PDB-7ncd: Glutathione-S-transferase GliG mutant N27D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ncd

タイトル

Glutathione-S-transferase GliG mutant N27D

要素

Glutathione S-transferase GliG

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Aspergillus fumigatus / mycotoxin / glutathione-S-transferase / carbon-sulphur-bond / epidithiodioxopiperazine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / molecular function activator activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus fumigatus A1163 (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Groll, M. / Huber, E.M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into C-S Bond Formation in Gliotoxin.
著者: Scherlach, K. / Kuttenlochner, W. / Scharf, D.H. / Brakhage, A.A. / Hertweck, C. / Groll, M. / Huber, E.M.

履歴

登録	2021年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ncd.cif.gz	591.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ncd.ent.gz	493.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ncd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ncd_validation.pdf.gz	483 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ncd_full_validation.pdf.gz	488.8 KB	表示
XML形式データ	7ncd_validation.xml.gz	50.6 KB	表示
CIF形式データ	7ncd_validation.cif.gz	69.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7ncd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7ncd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nc1C 7nc2C 7nc3SC 7nc5C 7nc6C 7nc8C 7nc9C 7ncbC 7nceC 7nclC 7ncmC 7ncnC 7ncoC 7ncpC 7nctC 7ncuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nc8-2 7nc5-1 7nco-3 7nc3-2 7ncp-1 7ncl-3 7ncl-1 7nct-1 7ncp-2 7nce-2 7nce-1 7ncp-3 7nc6-2 7nc5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.030, 85.030, 345.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase GliG 分子量: 28963.998 Da / 分子数: 6 / 変異: N27D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus A1163 (カビ) / 遺伝子: AFUB_075740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0Y813
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 25 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→49 Å / Num. obs: 100404 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2.05→2.15 Å / R_merge(I) obs: 0.538 / Num. unique obs: 13290

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NC3

7nc3

解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 14.681 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2393	5019	5 %	RANDOM
R_work	0.2096	-	-	-
obs	0.2111	95351	99.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 130.34 Å² / B_iso mean: 51.456 Å² / B_iso min: 26.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.05→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11606	0	22	262	11890
B_iso mean	-	-	41.35	50.41	-
残基数	-	-	-	-	1433

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	11972
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.163	1.651	16247
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.095	1.576	26085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.79	5	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.788	21.438	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.068	15	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.291	15	92
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	13211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.357	3	23228

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	368	-
R_work	0.307	6978	-
all	-	7346	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9595	0.0119	0.001	0.6588	0.0519	0.9628	-0.0284	-0.1475	-0.0471	0.1587	0.0166	0.0695	-0.0087	0.017	0.0117	0.3366	0.0046	0.0035	0.222	0.0286	0.2631	-17.3346	-4.3592	81.3445
2	1.1875	-0.0891	-0.0068	0.7445	-0.0688	0.9552	-0.0355	0.2796	-0.0771	-0.085	0.0416	0.0143	0.0245	0.0705	-0.0061	0.2799	-0.0191	-0.0105	0.2781	-0.0219	0.2602	-15.4903	-5.7036	57.8675
3	0.5433	0.009	0.2496	1.1666	-0.6016	1.0479	-0.0818	0.0894	-0.0557	-0.2547	0.0676	-0.1387	0.1245	-0.1256	0.0142	0.4437	-0.0095	-0.0189	0.2262	-0.1024	0.1718	-15.1671	-4.6059	115.5853
4	0.3548	0.1621	0.1703	0.6743	-0.9734	2.0316	-0.0651	-0.0473	-0.0949	0.1412	0.0639	-0.1048	-0.2856	-0.1517	0.0012	0.4335	0.0328	-0.0285	0.2134	-0.0765	0.1695	-14.7349	-0.1178	138.5747
5	0.9683	0.3092	-0.5692	0.7178	0.1684	1.1595	-0.0234	-0.2461	-0.0588	-0.2075	-0.1544	0.0194	-0.2951	-0.1096	0.1778	0.419	0.0751	-0.1067	0.3184	-0.1628	0.1476	-14.0121	2.0735	172.8592
6	0.0604	0.069	-0.1734	0.4881	0.4935	2.3852	0.0395	-0.1747	-0.0181	0.0099	-0.2987	0.1039	-0.5381	0.3747	0.2592	0.384	-0.0695	-0.0816	0.6667	-0.0752	0.1151	-10.9177	4.5723	196.0273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 240
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-1 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 239

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関連情報:EMDBヘッダ

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