PDB-7ncn: Glutathione-S-transferase GliG mutant S83A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ncn

タイトル

Glutathione-S-transferase GliG mutant S83A

要素

Glutathione S-transferase GliG

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Aspergillus fumigatus / mycotoxin / glutathione-S-transferase / carbon-sulphur-bond / epidithiodioxopiperazine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / molecular function activator activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus A1163 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Groll, M. / Huber, E.M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into C-S Bond Formation in Gliotoxin.
著者: Scherlach, K. / Kuttenlochner, W. / Scharf, D.H. / Brakhage, A.A. / Hertweck, C. / Groll, M. / Huber, E.M.

履歴

登録	2021年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ncn.cif.gz	608.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ncn.ent.gz	505 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ncn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ncn_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ncn_full_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示
XML形式データ	7ncn_validation.xml.gz	55.1 KB	表示
CIF形式データ	7ncn_validation.cif.gz	77.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7ncn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7ncn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nc1C 7nc2C 7nc3SC 7nc5C 7nc6C 7nc8C 7nc9C 7ncbC 7ncdC 7nceC 7nclC 7ncmC 7ncoC 7ncpC 7nctC 7ncuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nct-3 7nc3-1 7nce-2 7nc3-3 7nc8-1 7nc8-2 7nce-3 7ncn-2 7nco-1 7ncp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.110, 85.840, 347.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase GliG 分子量: 28947.014 Da / 分子数: 6 / 変異: S83A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus A1163 (カビ) / 遺伝子: AFUB_075740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0Y813
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 24 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48 Å / Num. obs: 126946 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / R_merge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 18227

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NC3

7nc3

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 9.976 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2204	6346	5 %	RANDOM
R_work	0.1825	-	-	-
obs	0.1843	120563	98.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.19 Å² / B_iso mean: 35.933 Å² / B_iso min: 17.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.21 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11569	0	16	743	12328
B_iso mean	-	-	40.73	43.17	-
残基数	-	-	-	-	1428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	12003
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.152	1.651	16305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.093	1.575	26171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.832	5	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.453	21.413	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.519	15	2095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.767	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2611
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.489	3	23298

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	473	-
R_work	0.294	8974	-
all	-	9447	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0498	-0.0061	0.0061	0.0585	-0.0142	0.0422	0.0016	-0.0028	-0.0013	0.0047	-0.0005	0.0023	-0.0013	0.0001	-0.0011	0.0005	-0	0.0006	0.0481	-0.0006	0.041	-17.5067	-4.0627	82.1213
2	0.0403	-0.0083	0.0126	0.0425	0.0064	0.0492	0.0013	0.0069	-0.0029	-0.0045	-0.001	-0.0015	-0.0009	-0	-0.0003	0.0005	-0.0005	0.0008	0.046	0.0009	0.0415	-16.0092	-5.372	58.4235
3	0.033	0.0076	0.011	0.116	-0.0343	0.0502	0.0007	0.0021	-0.0038	-0.0098	-0.0018	-0.0066	0.0036	0.0032	0.0011	0.0024	0.0005	0.0015	0.0474	-0.0007	0.04	-14.7059	-4.2079	116.2716
4	0.0392	0.0009	-0.0162	0.1216	-0.059	0.1108	-0.0018	-0.0041	0.0015	0.0274	-0.0011	-0.0082	-0.0249	0.0038	0.0028	0.0123	-0.0017	-0.0024	0.0447	-0.0011	0.038	-14.3268	0.2371	139.5764
5	0.0087	0.0032	0.0097	0.0439	0.0464	0.0584	-0.0019	0.0051	0.0038	-0.018	0.0002	0.0099	-0.0181	-0.0033	0.0017	0.0089	-0.0005	-0.0081	0.0469	-0.0012	0.0422	-13.81	1.6413	174.5289
6	0.0394	-0.0047	-0.0043	0.0777	0.0184	0.0996	0.001	0	0.0067	-0.0014	0.0009	-0.0007	-0.0138	-0.0077	-0.0019	0.0027	-0.0033	-0.0029	0.0412	-0.0032	0.041	-10.4586	4.4734	197.8723

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 240
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	4 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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