PDB-7ncl: Glutathione-S-transferase GliG mutant E82Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ncl

タイトル

Glutathione-S-transferase GliG mutant E82Q

要素

Glutathione S-transferase GliG

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Aspergillus fumigatus / mycotoxin / glutathione-S-transferase / carbon-sulphur-bond / epidithiodioxopiperazine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / molecular function activator activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus A1163 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Groll, M. / Huber, E.M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into C-S Bond Formation in Gliotoxin.
著者: Scherlach, K. / Kuttenlochner, W. / Scharf, D.H. / Brakhage, A.A. / Hertweck, C. / Groll, M. / Huber, E.M.

履歴

登録	2021年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ncl.cif.gz	607.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ncl.ent.gz	503.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ncl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7ncl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7ncl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nc1C 7nc2C 7nc3SC 7nc5C 7nc6C 7nc8C 7nc9C 7ncbC 7ncdC 7nceC 7ncmC 7ncnC 7ncoC 7ncpC 7nctC 7ncuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ncl-3 7nc5-1 7ncd-1 7nc3-3 7nc5-3 7nc8-1 7nco-3 7nc8-2 7nc3-2 7ncp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.330, 85.270, 346.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase GliG 分子量: 28962.029 Da / 分子数: 6 / 変異: E82Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus A1163 (カビ) / 遺伝子: AFUB_075740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0Y813
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 23 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→45 Å / Num. obs: 104157 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / R_merge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 14197

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NC3

7nc3

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 10.49 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2213	5207	5 %	RANDOM
R_work	0.1749	-	-	-
obs	0.1772	98929	96.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.28 Å² / B_iso mean: 38.115 Å² / B_iso min: 22.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11596	0	29	598	12223
B_iso mean	-	-	43.55	44.66	-
残基数	-	-	-	-	1431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	12046
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11320
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.144	1.651	16356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.094	1.575	26248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.736	5	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.068	21.537	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.456	15	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.857	15	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.426	3	23366

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.299	388	-
R_work	0.24	7370	-
all	-	7758	-
obs	-	-	97.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0786	-0.0194	0.013	0.0896	-0.0201	0.0753	-0.0027	-0.0062	0.0007	0.0079	0.0034	0.002	-0.0003	-0.0014	-0.0007	0.0008	0.0002	0.0014	0.0153	-0.001	0.0151	-17.2057	-3.7323	81.7363
2	0.0897	-0.0188	0.027	0.0681	-0.0042	0.0673	0.003	0.0102	-0.0009	-0.0051	-0.0016	-0.0008	-0.0013	0.0035	-0.0014	0.0006	-0.0002	0.0014	0.0151	0.0005	0.0153	-15.4662	-5.2044	58.1295
3	0.0436	0.0119	0.0112	0.1362	-0.047	0.0737	0.0004	0.0004	-0.0045	-0.0072	-0.0006	-0.011	0.0044	-0.0002	0.0002	0.0013	0.0004	0.0009	0.0135	-0.0024	0.016	-14.8414	-4.0778	115.5211
4	0.0475	-0.0038	-0.0066	0.1148	-0.0735	0.1465	0.0021	-0.0044	-0.0021	0.0173	-0.0036	-0.0061	-0.0204	0.0047	0.0015	0.0048	-0.0045	-0.0008	0.0121	-0.003	0.0129	-14.5025	0.2415	138.8561
5	0.088	0.0148	-0.0171	0.045	0.0044	0.0531	-0.0012	0.0028	0.0026	-0.0113	0.002	0.009	-0.0097	-0.0021	-0.0008	0.0058	-0.0006	-0.0057	0.0147	-0.0035	0.0125	-13.9967	1.5389	173.6741
6	0.0715	0.0022	-0.0341	0.0825	0.012	0.1243	0.0019	-0.0069	0.0013	0.0023	-0.0039	0.0006	-0.013	0.0006	0.002	0.003	-0.0026	-0.003	0.0132	-0.0025	0.0128	-10.7889	4.3266	196.9979

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 240
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 240
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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