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- PDB-7nco: Glutathione-S-transferase GliG mutant K127R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nco
タイトルGlutathione-S-transferase GliG mutant K127R
要素Glutathione S-transferase GliG
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Aspergillus fumigatus / mycotoxin / glutathione-S-transferase / carbon-sulphur-bond / epidithiodioxopiperazine
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / molecular function activator activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus A1163 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Groll, M. / Huber, E.M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into C-S Bond Formation in Gliotoxin.
著者: Scherlach, K. / Kuttenlochner, W. / Scharf, D.H. / Brakhage, A.A. / Hertweck, C. / Groll, M. / Huber, E.M.
履歴
登録2021年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase GliG
B: Glutathione S-transferase GliG
C: Glutathione S-transferase GliG
D: Glutathione S-transferase GliG
E: Glutathione S-transferase GliG
F: Glutathione S-transferase GliG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,49915
ポリマ－173,9466
非ポリマー5539
水15,853880
1
A: Glutathione S-transferase GliG
B: Glutathione S-transferase GliG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3488
ポリマ－57,9822
非ポリマー3666
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5770 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
2
C: Glutathione S-transferase GliG
D: Glutathione S-transferase GliG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9822
ポリマ－57,9822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
3
E: Glutathione S-transferase GliG
F: Glutathione S-transferase GliG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1685
ポリマ－57,9822
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.310, 85.150, 347.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Glutathione S-transferase GliG


分子量: 28991.029 Da / 分子数: 6 / 変異: K127R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus A1163 (カビ) / 遺伝子: AFUB_075740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0Y813
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 23 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48 Å / Num. obs: 179268 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.457 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 28116

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NC3

7nc3


解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.453 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2313 8962 5 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
obs0.2022 170271 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.41 Å2 / Biso mean: 29.944 Å2 / Biso min: 15.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.81 Å20 Å2
3---4.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11614 0 36 880 12530
Biso mean--42.8 45.52 -
残基数----1432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01312021
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1491.65216317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.131.57426133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82851442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.46921.306651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.343152086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3451596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.21519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022628
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.296323305
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 661 -
Rwork0.325 12553 -
all-13214 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0715-0.02830.00480.06-0.01960.0261-0.0013-0.00590.00090.00780.00280.00610.00170.0018-0.00140.0766-0.001300.0693-0.0010.0037-17.9551-3.411182.0137
20.0504-0.03580.02910.0757-0.01620.02020.00210.0042-0.0051-0.0005-0.0008-0.0024-0.0012-0.0017-0.00130.0778-0.00040.00160.0682-0.00050.0064-15.559-4.945158.524
30.0377-0.00410.00330.1706-0.04390.03830.00030.0046-0.0102-0.0140.001-0.00740.00120.0018-0.00120.0746-0.0007-0.00090.0724-0.00270.0035-15.9304-3.9757116.3433
40.01750.00090.0020.1367-0.05090.06460.00160.0013-0.0050.0062-0.0016-0.0001-0.00220.003500.07310.0009-0.00070.0715-0.00120.0015-15.94770.3351139.6602
50.04730.0199-0.01440.0556-0.02470.0436-0.00220.0037-0.0005-0.00770.00390.00840.00090.0023-0.00170.07670.001-0.00150.071-0.00110.0017-15.59191.5731174.6379
60.04620.0162-0.00620.0482-0.01080.04290.0006-0.003-0.00170.0015-0.0032-0-0.0015-0.00290.00260.07630.0004-0.00080.06940.00040.0002-12.42534.2822197.9779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 239
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 239
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 240
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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