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- PDB-7nf9: N-terminal C2H2 Zn-finger domain of Clamp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nf9
タイトルN-terminal C2H2 Zn-finger domain of Clamp
要素Chromatin-linked adaptor for MSL proteins, isoform A
キーワードGENE REGULATION / Dosage Compensation zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Generic Transcription Pathway / maternal-to-zygotic transition of gene expression / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / chromatin-protein adaptor activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin ...Generic Transcription Pathway / maternal-to-zygotic transition of gene expression / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / chromatin-protein adaptor activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor Clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mariasina, S.S. / Bonchuk, A.N. / Tikhonova, E.A. / Efimov, S.V. / Maksimenko, O.G. / Georgiev, P.G. / Polshakov, V.I.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research19-04-00933 ロシア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for interaction between CLAMP and MSL2 proteins involved in the specific recruitment of the dosage compensation complex in Drosophila.
著者: Tikhonova, E. / Mariasina, S. / Efimov, S. / Polshakov, V. / Maksimenko, O. / Georgiev, P. / Bonchuk, A.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin-linked adaptor for MSL proteins, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4782
ポリマ－7,4121
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7380 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Chromatin-linked adaptor for MSL proteins, isoform A / SD16766p


分子量: 7412.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Clamp, CLAMP, clamp, Dmel\CG1832, CG1832, Dmel_CG1832
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V9N4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
122isotropic22D 1H-15N HSQC
141isotropic13D 1H-15N NOESY
153isotropic13D 1H-13C NOESY
1132isotropic13D HNCO
1122isotropic13D HN(CA)CO
1112isotropic13D HN(CA)CB
1102isotropic13D CBCA(CO)NH
192isotropic13D 1H-15N TOCSY
173isotropic13D (H)CCH-TOCSY
184isotropic22D 15N HSQC-NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.3 mM [U-95% 15N] Clamp[86...153], 20 mM Na2HPO4/HaH2PO4, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O15N_H2O95% H2O/5% D2O
solution40.3 mM [U-95% 15N] Clamp[86...153], 20 mM Na2HPO4/HaH2PO4, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, 100% D2O15N_D2O100% D2O
solution20.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Clamp[86...153], 20 mM Na2HPO4/HaH2PO4, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O15N_13C_H2O95% H2O/5% D2O
solution30.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Clamp[86...153], 20 mM Na2HPO4/HaH2PO4, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, 100% D2O15N_13C_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMClamp[86...153][U-95% 15N]1
20 mMNa2HPO4/HaH2PO4natural abundance1
50 mMNaClnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.3 mMClamp[86...153][U-95% 15N]4
20 mMNa2HPO4/HaH2PO4natural abundance4
50 mMNaClnatural abundance4
1 mMDTTnatural abundance4
0.3 mMClamp[86...153][U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMNa2HPO4/HaH2PO4natural abundance2
50 mMNaClnatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
0.3 mMClamp[86...153][U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMNa2HPO4/HaH2PO4natural abundance3
50 mMNaClnatural abundance3
1 mMDTTnatural abundance3
試料状態イオン強度: 70 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TopSpinv3.1Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYWoonghee Leepeak picking
NMRFAM-SPARKYWoonghee Leeデータ解析
TALOS+Yang Shen, Frank Delaglio, Gabriel Cornilescu, and Ad Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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