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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ndr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TphC in an open conformation | ||||||
![]() | Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Solute binding protein | ||||||
機能・相同性 | Bordetella uptake gene / Bordetella uptake gene, domain 1 / Tripartite tricarboxylate transporter family receptor / periplasmic space / Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Levy, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of terephthalate recognition by solute binding protein TphC. 著者: Gautom, T. / Dheeman, D. / Levy, C. / Butterfield, T. / Alvarez Gonzalez, G. / Le Roy, P. / Caiger, L. / Fisher, K. / Johannissen, L. / Dixon, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 812.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 546.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33792.711 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus B5 - 0.09M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide) 0.1M Buffer System 2 pH 7.5 (1.0M 7.5 Sodium HEPES; MOPS (acid) ) 30% v/v precipitant mix 1 (40% ...詳細: Morpheus B5 - 0.09M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide) 0.1M Buffer System 2 pH 7.5 (1.0M 7.5 Sodium HEPES; MOPS (acid) ) 30% v/v precipitant mix 1 (40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000) Temp details: Cold room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→70.48 Å / Num. obs: 161975 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 26.13 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2251 / Rpim(I) all: 0.0927 / Rrim(I) all: 0.2438 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.947 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 2.175 / Mean I/σ(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 16108 / CC1/2: 0.838 / CC star: 0.955 / Rpim(I) all: 0.88 / Rrim(I) all: 2.35 / % possible all: 95.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4X9T 解像度: 1.97→70.48 Å / SU ML: 0.2274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.5947 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→70.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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