PDB-7ndo: ER-PRS*(-) (L536S, L372R) in complex with raloxifene

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ndo

タイトル

ER-PRS*(-) (L536S, L372R) in complex with raloxifene

要素

Estrogen receptor

キーワード

TRANSCRIPTION / human estrogen receptor alpha / hERa-LBD / raloxifene / ligand binding domain / ER

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Kriegel, M. / Muller, Y.A.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: A PROSS-designed extensively mutated estrogen receptor alpha variant displays enhanced thermal stability while retaining native allosteric regulation and structure.
著者: Kriegel, M. / Wiederanders, H.J. / Alkhashrom, S. / Eichler, J. / Muller, Y.A.

履歴

登録	2021年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ndo.cif.gz	366.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ndo.ent.gz	252.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ndo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ndo_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ndo_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7ndo_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	7ndo_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nelC 7nfbC 2qxsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (11) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (11)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Estrogen receptor

B: Estrogen receptor

ヘテロ分子

58.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.581, 51.787, 57.513
Angle α, β, γ (deg.)	97.839, 113.516, 110.417
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1 分子量: 28474.348 Da / 分子数: 2 変異: M315I, V316I, D321E, T334S, S341Y, R363K, T371S, L372R, C381S, E397D, N407D, N413E, C417S, S433E, M437E, N439K, G442R, S450A, E471N, D473E, H474K, V478M, T485A, H488W, L489Y, A493S, T496S, C530S, L536S 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物	ChemComp-RAL / RALOXIFENE / ラロキシフェン分子量: 473.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₇NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.53 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月23日
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→42.8 Å / Num. obs: 56359 / % possible obs: 93.56 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.88 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.05248 / R_pim(I) all: 0.03125 / R_rim(I) all: 0.06115 / Net I/σ(I): 11.81
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.287 / Num. unique obs: 5535 / CC_1/2: 0.478 / CC star: 0.804 / R_pim(I) all: 0.7659 / R_rim(I) all: 1.499 / % possible all: 92.11

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		data processing
PHENIX	1.17.1_3660	位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QXS

2qxs

解像度: 1.6→42.8 Å / SU ML: 0.2288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 27.3991
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1954	1284	2.28 %	1284
R_work	0.1852	55068	-	-
obs	-	56352	93.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3801	0	103	289	4193

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	4055
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5177	5476
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0316	611
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0026	676
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.3458	1555

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.657	0.4268	137	0.3743	5535	X-RAY DIFFRACTION	92.11
1.74-1.83	0.2654	134	0.2731	6191	X-RAY DIFFRACTION	94.53
1.83-1.95	0.2561	156	0.2301	6135	X-RAY DIFFRACTION	93.95
1.95-2.1	0.2083	138	0.2028	5998	X-RAY DIFFRACTION	91.76
2.1-2.31	0.1983	142	0.1805	6229	X-RAY DIFFRACTION	95.05
2.31-2.64	0.192	139	0.1743	6020	X-RAY DIFFRACTION	92.41
2.64-3.33	0.2047	153	0.1812	6302	X-RAY DIFFRACTION	96.21
3.33-42.8	0.1514	145	0.1543	6123	X-RAY DIFFRACTION	93.62

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.01167738238	0.869428295084	-2.84371519775	3.62917223147	-3.24291369661	4.02222209424	0.596418184482	-1.40102224984	0.254302982458	1.35628281087	-0.308532543311	0.432446679944	0.349792818845	-0.902808115815	-0.154483396578	0.420746202265	-0.143964200487	0.0367819032274	0.595512017371	-0.0180065972785	0.312107366805	12.7687438542	1.47493463504	44.6466577182
2	4.91991216701	2.95084403071	0.463376072557	7.29298483583	-0.490569446094	2.87835550224	-0.129760873116	0.345275222909	0.19159704745	-0.380638176136	0.0334999230466	-0.344188166799	-0.331838251142	0.296647060137	0.0521165971124	0.408586485273	0.00637354157954	-0.0528162903188	0.363224294225	-0.0116554148781	0.261716097655	33.7924936536	16.2593243283	37.7432440879
3	3.33745021391	-1.93071427138	1.37484020988	5.47837360616	-2.60511367769	5.80070025323	0.162565052275	-0.0426701864238	-0.32124462692	0.0331617662452	-0.210485876506	-0.525345472291	0.326476061132	0.166208969821	0.0193455493284	0.285712553801	-0.0142965840839	-0.114002713124	0.191571655016	-0.0280781368601	0.292958041162	28.3875353258	0.328270814077	35.6353793731
4	5.55809517269	1.56621798429	4.25642496414	4.61270548267	1.34310113516	5.4552657158	-0.370669541144	-0.00689609281438	0.471416104835	-0.124065475885	-0.147077102371	0.271939830259	-0.777869432916	0.0221641547177	0.45867428049	0.55166993548	0.0544444458422	-0.130157256353	0.232346778108	-0.0337048169348	0.280685141661	24.6112049163	22.1648125437	30.3856732444
5	7.48876446371	-5.26460383144	1.23589886317	6.10918924867	0.531468617914	5.26016995486	-0.0714646042413	0.740090957803	0.321221275797	0.0980969552672	-1.06586892252	-1.83420393244	-0.0639879773696	1.64120610058	1.06831927778	0.993631428342	-0.215481436656	-0.065655565891	0.82134872722	0.200511600726	0.727572249981	34.4202283081	21.7865808586	20.2017795483
6	2.39565758209	1.13112842353	-0.466479608441	6.52999525131	-0.397243396108	3.8812796649	0.0617216216014	0.0122982308588	0.025942000005	-0.491080314686	-0.15529630305	-0.0638823807482	-0.205486584902	-0.131636019362	0.0148050753023	0.31179141879	0.0234715827598	-0.0825704766132	0.2483698577	-0.0716395905708	0.204104418043	20.7350284924	5.97759789709	28.3883225297
7	6.06630123664	-3.19505009628	0.487299541683	3.3102624337	0.0281196561844	5.8598650597	0.074976713787	-0.265826033179	-0.521460115404	0.427679260802	-0.0389285104049	0.0944549529256	0.674097877324	-0.247281036137	-0.0113880282502	0.382434661694	-0.0865698349703	-0.0575360343228	0.331024296559	-0.0319422634148	0.427288712031	13.4885758937	-6.10786990673	35.0865215425
8	5.95951837154	3.12884649153	-1.42771500547	5.47826653008	0.184907086196	2.77751842067	-0.252322576922	-0.376152597126	0.370973238142	-0.419261078706	-0.0138511210473	-0.109250473159	-0.201449664846	0.0688324441636	0.264312254849	0.33297315291	0.0390788725461	-0.0393229997783	0.221574958678	-0.0300359600675	0.18135548582	20.4298954706	3.74162580035	23.2876943131
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10	2.74711727385	3.82572495886	-4.04094223118	6.7349333013	-3.43831614473	9.83082401668	-0.878234588886	-0.101104497863	0.249593788818	1.08037363405	0.225528406334	-1.35414707596	-0.176690078768	-0.0206414980706	0.793823527858	0.582567691069	0.0748327667249	-0.279571410931	0.516994756742	-0.0162216289483	0.840270237606	38.3407959622	-1.83696016645	43.27507346
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17	1.52781662868	-2.67126075143	1.75732111733	6.5933823113	-1.93443514654	7.57701268634	-0.0452709527313	0.798905478567	0.82389654781	-0.435929174321	-0.293537311778	-1.08243721623	-0.175115041479	1.24565436734	0.35500216488	0.673688856632	-0.0763393298087	-0.0620307006107	0.566099669031	0.0851114027897	0.640302335027	27.4659561852	2.68644450031	-2.88392013995

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 311 through 321 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 322 through 363 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 364 through 394 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 395 through 411 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 412 through 421 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 422 through 468 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 469 through 496 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 497 through 527 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 528 through 536 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 537 through 547 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 310 through 321 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 322 through 411 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 412 through 437 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 438 through 465 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 466 through 496 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 497 through 528 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 529 through 547 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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