PDB-7ndr: Crystal structure of TphC in an open conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ndr

タイトル

Crystal structure of TphC in an open conformation

要素

Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Solute binding protein

機能・相同性

Bordetella uptake gene / Bordetella uptake gene, domain 1 / Tripartite tricarboxylate transporter family receptor / Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein

機能・相同性情報

生物種

Comamonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Levy, C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of terephthalate recognition by solute binding protein TphC.
著者: Gautom, T. / Dheeman, D. / Levy, C. / Butterfield, T. / Alvarez Gonzalez, G. / Le Roy, P. / Caiger, L. / Fisher, K. / Johannissen, L. / Dixon, N.

履歴

登録	2021年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _audit_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ndr.cif.gz	812.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ndr.ent.gz	546.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ndr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ndr_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ndr_full_validation.pdf.gz	478.9 KB	表示
XML形式データ	7ndr_validation.xml.gz	75.5 KB	表示
CIF形式データ	7ndr_validation.cif.gz	112.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ndsC 4x9tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y3l-d 5y3j-d 5y3k-d 6loi-d 7n6y-d 6mp4-d 6d5b-d 1mkd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein

B: Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein

C: Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein

D: Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein

E: Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein

F: Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein

ヘテロ分子

203 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.113, 81.269, 186.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.547, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-496- HOH
2	1	B-598- HOH
3	1	C-423- HOH
4	1	C-652- HOH

#1: タンパク質	Tripartite tricarboxylate transporter substrate binding protein 分子量: 33792.711 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: E2578_22390 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5N7XFM8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus B5 - 0.09M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide) 0.1M Buffer System 2 pH 7.5 (1.0M 7.5 Sodium HEPES; MOPS (acid) ) 30% v/v precipitant mix 1 (40% ...詳細: Morpheus B5 - 0.09M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide) 0.1M Buffer System 2 pH 7.5 (1.0M 7.5 Sodium HEPES; MOPS (acid) ) 30% v/v precipitant mix 1 (40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000) Temp details: Cold room

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.63 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Morpheus B5 - 0.09M Halogens (0.3M Sodium fluoride; 0.3M Sodium bromide; 0.3M Sodium iodide) 0.1M Buffer System 2 pH 7.5 (1.0M 7.5 Sodium HEPES; MOPS (acid) ) 30% v/v precipitant mix 1 (40% ...
Temp details: Cold room

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→70.48 Å / Num. obs: 161975 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.13 Å² / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.2251 / R_pim(I) all: 0.0927 / R_rim(I) all: 0.2438 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.88→1.947 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 2.175 / Mean I/σ(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 16108 / CC_1/2: 0.838 / CC star: 0.955 / R_pim(I) all: 0.88 / R_rim(I) all: 2.35 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X9T

4x9t

解像度: 1.97→70.48 Å / SU ML: 0.2274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.5947
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	7252	5.15 %
R_work	0.1822	133470	-
obs	0.1842	140722	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→70.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13259	0	8	1649	14916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0131	13643
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8946	18624
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0631	2163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2423
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1474	4998

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.97-1.99	0.2981	223	0.2845	4452	X-RAY DIFFRACTION	99.6
1.99-2.02	0.3236	227	0.2795	4410	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.02-2.04	0.3199	240	0.2619	4462	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.04-2.07	0.2775	248	0.2675	4300	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.07-2.09	0.3129	249	0.2548	4478	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.09-2.12	0.2626	239	0.2366	4401	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.12-2.15	0.2708	227	0.2337	4464	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.15-2.18	0.2718	243	0.2302	4397	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.18-2.22	0.2708	259	0.2259	4433	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.22-2.26	0.2751	263	0.2298	4426	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.26-2.29	0.2793	278	0.2247	4380	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.29-2.34	0.2531	250	0.2099	4402	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.34-2.38	0.2408	246	0.2009	4478	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.38-2.43	0.2306	223	0.186	4393	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.43-2.48	0.2467	208	0.1839	4488	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.48-2.54	0.2516	236	0.1847	4486	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.54-2.6	0.2261	240	0.1847	4423	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.6-2.67	0.236	277	0.1791	4366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.75	0.2382	233	0.176	4483	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.75-2.84	0.2143	239	0.1777	4434	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.84-2.94	0.2228	225	0.1767	4469	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.94-3.06	0.225	233	0.1858	4480	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.06-3.2	0.2293	241	0.1814	4438	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.2-3.37	0.2003	216	0.1791	4513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.58	0.2156	232	0.1684	4472	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.58-3.86	0.1883	233	0.1625	4504	X-RAY DIFFRACTION	100
3.86-4.24	0.1653	260	0.141	4448	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.24-4.86	0.1537	250	0.1209	4495	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.86-6.12	0.1844	260	0.1503	4510	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.12-70.48	0.2234	254	0.1814	4585	X-RAY DIFFRACTION	99.32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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