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- PDB-7nli: S. cerevisiae Ty1 p22 restriction factor, Gag CA-CTD, AUG2 variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nli
タイトルS. cerevisiae Ty1 p22 restriction factor, Gag CA-CTD, AUG2 variant
要素Ty1 Gag p22
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Restriction factor / Ty1 / Gag / CA
機能・相同性Ty transposon capsid protein / Ty transposon capsid protein / viral translational frameshifting / RNA binding / cytoplasm / Transposon TyH3 Gag polyprotein
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.119 Å
データ登録者Cottee, M.A. / Letham, S.C. / Taylor, I.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001178 英国
Wellcome TrustFC001178 英国
Cancer Research UKFC001178 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of a Ty1 restriction factor reveals the molecular basis of transposition copy number control.
著者: Cottee, M.A. / Beckwith, S.L. / Letham, S.C. / Kim, S.J. / Young, G.R. / Stoye, J.P. / Garfinkel, D.J. / Taylor, I.A.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ty1 Gag p22
B: Ty1 Gag p22
C: Ty1 Gag p22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2943
ポリマ－37,2943
非ポリマー00
水00
1
A: Ty1 Gag p22
B: Ty1 Gag p22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8632
ポリマ－24,8632
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ty1 Gag p22

C: Ty1 Gag p22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8632
ポリマ－24,8632
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)280.890, 280.890, 40.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))
21(chain B and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))
31(chain C and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERILEILE(chain A and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))AA261 - 3023 - 44
12ILEILELYSLYS(chain A and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))AA304 - 32246 - 64
13LEULEUGLNGLN(chain A and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))AA324 - 35166 - 93
21SERSERILEILE(chain B and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))BB261 - 3023 - 44
22ILEILELYSLYS(chain B and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))BB304 - 32246 - 64
23LEULEUGLNGLN(chain B and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))BB324 - 35166 - 93
31SERSERILEILE(chain C and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))CC261 - 3023 - 44
32ILEILELYSLYS(chain C and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))CC304 - 32246 - 64
33LEULEUGLNGLN(chain C and (resid 261 through 302 or resid 304 through 322 or resid 324 through 351))CC324 - 35166 - 93

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要素

#1: タンパク質 Ty1 Gag p22 / Gag CA-CTD / AUG2 variant / Capsid protein


分子量: 12431.392 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288C / 遺伝子: TY1A, GAG, TYA1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P08405
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.86 % / 解説: 80x80x250 um hexagonal prismic rod.
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 260 nL Protein (13.6 mg/ml in 50 mM Sodium Acetate pH 5.0, 300 mM NaCl 1mM TCEP) 120 nL Mother Liquor (27.9% Glycerol, 17.7% PEG 4K 0.1M HEPES pH 7.5) 20 nL Seed solution (seeds in 20% ...詳細: 260 nL Protein (13.6 mg/ml in 50 mM Sodium Acetate pH 5.0, 300 mM NaCl 1mM TCEP) 120 nL Mother Liquor (27.9% Glycerol, 17.7% PEG 4K 0.1M HEPES pH 7.5) 20 nL Seed solution (seeds in 20% Glycerol, 31% PEG 4K 0.1M HEPES pH 7.5)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97928, 0.97943, 0.97281
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月8日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979281
20.979431
30.972811
反射

Entry-ID: 7NLI / Diffraction-ID: 1 / % possible obs: 100 %

解像度 (Å)Num. obs冗長度 (%)CC1/2Rrim(I) allNet I/σ(I)Rpim(I) all
3.119-140.4531760112.80.9830.24624.5
3.5-92.172275655.40.9990.231160.042
3.41-81.172444255.50.9990.2316.50.042
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
3.119-3.33115.86.850590.760.1671.313
3.5-3.8356.75.2292710.1770.97
3.41-3.6856.55273610.1921.004

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
REFMAC5.8.0258精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALS1.6.3データ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
SHELXDE2018/1位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: Ty1 p22

解像度: 3.119→91.943 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.46 / 位相誤差: 27.54 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement carried out using Peak wavelength (0.97928 A) dataset, with Friedel pairs separated to account for anomalous signal. Columns used: F_PEAK(+), SIGF_PEAK(+), F_PEAK(-), SIGF_PEAK(-) ...詳細: Refinement carried out using Peak wavelength (0.97928 A) dataset, with Friedel pairs separated to account for anomalous signal. Columns used: F_PEAK(+), SIGF_PEAK(+), F_PEAK(-), SIGF_PEAK(-) or I_PEAK(+), SIGI_PEAK(+), I_PEAK(-), SIGI_PEAK(-). Experimentally measured F'=-8.15 and F''=6.44.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2578 1663 5.24 %Matches related structures
Rwork0.2334 30091 --
obs0.2346 31754 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 192.62 Å2 / Biso mean: 94.9444 Å2 / Biso min: 41.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.119→91.943 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2203 0 0 0 2203
残基数----274
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A753X-RAY DIFFRACTION7.603TORSIONAL
12B753X-RAY DIFFRACTION7.603TORSIONAL
13C753X-RAY DIFFRACTION7.603TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.119-3.21070.38831520.33962430
3.2107-3.31440.31851300.33332539
3.3144-3.43280.32451310.29562522
3.4328-3.57030.3561310.29522502
3.5703-3.73280.32421190.27332556
3.7328-3.92960.27251150.2732498
3.9296-4.17580.29151400.21812522
4.1758-4.49820.22991680.21062519
4.4982-4.95090.2231310.20052484
4.9509-5.66720.22081430.21712529
5.6672-7.13960.28071730.22922453
7.1396-91.9430.18021300.18162537
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0334-0.01970.01040.0515-0.00970.0174-0.0134-0.08270.03280.00940.05310.09730.0024-0.0324-0.06741.07210.74130.2269-0.06240.44780.3594124.592230.4999-18.1608
20.08490.0410.00340.0180.00240.01290.1116-0.0028-0.23-0.07690.09260.1837-0.1369-0.10470.00921.05250.25560.015-0.15220.33970.4924125.096414.1681-38.6563
30.02350.02240.00520.0523-0.01580.01230.02560.014-0.1157-0.02970.02220.0268-0.1281-0.033-0.01781.02390.8844-0.09390.15120.27420.4736115.901157.8377-13.6544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 261 through 351)A261 - 351
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 261 through 352)B261 - 352
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 261 through 351)C261 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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