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万見

- PDB-7nm8: The crystal structure of the antimycin pathway standalone ketored... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nm8

タイトル

The crystal structure of the antimycin pathway standalone ketoreductase, AntM, in complex with NADPH

要素

Antimycin pathway standalone ketoreductase, AntM

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ketoreductase / Standalone / Antimycin / NADPH

機能・相同性

Chem-NDP

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces albus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Fazal, A. / Hemsworth, G.R. / Webb, M.E. / Seipke, R.F.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: A Standalone beta-Ketoreductase Acts Concomitantly with Biosynthesis of the Antimycin Scaffold.
著者: Fazal, A. / Hemsworth, G.R. / Webb, M.E. / Seipke, R.F.

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nm8.cif.gz	101.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nm8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nm8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nm8_validation.pdf.gz	820.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nm8_full_validation.pdf.gz	821.9 KB	表示
XML形式データ	7nm8_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	7nm8_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/7nm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/7nm8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nm7C 4ospS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4osp-d 4eso-d 4bms-1 6tbx-d 3pib-d 4d0r-1 6ihh-1 2p68-1 6r9w-1 1eny-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

AAA: Antimycin pathway standalone ketoreductase, AntM

ヘテロ分子

30.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Antimycin pathway standalone ketoreductase, AntM

ヘテロ分子

AAA: Antimycin pathway standalone ketoreductase, AntM

ヘテロ分子

AAA: Antimycin pathway standalone ketoreductase, AntM

ヘテロ分子

AAA: Antimycin pathway standalone ketoreductase, AntM

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.223, 92.223, 113.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-302- GOL

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要素

#1: タンパク質	Antimycin pathway standalone ketoreductase, AntM 分子量: 30024.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces albus (バクテリア) / 株: S4 / 遺伝子: antM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 5% w/v PEG 8K, 20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→65.36 Å / Num. obs: 33683 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.2 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 1652 / CC_1/2: 0.958

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4osp

解像度: 1.7→65.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2242	1638	5.112 %
R_work	0.1987	30407	-
all	0.2	-	-
obs	-	32045	99.953 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.67 Å²	0.835 Å²	0 Å²
2-	-	1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.416 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→65.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1810	0	54	75	1939

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.657	1.644	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.414	1.573	4043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.577	5	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.557	19.667	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.985	15	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.404	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.222	0.2	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.069	0.2	811
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.123	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.107	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.305	4.082	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.291	4.079	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.077	6.1	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.068	6.099	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.78	4.335	905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.778	4.335	906
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.292	6.389	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.29	6.389	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.234	49.192	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.236	49.157	2081

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.359	126	0.355	2189	X-RAY DIFFRACTION	99.9137
1.744-1.792	0.34	101	0.318	2161	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.844	0.317	113	0.28	2081	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.901	0.336	111	0.257	2040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.901-1.963	0.3	86	0.23	2004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.963-2.032	0.252	105	0.233	1894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.032-2.108	0.262	102	0.22	1852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.194	0.218	91	0.199	1790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.194-2.292	0.253	92	0.19	1707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.292-2.404	0.265	82	0.191	1648	X-RAY DIFFRACTION	99.9422
2.404-2.534	0.218	92	0.184	1558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.687	0.24	91	0.179	1477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.687-2.873	0.229	68	0.168	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.873-3.103	0.272	69	0.171	1313	X-RAY DIFFRACTION	100
3.103-3.399	0.194	71	0.186	1218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.399-3.8	0.182	70	0.19	1097	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.387	0.177	43	0.171	1007	X-RAY DIFFRACTION	100
4.387-5.37	0.211	52	0.183	849	X-RAY DIFFRACTION	100
5.37-7.586	0.274	47	0.227	678	X-RAY DIFFRACTION	100
7.586-65.36	0.124	26	0.219	421	X-RAY DIFFRACTION	99.7768

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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