PDB-7nkt: RBD domain of SARS-CoV2 in complex with neutralizing nanobody NM1226

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nkt

タイトル

RBD domain of SARS-CoV2 in complex with neutralizing nanobody NM1226

要素

Spike protein S1
neutralizing nanobody NM1226

キーワード

VIRAL PROTEIN / RBD / SARS-CoV2 / neutralizing nanobody / complex / NM1226

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ostertag, E. / Zocher, G. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2021
タイトル: NeutrobodyPlex-monitoring SARS-CoV-2 neutralizing immune responses using nanobodies.
著者: Wagner, T.R. / Ostertag, E. / Kaiser, P.D. / Gramlich, M. / Ruetalo, N. / Junker, D. / Haering, J. / Traenkle, B. / Becker, M. / Dulovic, A. / Schweizer, H. / Nueske, S. / Scholz, A. / Zeck, ...

履歴

登録	2021年2月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nkt_validation.pdf.gz	474.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nkt_full_validation.pdf.gz	475.9 KB	表示
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CIF形式データ	7nkt_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/7nkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/7nkt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7b27C 6xc4S 6z1zS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4uy2-2 5h4s-d 5h7n-1 6eev-d 4uy2-1 3tgx-3 3afg-1 6eeu-d 3tgx-8 5a7y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (2)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Spike protein S1

BBB: neutralizing nanobody NM1226

ヘテロ分子

42.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.093, 128.093, 77.676
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	80
Space group name H-M	I4₁

-
タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 3分子 AAABBB

#1: タンパク質

Spike protein S1

分子量: 25951.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F GnTI- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2

#2: 抗体

neutralizing nanobody NM1226

分子量: 15960.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 141分子

#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 50mM K2HPO4, 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月21日
放射	モノクロメーター: DCCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.297→46.103 Å / Num. obs: 28115 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.297→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4500 / CC_1/2: 0.484 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Z1Z, 6XC4

6z1z

6xc4

解像度: 2.3→46.103 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 12.113 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2239	1687	6 %
R_work	0.1843	26428	-
all	0.187	-	-
obs	-	28115	99.908 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.942 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.682 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.682 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.364 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.103 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2503	0	40	137	2680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.463	1.656	3570
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.262	1.578	5306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.715	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.612	21.986	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.138	15	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.526	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.223	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.653	7.343	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.64	7.342	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.262	9.601	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.264	9.603	1609
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.99	8.056	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.87	8.038	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.482	10.305	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.426	10.281	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.57	43.873	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.578	43.61	2793

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.297-2.357	0.415	122	0.415	1922	0.415	2063	0.564	0.542	99.079	0.408
2.357-2.421	0.361	122	0.35	1902	0.351	2024	0.717	0.736	100	0.333
2.421-2.491	0.375	116	0.303	1825	0.307	1941	0.823	0.833	100	0.274
2.491-2.567	0.298	114	0.26	1780	0.263	1894	0.884	0.873	100	0.222
2.567-2.651	0.224	111	0.23	1744	0.229	1855	0.895	0.904	100	0.193
2.651-2.744	0.26	107	0.214	1676	0.216	1784	0.899	0.921	99.9439	0.174
2.744-2.847	0.232	103	0.198	1616	0.2	1719	0.921	0.926	100	0.163
2.847-2.963	0.253	100	0.195	1559	0.199	1660	0.921	0.928	99.9398	0.161
2.963-3.094	0.211	96	0.187	1503	0.188	1599	0.938	0.943	100	0.157
3.094-3.245	0.258	91	0.186	1429	0.19	1520	0.927	0.948	100	0.164
3.245-3.419	0.217	87	0.193	1371	0.194	1458	0.951	0.953	100	0.177
3.419-3.625	0.238	83	0.193	1294	0.195	1377	0.932	0.951	100	0.178
3.625-3.874	0.213	77	0.179	1208	0.181	1286	0.943	0.956	99.9222	0.165
3.874-4.182	0.19	73	0.149	1136	0.151	1209	0.954	0.964	100	0.137
4.182-4.577	0.153	67	0.127	1062	0.129	1129	0.968	0.975	100	0.12
4.577-5.111	0.183	60	0.13	933	0.133	993	0.967	0.975	100	0.127
5.111-5.89	0.215	54	0.161	847	0.164	901	0.946	0.966	100	0.153
5.89-7.184	0.246	46	0.18	719	0.184	765	0.936	0.956	100	0.176
7.184-10.039	0.212	36	0.152	565	0.155	601	0.945	0.966	100	0.161
10.039-46.103	0.197	22	0.213	337	0.212	360	0.953	0.942	99.7222	0.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5262	2.9238	-4.7456	16.6277	-11.5694	18.2101	0.1191	0.0135	-0.278	0.3179	0.0662	-0.373	-0.1528	-0.2562	-0.1854	0.4335	0.043	-0.0576	0.4185	0.0203	0.461	24.7403	-8.044	40.7998
2	4.2219	-3.7277	-0.8394	10.608	1.2311	4.5501	-0.0464	-0.6413	0.6095	0.5957	0.0648	-0.3732	-0.6014	0.5923	-0.0184	0.1393	-0.0965	-0.0064	0.4361	-0.0514	0.1008	23.9572	-14.8402	21.3555
3	6.9856	-1.0741	-0.4644	2.4046	-1.1267	0.9887	-0.2849	-1.4964	-0.1441	0.7676	0.2626	-0.0037	-0.2944	0.4509	0.0223	0.3633	0.1163	0.0487	0.7664	0.0231	0.1247	13.7579	-15.415	32.6247
4	1.9108	-1.8625	-2.2153	6.677	-1.8632	5.9312	0.0973	0.0693	-0.284	-0.2742	0.1147	0.9369	0.0086	-0.1752	-0.212	0.0322	-0.0044	-0.029	0.2111	0.0777	0.1565	12.8601	-22.6064	16.0379
5	3.6899	-1.2248	-2.4261	3.986	0.5622	3.1607	-0.0179	-0.181	-0.2505	-0.2997	0.0782	0.1789	0.0846	0.1419	-0.0603	0.0345	-0.0323	-0.0232	0.1668	0.0517	0.0612	20.0492	-24.4321	11.5165
6	12.0814	-9.978	7.4581	10.3439	-8.1377	7.5142	0.4075	0.2237	-0.4344	-0.0487	-0.3395	0.3838	0.1348	0.5722	-0.068	0.333	-0.0388	0.0094	0.3606	0.0246	0.3568	-8.7025	-23.0787	21.386
7	0.0357	0.1838	0.3533	10.6456	0.2039	3.9138	0.0158	-0.0421	-0.0052	-0.802	-0.2325	-0.364	0.1613	-0.3335	0.2167	0.2189	-0.0498	-0.0145	0.4439	0.0738	0.5037	-25.3223	-8.7817	11.4117
8	6.8955	-1.6268	2.5108	3.0393	-1.9169	7.3259	-0.0162	-0.3073	-0.6898	-0.2387	0.1384	0.828	0.6238	-0.4557	-0.1222	0.2498	-0.0648	-0.0174	0.1856	0.0451	0.4722	-10.6009	-14.8753	19.0229
9	4.3288	2.5009	0.6741	2.4838	3.4791	9.4146	-0.3539	0.5706	-0.1705	-0.2859	0.1752	-0.0233	-0.2466	-0.1779	0.1787	0.3655	0.0213	0.0191	0.4057	-0.046	0.4025	-7.7277	-11.7587	2.9823
10	4.8472	-2.9861	1.8932	3.3067	-0.9542	3.3453	-0.0415	-0.3161	-0.4977	-0.2156	0.0463	0.6933	0.0922	-0.3661	-0.0048	0.1423	-0.0537	-0.0078	0.1896	0.0375	0.3242	-9.336	-7.9494	18.4019
11	12.0046	1.5633	3.4826	1.6903	-1.302	7.6274	0.0733	-0.3773	-1.4718	-0.376	0.1285	0.4084	0.5417	-0.5917	-0.2018	0.3254	-0.0735	-0.1231	0.202	-0.0554	0.7015	-11.249	-16.0966	11.9725

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	332 - 335
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	336 - 356
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	357 - 396
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	AAA	397 - 415
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	AAA	416 - 518
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	BBB	1 - 6
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	BBB	7 - 17
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	BBB	18 - 40
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	BBB	41 - 45
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	BBB	46 - 109
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	BBB	110 - 125

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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