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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nde | ||||||
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タイトル | Trichoderma parareesei PL7A beta-glucuronan lyase | ||||||
![]() | Glucuronan lyase | ||||||
![]() | LYASE / glucuronan lyase / b-jelly roll | ||||||
機能・相同性 | Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Glucuronan lyases from family PL7 use a Tyr/Tyr syn beta-elimination catalytic mechanism for glucuronan breakdown. 著者: Vuillemin, M. / Pilgaard, B. / Kiehn, E. / Fredslund, F. / Welner, D.H. / Meyer, A.S. / Aachmann, F.L. / Wilkens, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2cwsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25714.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M disodium malonate pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→43.55 Å / Num. obs: 49303 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 26.2 % / Biso Wilson estimate: 23.37 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 22.47 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / Num. unique obs: 4791 / CC1/2: 0.44 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2CWS 解像度: 1.45→43.55 Å / SU ML: 0.136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.4812 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→43.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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