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- PDB-7ndo: ER-PRS*(-) (L536S, L372R) in complex with raloxifene -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ndo
タイトルER-PRS*(-) (L536S, L372R) in complex with raloxifene
要素Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / human estrogen receptor alpha / hERa-LBD / raloxifene / ligand binding domain / ER
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor ...Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RALOXIFENE / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kriegel, M. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: A PROSS-designed extensively mutated estrogen receptor alpha variant displays enhanced thermal stability while retaining native allosteric regulation and structure.
著者: Kriegel, M. / Wiederanders, H.J. / Alkhashrom, S. / Eichler, J. / Muller, Y.A.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,49915
ポリマ－56,9492
非ポリマー1,55013
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.581, 51.787, 57.513
Angle α, β, γ (deg.)97.839, 113.516, 110.417
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 28474.348 Da / 分子数: 2
変異: M315I, V316I, D321E, T334S, S341Y, R363K, T371S, L372R, C381S, E397D, N407D, N413E, C417S, S433E, M437E, N439K, G442R, S450A, E471N, D473E, H474K, V478M, T485A, H488W, L489Y, A493S, T496S, C530S, L536S
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物 ChemComp-RAL / RALOXIFENE


分子量: 473.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月23日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→42.8 Å / Num. obs: 56359 / % possible obs: 93.56 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05248 / Rpim(I) all: 0.03125 / Rrim(I) all: 0.06115 / Net I/σ(I): 11.81
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.287 / Num. unique obs: 5535 / CC1/2: 0.478 / CC star: 0.804 / Rpim(I) all: 0.7659 / Rrim(I) all: 1.499 / % possible all: 92.11

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
MxCuBEデータ収集
XDSdata processing
PHENIX1.17.1_3660位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QXS

2qxs


解像度: 1.6→42.8 Å / SU ML: 0.2288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 27.3991
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1954 1284 2.28 %1284
Rwork0.1852 55068 --
obs-56352 93.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→42.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3801 0 103 289 4193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00274055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51775476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0316611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0026676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.34581555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6570.42681370.37435535X-RAY DIFFRACTION92.11
1.74-1.830.26541340.27316191X-RAY DIFFRACTION94.53
1.83-1.950.25611560.23016135X-RAY DIFFRACTION93.95
1.95-2.10.20831380.20285998X-RAY DIFFRACTION91.76
2.1-2.310.19831420.18056229X-RAY DIFFRACTION95.05
2.31-2.640.1921390.17436020X-RAY DIFFRACTION92.41
2.64-3.330.20471530.18126302X-RAY DIFFRACTION96.21
3.33-42.80.15141450.15436123X-RAY DIFFRACTION93.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.011677382380.869428295084-2.843715197753.62917223147-3.242913696614.022222094240.596418184482-1.401022249840.2543029824581.35628281087-0.3085325433110.4324466799440.349792818845-0.902808115815-0.1544833965780.420746202265-0.1439642004870.03678190322740.595512017371-0.01800659727850.31210736680512.76874385421.4749346350444.6466577182
24.919912167012.950844030710.4633760725577.29298483583-0.4905694460942.87835550224-0.1297608731160.3452752229090.19159704745-0.3806381761360.0334999230466-0.344188166799-0.3318382511420.2966470601370.05211659711240.4085864852730.00637354157954-0.05281629031880.363224294225-0.01165541487810.26171609765533.792493653616.259324328337.7432440879
33.33745021391-1.930714271381.374840209885.47837360616-2.605113677695.800700253230.162565052275-0.0426701864238-0.321244626920.0331617662452-0.210485876506-0.5253454722910.3264760611320.1662089698210.01934554932840.285712553801-0.0142965840839-0.1140027131240.191571655016-0.02807813686010.29295804116228.38753532580.32827081407735.6353793731
45.558095172691.566217984294.256424964144.612705482671.343101135165.4552657158-0.370669541144-0.006896092814380.471416104835-0.124065475885-0.1470771023710.271939830259-0.7778694329160.02216415471770.458674280490.551669935480.0544444458422-0.1301572563530.232346778108-0.03370481693480.28068514166124.611204916322.164812543730.3856732444
57.48876446371-5.264603831441.235898863176.109189248670.5314686179145.26016995486-0.07146460424130.7400909578030.3212212757970.0980969552672-1.06586892252-1.83420393244-0.06398797736961.641206100581.068319277780.993631428342-0.215481436656-0.0656555658910.821348727220.2005116007260.72757224998134.420228308121.786580858620.2017795483
62.395657582091.13112842353-0.4664796084416.52999525131-0.3972433961083.88127966490.06172162160140.01229823085880.025942000005-0.491080314686-0.15529630305-0.0638823807482-0.205486584902-0.1316360193620.01480507530230.311791418790.0234715827598-0.08257047661320.2483698577-0.07163959057080.20410441804320.73502849245.9775978970928.3883225297
76.06630123664-3.195050096280.4872995416833.31026243370.02811965618445.85986505970.074976713787-0.265826033179-0.5214601154040.427679260802-0.03892851040490.09445495292560.674097877324-0.247281036137-0.01138802825020.382434661694-0.0865698349703-0.05753603432280.331024296559-0.03194226341480.42728871203113.4885758937-6.1078699067335.0865215425
85.959518371543.12884649153-1.427715005475.478266530080.1849070861962.77751842067-0.252322576922-0.3761525971260.370973238142-0.419261078706-0.0138511210473-0.109250473159-0.2014496648460.06883244416360.2643122548490.332973152910.0390788725461-0.03932299977830.221574958678-0.03003596006750.1813554858220.42989547063.7416258003523.2876943131
92.447330175833.27902578592-2.932103710576.64046721117-6.803405636727.188468383740.4881705420370.530424661254-0.280068185906-0.206521160988-0.5399585916-1.04725423492-0.5409862726240.6067717455680.01373954561610.590426762019-0.02510838221560.04548823482660.9895193047140.08086446772521.1816070454943.31943863747.5906005037129.4291744737
102.747117273853.82572495886-4.040942231186.7349333013-3.438316144739.83082401668-0.878234588886-0.1011044978630.2495937888181.080373634050.225528406334-1.35414707596-0.176690078768-0.02064149807060.7938235278580.5825676910690.0748327667249-0.2795714109310.516994756742-0.01622162894830.84027023760638.3407959622-1.8369601664543.27507346
110.469642561545-0.202740554810.3896540719972.20097353489-1.664696795061.40801155293-0.01487410897710.246398521163-0.372301162086-0.0434775534879-0.1816875959550.503342911548-0.180421247364-0.6292365721060.07126725718750.2157174775430.0201105756424-0.08462107398050.401551702466-0.1122657691780.3651518616463.98436734608-8.93134354587.47783732256
122.18327832274-0.5531637766130.6577721111962.257094406960.6601948284572.197350292170.02246932620810.167992486237-0.0442659203939-0.128836655812-0.0293079402978-0.0402689615243-0.03473858829850.1126056429650.0003302732977540.166590105307-0.0125060938353-0.03948473972550.213202517629-0.01826251986240.20052522265926.0789329164-10.57567726564.65404429747
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 311 through 321 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 322 through 363 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 364 through 394 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 395 through 411 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 412 through 421 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 422 through 468 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 469 through 496 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 497 through 527 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 528 through 536 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 537 through 547 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 310 through 321 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 322 through 411 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 412 through 437 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 438 through 465 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 466 through 496 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 497 through 528 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 529 through 547 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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