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- PDB-7nfz: Crystal structure of haloalkane dehalogenase LinB57 mutant (H272F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nfz
タイトルCrystal structure of haloalkane dehalogenase LinB57 mutant (H272F) from Sphingobium japonicum UT26
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / Haloalkane dehalogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingobium japonicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.551 Å
データ登録者Marek, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of haloalkane dehalogenase LinB57 mutant (H272F) from Sphingobium japonicum UT26
著者: Marek, M. / Damborsky, J.
履歴
登録2021年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,40011
ポリマ－33,9831
非ポリマー1,41810
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.496, 65.448, 90.171
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase / 1 / 3 / 4 / 6-tetrachloro-1 / 4-cyclohexadiene halidohydrolase / 4-TCDN halidohydrolase


分子量: 33982.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium japonicum (strain DSM 16413 / CCM 7287 / MTCC 6362 / UT26 / NBRC 101211 / UT26S) (バクテリア)
株: DSM 16413 / CCM 7287 / MTCC 6362 / UT26 / NBRC 101211 / UT26S
遺伝子: linB, SJA_C1-19590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D4Z2G1, haloalkane dehalogenase

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非ポリマー , 6種, 256分子

#2: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.98 % / 解説: plate-like shape
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: sodium di-hydrogen phosphate, di-potassium hydrogen phosphate, lithium sulphate, CAPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→45.09 Å / Num. obs: 44672 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 1.907 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2129 / CC1/2: 0.593 / % possible all: 97.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.1-4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MJ5

1mj5


解像度: 1.551→44.718 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1897 2168 4.86 %
Rwork0.1643 42434 -
obs0.1656 44602 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.77 Å2 / Biso mean: 16.7984 Å2 / Biso min: 6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.551→44.718 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2315 0 102 247 2664
Biso mean--34.62 29.28 -
残基数----294
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5511-1.58720.26551280.2588274398
1.5872-1.62690.29851280.2318278498
1.6269-1.67080.26181280.2097279199
1.6708-1.720.23041560.1926276099
1.72-1.77550.19551420.1903279699
1.7755-1.8390.2321610.182275799
1.839-1.91260.23821450.1845281099
1.9126-1.99970.21471370.16032820100
1.9997-2.10510.18581380.15152822100
2.1051-2.2370.18141470.14612844100
2.237-2.40970.18651450.15032829100
2.4097-2.65220.1951340.15582879100
2.6522-3.03590.15931440.14922878100
3.0359-3.82450.17171630.1372895100
3.8245-44.7180.15941720.16893026100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.0822 Å / Origin y: -0.1855 Å / Origin z: 4.1442 Å
111213212223313233
T0.0801 Å20.0039 Å20.0004 Å2-0.0671 Å2-0.0032 Å2--0.0801 Å2
L0.3358 °2-0.0547 °2-0.1567 °2-0.3794 °20.0878 °2--1.0134 °2
S-0.0232 Å °0.0004 Å °-0.0253 Å °0.0252 Å °-0.0037 Å °0.0132 Å °0.2144 Å °-0.0071 Å °-0.0235 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 353
2X-RAY DIFFRACTION1allA400 - 700
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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