

C: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
D: Coenzyme F420-dependent sulfite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,191104
ポリマ－279,6084
非ポリマー20,582100
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area54020 Å2
ΔGint-865 kcal/mol
Surface area88470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.258, 172.202, 195.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1273-

HOH

21B-1296-

HOH

31C-1211-

HOH

41D-1368-

HOH

51D-1377-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Coenzyme F420-dependent sulfite reductase / Sulfite reductase (coenzyme F420)


分子量: 69902.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: / / Variant: / / 組織: / / 参照: UniProt: Q58280, sulfite reductase (coenzyme F420)

-
非ポリマー , 10種, 861分子

#2: 化合物...
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SRM / SIROHEME


分子量: 916.661 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44FeN4O16 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 % / 解説: Black, long plate-shaped crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Purified Fsr from Methanocaldococcus jannaschii was crystallized anaerobically under yellow light at a concentration of 6.1 mg ml-1 in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol and 2 mM ...詳細: Purified Fsr from Methanocaldococcus jannaschii was crystallized anaerobically under yellow light at a concentration of 6.1 mg ml-1 in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol and 2 mM dithiothreitol. 0.5 ul protein sample was mixed with 0.5 ul reservoir of crystallization solution containing 45% v/v 2-Methyl-2,4-pentandiol, 100 mM Bis-Tris pH 5.5 and 200 mM Calcium chloride. Crystals appeared after a few days.
PH範囲: / / Temp details: +/- 1 degree of oscillation

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -k,-h,-l / Fraction: 0.05
反射解像度: 2.299→78.823 Å / Num. obs: 104064 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.251 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.261 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.41 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 1.623 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5203 / CC1/2: 0.629 / Rpim(I) all: 0.459 / Rrim(I) all: 1.688 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
CRANK22.0.227位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→78.82 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.55 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: Refinement was performed with the twin law:-k,-h,-l
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2047 5313 5.11 %
Rwork0.1817 98850 -
obs0.1829 104063 83.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.85 Å2 / Biso mean: 42.4377 Å2 / Biso min: 16.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→78.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19545 0 920 772 21237
Biso mean--46.27 39.71 -
残基数----2478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0120891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.38428290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3053066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.9768159
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2992-2.33890.2988790.27461692177127
2.3389-2.38140.31741260.28161926205231
2.3814-2.42720.3117980.25572282238037
2.4272-2.47670.26771340.26362815294945
2.4767-2.53060.29631580.24683402356055
2.5306-2.58940.28162150.2534100431566
2.5894-2.65410.29682730.25345168544183
2.6541-2.72590.27692870.24695883617095
2.7259-2.80610.28353030.22825903620695
2.8061-2.89660.26413150.22765911622695
2.8966-3.00010.26433250.20795899622495
3.0001-3.12010.24762910.20155917620895
3.1201-3.2620.22863410.19635909625095
3.262-3.43390.21683010.18385981628295
3.4339-3.64880.20143120.17265928624095
3.6488-3.93020.1683290.15995906623595
3.9302-4.32510.16733020.14745995629795
4.3251-4.94960.15263230.13735991631495
4.9496-6.23050.17673210.16186035635695
6.2305-35.66390.1593370.15996207654495
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.687-0.36430.01390.9522-0.17581.0264-0.0014-0.2216-0.01270.02080.04430.1154-0.047-0.0624-0.03540.31080.0221-0.00340.2635-0.02540.271455.72818.9832140.5133
21.559-0.4657-0.8022.02251.36522.54910.008-0.28820.16930.17870.07270.0723-0.13940.0014-0.07370.28990.0226-0.00380.2872-0.00620.321654.701524.5303144.2046
30.52140.1773-0.43770.1999-0.21351.02580.10610.00030.16770.0785-0.00720.098-0.308-0.066-0.12150.36480.05330.00830.2394-0.02190.387761.212234.2547123.4612
40.15970.0012-0.30580.4701-0.00641.5236-0.05140.02490.0351-0.04050.00180.0691-0.0581-0.0890.050.2175-0.0033-0.01920.1834-0.00440.311361.693813.161393.3764
50.77420.58090.06881.47090.09171.4513-0.0153-0.01640.0294-0.22730.0410.0616-0.0782-0.1624-0.01460.3609-0.03770.01490.21390.00980.332184.409128.446965.0716
62.02620.29081.70643.9517-1.3532.7904-0.0130.2756-0.0474-0.47010.2427-0.3065-0.30330.5239-0.20660.4746-0.08970.16930.3714-0.08630.3582107.042828.884656.0108
73.2471-0.5348-1.33432.24290.65264.3933-0.0130.0104-0.2562-0.0685-0.0734-0.04220.10190.13820.07530.35910.0044-0.00980.18780.00320.308495.474426.466160.6611
83.88783.275-0.67714.84490.76911.237-0.03820.0993-0.3322-0.27240.1611-0.3772-0.09150.034-0.08240.38090.0298-0.02660.24070.0630.383988.895618.071267.5398
91.3627-0.238-0.3792.609-1.56154.01830.11380.16910.3047-0.43530.0718-0.1403-0.31220.2496-0.19520.6056-0.0770.04520.2458-0.01160.427395.813146.240555.0264
105.4714-1.2774-0.5192.08030.420.68930.1332-0.16010.4199-0.11270.0409-0.3214-0.30890.1569-0.19690.4689-0.10360.06560.25960.00310.2967100.821141.792471.3024
110.81430.0156-0.26461.8012-1.81273.88230.04170.01230.16310.05340.07130.0599-0.32720.0015-0.08980.33540.0051-0.01240.2001-0.01470.382477.706737.774289.1299
120.23790.0593-0.34620.3926-0.16271.4385-0.0268-0.03630.04340.00580.0186-0.0482-0.01190.0730.01910.18050.0012-0.01530.17430.01680.285186.899911.7038105.592
131.5132-0.2944-0.35761.65810.72431.97360.13780.15480.0102-0.1521-0.0016-0.08420.05850.2933-0.08520.19340.0379-0.01150.278-0.05180.2135103.135565.5309107.7686
142.11350.3490.39191.65520.50643.57460.0710.1409-0.31920.04120.0875-0.03440.45630.2372-0.12980.30610.1174-0.0670.2933-0.04630.2982100.775948.0926100.9813
154.6045-3.3257-0.88653.90631.56691.12120.28950.3034-0.3277-0.0148-0.24350.16930.09410.0645-0.03060.28840.0185-0.03450.22510.01150.263993.600561.1229112.7228
161.09930.6023-0.11041.9381.15672.8841-0.1250.1864-0.1264-0.17030.3444-0.37810.17830.9143-0.21830.32480.10950.0070.6296-0.11570.3922118.076454.306293.7105
170.12690.34590.18220.5620.88831.66810.11390.203-0.18160.02940.1433-0.15550.36210.6846-0.23480.34770.2004-0.07150.5788-0.07360.3617116.258657.8123116.2898
182.00240.39-1.65911.6849-0.47695.59140.05590.2373-0.17260.0821-0.0253-0.46490.09450.73030.00230.19470.0515-0.03050.5924-0.05030.3079120.946672.58131.9613
190.3283-0.00730.12850.22310.27261.97860.06680.0365-0.06420.0133-0.027-0.03860.18640.1964-0.04190.25180.024-0.03020.225700.277196.832463.1627151.4477
201.9730.73590.26280.62320.32921.5954-0.0182-0.00180.0056-0.07310.0066-0.0153-0.02430.2043-0.00850.2196-0.0375-0.03910.25070.00010.1958112.054286.2777179.7338
213.15020.57451.14332.3074-0.57572.8793-0.19660.09140.55490.0644-0.03680.0908-0.87820.170.14950.5448-0.0678-0.11370.2391-0.0160.4418112.2325108.9299188.6181
222.22071.27191.00211.65790.79471.8463-0.0922-0.04670.3608-0.110.030.2007-0.1869-0.00520.06580.2693-0.016-0.06040.22860.00610.3216106.152794.2293180.9524
232.3740.41562.34751.80040.84855.1536-0.20870.13560.18490.00630.205-0.2843-0.45790.4740.00290.2648-0.1077-0.00210.40180.00970.3499129.698197.926189.5317
241.6351-1.18910.67675.4593-0.28411.3302-0.20330.34850.4242-0.1751-0.0212-0.425-0.49990.540.13080.4622-0.2709-0.08080.53750.07260.3247124.9087102.7366173.2788
251.0835-0.14981.89090.54350.2014.66630.0250.2673-0.02-0.05810.0314-0.0787-0.08330.7806-0.02570.1934-0.0430.00390.4087-0.01010.3003121.386879.4382155.6197
261.99280.80792.62731.03631.664.568-0.01430.31680.0669-0.12740.0222-0.1262-0.24660.54680.00220.2676-0.0445-0.00990.2980.00950.2645108.130188.4037142.1936
270.30280.04830.50480.29040.18872.62320.00310.02040.0308-0.0035-0.0535-0.037-0.2290.0850.06760.2649-0.0102-0.02840.19970.01750.280392.385588.3449138.4882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 129 )A1 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 268 )A130 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 269 through 411 )A269 - 411
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 412 through 619 )A412 - 619
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 77 )B1 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 78 through 129 )B78 - 129
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 130 through 169 )B130 - 169
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 170 through 199 )B170 - 199
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 200 through 268 )B200 - 268
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 269 through 328 )B269 - 328
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 329 through 411 )B329 - 411
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 412 through 620 )B412 - 620
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 77 )C1 - 77
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 78 through 169 )C78 - 169
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 170 through 199 )C170 - 199
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 200 through 268 )C200 - 268
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 269 through 365 )C269 - 365
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 366 through 411 )C366 - 411
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 412 through 619 )C412 - 619
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 1 through 77 )D1 - 77
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 78 through 129 )D78 - 129
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 130 through 199 )D130 - 199
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 200 through 268 )D200 - 268
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 269 through 328 )D269 - 328
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 329 through 411 )D329 - 411
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 412 through 452 )D412 - 452
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 453 through 620 )D453 - 620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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