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- PDB-7nky: RNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nky
タイトルRNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 5
  • (FACT complex subunit ...) x 2
  • Chromatin elongation factor SPT4
  • DNA (138-MER)
  • DNA (148-MER)
  • Histone H2A type 1
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')
  • Transcription elongation factor SPT5
キーワードTRANSCRIPTION / Chromatin / nucleosome / elongation / histone chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of sister chromatid cohesion / FACT complex / regulation of chromatin organization / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleosome organization / RPB4-RPB7 complex / replication fork protection complex / RNA Polymerase I Transcription Initiation ...Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of sister chromatid cohesion / FACT complex / regulation of chromatin organization / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleosome organization / RPB4-RPB7 complex / replication fork protection complex / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase II complex binding / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / chromosome, centromeric region / Dual incision in TC-NER / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / transcription-coupled nucleotide-excision repair / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / translesion synthesis / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-templated DNA replication / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / structural constituent of chromatin / nucleosome / peroxisome / nucleosome assembly / ribosome biogenesis / chromatin organization / single-stranded DNA binding / chromosome / transcription by RNA polymerase II / DNA replication / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / protein heterodimerization activity / DNA repair / mRNA binding / nucleotide binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / : / FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / POB3-like N-terminal PH domain / FACT complex subunit Spt16 domain ...FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / : / FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / POB3-like N-terminal PH domain / FACT complex subunit Spt16 domain / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain / FACT complex subunit Spt16 / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / FACT complex subunit POB3 / Transcription elongation factor SPT4 / Transcription elongation factor SPT5 / Histone H2B 1.1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10) / FACT complex subunit POB3 / Transcription elongation factor SPT4 / Transcription elongation factor SPT5 / Histone H2B 1.1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Histone H2A type 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / FACT complex subunit SPT16 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / Histone H4 / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
synthetic RNA (人工物)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Farnung, L. / Ochmann, M. / Engeholm, M. / Cramer, P.
資金援助European Union, ドイツ, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)693023European Union
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1- 390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP2191 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of nucleosome transcription mediated by Chd1 and FACT.
著者: Lucas Farnung / Moritz Ochmann / Maik Engeholm / Patrick Cramer /
要旨: Efficient transcription of RNA polymerase II (Pol II) through nucleosomes requires the help of various factors. Here we show biochemically that Pol II transcription through a nucleosome is ...Efficient transcription of RNA polymerase II (Pol II) through nucleosomes requires the help of various factors. Here we show biochemically that Pol II transcription through a nucleosome is facilitated by the chromatin remodeler Chd1 and the histone chaperone FACT when the elongation factors Spt4/5 and TFIIS are present. We report cryo-EM structures of transcribing Saccharomyces cerevisiae Pol II-Spt4/5-nucleosome complexes with bound Chd1 or FACT. In the first structure, Pol II transcription exposes the proximal histone H2A-H2B dimer that is bound by Spt5. Pol II has also released the inhibitory DNA-binding region of Chd1 that is poised to pump DNA toward Pol II. In the second structure, Pol II has generated a partially unraveled nucleosome that binds FACT, which excludes Chd1 and Spt5. These results suggest that Pol II progression through a nucleosome activates Chd1, enables FACT binding and eventually triggers transfer of FACT together with histones to upstream DNA.
履歴
登録2021年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-12450
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
P: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')
N: DNA (138-MER)
T: DNA (148-MER)
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
E: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
Y: Chromatin elongation factor SPT4
Z: Transcription elongation factor SPT5
D: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
O: FACT complex subunit POB3
Q: FACT complex subunit SPT16
a: Histone H3.2
b: Histone H4
c: Histone H2A type 1
d: Histone H2B 1.1
e: Histone H3.2
f: Histone H4
g: Histone H2A type 1
h: Histone H2B 1.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,026,14837
ポリマ－1,025,53527
非ポリマー61310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')


分子量: 4913.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic RNA (人工物)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#2: DNA鎖 DNA (138-MER)


分子量: 42792.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (148-MER)


分子量: 45537.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCIKDG

#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II ...RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit B220


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / RNA polymerase II subunit 2 / B150 / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit B3 / B44.5 / DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P16370
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA- ...RNA polymerase II subunit B9 / B12.6 / DNA-directed RNA polymerase II 14.2 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit 9


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P27999
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / RNA polymerase II subunit B11 / B13.6 / DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P38902
#16: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / RNA polymerase II subunit B4 / B32 / DNA-directed RNA polymerase II 32 kDa polypeptide


分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P20433
#17: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / RNA polymerase II subunit B7 / B16


分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P34087

-
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL

#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC1 / ABC27 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 27 kDa polypeptide


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P20434
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / ABC23 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 23 kDa polypeptide


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P20435
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC3 / ABC14.4 / ABC14.5 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 14.5 kDa polypeptide


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P20436
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I ...RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / ABC10-beta / ABC8 / DNA-directed RNA polymerases I / and III 8.3 kDa polypeptide


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P22139
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC4 / ABC10-alpha


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464 / 参照: UniProt: P40422

-
タンパク質 , 6種, 10分子 YZaebfcgdh

#14: タンパク質 Chromatin elongation factor SPT4 / Transcription elongation factor SPT4


分子量: 11168.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: BJ5464
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS2707, PACBIOSEQ_LOCUS2757, SCNYR20_0003027800, SCP684_0002027900
細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6A5PX04
#15: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5


分子量: 115929.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS4816 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6L0ZFJ2
#20: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15435.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#21: タンパク質 Histone H4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#22: タンパク質 Histone H2A type 1


分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897
#23: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13655.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281

-
FACT complex subunit ... , 2種, 2分子 OQ

#18: タンパク質 FACT complex subunit POB3


分子量: 63068.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: BJ5464
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS4754, SCNYR20_0006005900, SCP684_0006005800
細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A6A5PUM6
#19: タンパク質 FACT complex subunit SPT16 / Cell division control protein 68 / Facilitates chromatin transcription complex subunit SPT16 / ...Cell division control protein 68 / Facilitates chromatin transcription complex subunit SPT16 / Suppressor of Ty protein 16


分子量: 118776.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: BJ5464 / 遺伝子: SPT16, CDC68, SSF1, YGL207W / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32558

-
非ポリマー , 2種, 10分子

#24: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#25: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of RNA polymerase II-Spt4/5-FACT-nucleosomeCOMPLEX#1-#230MULTIPLE SOURCES
2RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')COMPLEX#11SYNTHETIC
3DNA (138-MER)COMPLEX#21SYNTHETIC
4DNA (148-MER)COMPLEX#31SYNTHETIC
5DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1COMPLEX#41NATURAL
6DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2COMPLEX#51NATURAL
7DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3COMPLEX#61NATURAL
8DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1COMPLEX#71NATURAL
9DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2COMPLEX#81NATURAL
10DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3COMPLEX#91NATURAL
11DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9COMPLEX#101NATURAL
12DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5COMPLEX#111NATURAL
13DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11COMPLEX#121NATURAL
14DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4COMPLEX#131NATURAL
15Chromatin elongation factor SPT4COMPLEX#141RECOMBINANT
16Transcription elongation factor SPT5COMPLEX#151RECOMBINANT
17DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4COMPLEX#161NATURAL
18DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7COMPLEX#171RECOMBINANT
19FACT complex subunit POB3COMPLEX#181RECOMBINANT
20FACT complex subunit SPT16COMPLEX#191RECOMBINANT
21Histone H3.2COMPLEX#201RECOMBINANT
22Histone H4COMPLEX#211RECOMBINANT
23Histone H2A type 1COMPLEX#221RECOMBINANT
24Histone H2B 1.1COMPLEX#231RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
15Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
26Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
37Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
48Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
59Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
610Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
711Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
811Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
913Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
1014Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
1115Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
1216Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
1317Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
1418Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
1519Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
1620Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
1721Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
1822Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
1923Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
2024Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
115Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
216Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
319Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
420Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
521Escherichia coli (大腸菌)562
622Escherichia coli (大腸菌)562
723Escherichia coli (大腸菌)562
824Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47138 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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