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- PDB-7nfu: Crystal structure of C-terminally truncated Geobacillus thermoleo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nfu
タイトルCrystal structure of C-terminally truncated Geobacillus thermoleovorans nucleoid occlusion protein Noc
要素Nucleoid occlusion protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CTP switch / chromosome segregation / protein-DNA recognition / peripheral membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / division septum assembly / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoid occlusion protein / ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoid occlusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus thermoleovorans CCB_US3_UF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jalal, A.S.B. / Tran, N.T. / Wu, L.J. / Ramakrishnan, K. / Rejzek, M. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Errington, J. / Le, T.B.K.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Royal SocietyURF-R-201020 英国
Wellcome Trust209500 英国
Royal SocietyRG150448 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS-E-J-000C0683 英国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: CTP regulates membrane-binding activity of the nucleoid occlusion protein Noc.
著者: Jalal, A.S.B. / Tran, N.T. / Wu, L.J. / Ramakrishnan, K. / Rejzek, M. / Gobbato, G. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Errington, J. / Le, T.B.K.
履歴
登録2021年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoid occlusion protein
B: Nucleoid occlusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,50230
ポリマ－58,8162
非ポリマー2,68628
水55831
1
A: Nucleoid occlusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,84516
ポリマ－29,4081
非ポリマー1,43715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleoid occlusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,65714
ポリマ－29,4081
非ポリマー1,24913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.790, 146.790, 146.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 225 / Label seq-ID: 5 - 225

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Nucleoid occlusion protein / Noc


分子量: 29408.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The expressed protein corresponds to residues 46-284 of UniProtKB - G8N1K9. However, sequence alignments indicate that Met46 in this sequence represents the true start and thus the numbering ...詳細: The expressed protein corresponds to residues 46-284 of UniProtKB - G8N1K9. However, sequence alignments indicate that Met46 in this sequence represents the true start and thus the numbering used in this PDB entry reflects this i.e Met46 is now Met1. The C-terminal sequence KLAAALEHHHHHH is a nickel affinity tag from the pET21b expression plasmid.
由来: (組換発現) Geobacillus thermoleovorans CCB_US3_UF5 (バクテリア)
遺伝子: noc, GTCCBUS3UF5_39100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: G8N1K9
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.6 % / 解説: NULL
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9119 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9119 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→84.89 Å / Num. obs: 36704 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
2.5-2.639.72.65441190.670.4252.688
9.02-84.8935.10.02486610.0040.025

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→84.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 13.604 / SU ML: 0.149 / SU R Cruickshank DPI: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2399 1794 4.9 %RANDOM
Rwork0.2095 ---
obs0.2111 34834 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 169.64 Å2 / Biso mean: 86 Å2 / Biso min: 48.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→84.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3416 0 141 31 3588
Biso mean--118.17 70.82 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133568
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.6394832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2821.5737780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6725431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.35622.284197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.715661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4911532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02675
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6306 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 114 -
Rwork0.328 2563 -
all-2677 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.37723.3893-1.44945.3188-3.10513.6691-0.0172-0.0241-0.0346-0.10270.13390.18920.337-0.4645-0.11670.0741-0.04670.04340.08770.01790.3733114.4874.324199.2554
23.0135-0.07030.02573.27561.85237.4780.0343-0.2598-0.09610.0861-0.11970.2071-0.0796-0.18770.08540.0054-0.00650.00090.07910.08160.1467119.123410.9117104.9071
35.8761-3.3421-0.89342.72230.63460.6490.0507-0.2466-0.04130.22040.00310.2091-0.1-0.3741-0.05380.17020.0513-0.02990.35140.03750.301393.552725.017693.1422
42.8811.5921-2.03254.61523.04496.95930.0685-0.19770.4187-0.25120.3205-0.4519-0.48511.024-0.38890.1597-0.0455-0.0230.26310.19940.70341.352456.4575102.7322
51.8907-0.31990.41432.2502-0.41457.9062-0.0507-0.05830.16070.05980.0596-0.3409-0.08720.2201-0.00890.02790.015-0.00090.0392-0.06070.192540.227753.6314110.0004
65.4928-3.26080.1133.2681-0.12790.360.0943-0.20980.11210.14390.0494-0.30870.08980.3052-0.14370.21760.10570.05290.3810.00860.325662.035433.540197.1768
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 104
3X-RAY DIFFRACTION3A105 - 225
4X-RAY DIFFRACTION4B5 - 42
5X-RAY DIFFRACTION5B43 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6B109 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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