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- PDB-7nk0: Structure of the BIR1 domain of cIAP2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nk0
タイトルStructure of the BIR1 domain of cIAP2
要素Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
キーワードAPOPTOSIS / Baculoviral IAP Repeat / Inhibitor of Apoptosis Protein / E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of RIG-I signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / negative regulation of necroptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of toll-like receptor signaling pathway ...regulation of RIG-I signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of necroptotic process / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / negative regulation of necroptotic process / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of innate immune response / canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / transferase activity / regulation of inflammatory response / spermatogenesis / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain ...: / BIRC2/3-like, UBA domain / : / Caspase recruitment domain / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Cossu, F. / Milani, M. / Mastrangelo, E. / Mirdita, D.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer ResearchMFAG-17083 イタリア
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Structure-based identification of a new IAP-targeting compound that induces cancer cell death inducing NF-kappa B pathway.
著者: Cossu, F. / Camelliti, S. / Lecis, D. / Sorrentino, L. / Majorini, M.T. / Milani, M. / Mastrangelo, E.
履歴
登録2021年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2384
ポリマ－22,1072
非ポリマー1312
水905
1
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1192
ポリマ－11,0541
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1192
ポリマ－11,0541
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.430, 93.430, 42.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain D and (resid 26 through 98 or resid 401))
21(chain E and (resid 26 through 98 or resid 401))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain D and (resid 26 through 98 or resid 401))D0
211(chain E and (resid 26 through 98 or resid 401))E0

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要素

#1: タンパク質 Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 / Apoptosis inhibitor 2 / API2 / Cellular inhibitor of apoptosis 2 / C-IAP2 / IAP homolog C / ...Apoptosis inhibitor 2 / API2 / Cellular inhibitor of apoptosis 2 / C-IAP2 / IAP homolog C / Inhibitor of apoptosis protein 1 / hIAP-1 / hIAP1 / RING finger protein 49 / RING-type E3 ubiquitin transferase BIRC3 / TNFR2-TRAF-signaling complex protein 1


分子量: 11053.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC3, API2, MIHC, RNF49 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13489, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 12 % w/v Polyethylene glycol 8,000, 10 % w/v Glycerol, 500 mM Potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→46.72 Å / Num. obs: 3285 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 147.95 Å2 / CC1/2: 0.77 / Net I/σ(I): 1.3
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / Num. unique obs: 3291 / CC1/2: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M0A

3m0a


解像度: 3.3→46.72 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3558 165 5.02 %RANDOM
Rwork0.2948 3120 --
obs0.2978 3285 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 184.78 Å2 / Biso mean: 129.4817 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→46.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1123 0 2 5 1130
Biso mean--122.85 93.07 -
残基数----148
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11D434X-RAY DIFFRACTION9.89TORSIONAL
12E434X-RAY DIFFRACTION9.89TORSIONAL
LS精密化 シェル解像度: 3.3→46.72 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3558 165 -
Rwork0.2948 3120 -
all-3285 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.9019-0.3199-0.22980.15051.21269.26270.1022-0.29830.46330.3722-0.1715-0.2356-0.49410.929-0.00051.25880.08-0.15290.99720.23131.231459.0717-8.8587.3935
23.42370.8219-0.42391.5809-0.67838.2319-0.0431-0.07230.4576-0.4728-0.4760.1063-0.2723-1.069-0.00081.1836-0.1341-0.11730.9299-0.22651.353234.5047-8.8876-7.2225
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain D and resseq 25:401)D25 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2(chain E and resseq 25:401)E25 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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