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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7neu | ||||||
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タイトル | Inhibitor Complex with Thrombin Activatable Fibrinolysis Inhibitor (TAFIa) | ||||||
要素 | Carboxypeptidase B2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Inhibitor / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / metallocarboxypeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration ...carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / metallocarboxypeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration / cellular response to glucose stimulus / protein catabolic process / 凝固・線溶系 / response to xenobiotic stimulus / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Brown, D.G. / Schaffner, A.P. / Vuillard, L.M. / Gloanec, P. / Raimbauld, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Phosphinanes and Azaphosphinanes as Potent and Selective Inhibitors of Activated Thrombin-Activatable Fibrinolysis Inhibitor (TAFIa). 著者: Schaffner, A.P. / Sansilvestri-Morel, P. / Despaux, N. / Ruano, E. / Persigand, T. / Rupin, A. / Mennecier, P. / Vallez, M.O. / Raimbaud, E. / Desos, P. / Gloanec, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7neu.cif.gz | 287.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7neu.ent.gz | 236.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7neu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7neu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7neu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 45963.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPB2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96IY4, carboxypeptidase U |
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#7: 糖 |
-非ポリマー , 6種, 34分子
#2: 化合物 | ChemComp-U9K / ( |
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#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-CL / |
#6: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25 / 詳細: 100mM MES, 300mM Ammonium Chloride, 35% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→42.06 Å / Num. obs: 12711 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.01 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 14.48 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Num. unique obs: 1240 / CC1/2: 0.001 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.8→42.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / SU B: 38.84 / SU ML: 0.352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.419 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.706 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -27.3585 Å / Origin y: -20.5237 Å / Origin z: 8.1501 Å
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精密化 TLSグループ |
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