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- PDB-7nds: Crystal structure of TphC in a closed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nds
タイトルCrystal structure of TphC in a closed conformation
要素Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Solute binding protein
機能・相同性Bordetella uptake gene / Bordetella uptake gene, domain 1 / Tripartite tricarboxylate transporter family receptor / terephthalic acid / Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein
機能・相同性情報
生物種Comamonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Levy, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Commonwealth Scholarship Commission (United Kingdom)INCN-2018-57 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of terephthalate recognition by solute binding protein TphC.
著者: Gautom, T. / Dheeman, D. / Levy, C. / Butterfield, T. / Alvarez Gonzalez, G. / Le Roy, P. / Caiger, L. / Fisher, K. / Johannissen, L. / Dixon, N.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _audit_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9592
ポリマ－33,7931
非ポリマー1661
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.250, 150.060, 58.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-555-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein


分子量: 33792.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: E2578_22390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5N7XFM8
#2: 化合物 ChemComp-UB7 / terephthalic acid / benzene-1,4-dicarboxylic acid / テレフタル酸


分子量: 166.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 30% w/v PEG 5000 MME condition SG1 drop B4
Temp details: Incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.17 Å / Num. obs: 12237 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1682 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.1825 / Net I/σ(I): 9.37
反射 シェル解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.057 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1172 / CC1/2: 0.505 / CC star: 0.819 / Rpim(I) all: 0.4617 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X9T

4x9t


解像度: 2.4→46.17 Å / SU ML: 0.2824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.025
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2172 620 5.07 %
Rwork0.1785 11617 -
obs0.1805 12237 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2219 0 12 130 2361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52853114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045405
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.405834
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.640.27531570.24142810X-RAY DIFFRACTION98.47
2.64-3.020.2391370.21842895X-RAY DIFFRACTION99.38
3.02-3.810.2261400.17772915X-RAY DIFFRACTION99.64
3.81-46.170.19421860.14852997X-RAY DIFFRACTION99.59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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