PDB-7nc9: Glutathione-S-transferase GliG mutant H26N

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nc9

タイトル

Glutathione-S-transferase GliG mutant H26N

要素

Glutathione S-transferase GliG

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Aspergillus fumigatus / mycotoxin / glutathione-S-transferase / carbon-sulphur-bond / epidithiodioxopiperazine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / molecular function activator activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Groll, M. / Huber, E.M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into C-S Bond Formation in Gliotoxin.
著者: Scherlach, K. / Kuttenlochner, W. / Scharf, D.H. / Brakhage, A.A. / Hertweck, C. / Groll, M. / Huber, E.M.

履歴

登録	2021年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nc9.cif.gz	563.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nc9.ent.gz	472 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nc9_validation.pdf.gz	364.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nc9_full_validation.pdf.gz	369.7 KB	表示
XML形式データ	7nc9_validation.xml.gz	47 KB	表示
CIF形式データ	7nc9_validation.cif.gz	63.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7nc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7nc9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nc1C 7nc2C 7nc3SC 7nc5C 7nc6C 7nc8C 7ncbC 7ncdC 7nceC 7nclC 7ncmC 7ncnC 7ncoC 7ncpC 7nctC 7ncuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nce-1 7ncn-2 7ncp-1 7nc2-d 7nc3-2 7nco-1 7nce-3 7ncd-1 7nc5-2 7ncp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	267.820, 86.180, 63.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.780, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase GliG 分子量: 28938.971 Da / 分子数: 6 / 変異: H26N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163) (カビ) 株: CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163 / 遺伝子: AFUB_075740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0Y813
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris pH 6.5, 26 %PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→47 Å / Num. obs: 45771 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.55→2.65 Å / R_merge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4934

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NC3

7nc3

解像度: 2.55→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 32.749 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2628	2287	5 %	RANDOM
R_work	0.2282	-	-	-
obs	0.2299	43459	96.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.59 Å² / B_iso mean: 64.186 Å² / B_iso min: 37.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9 Å²	0 Å²	1.34 Å²
2-	-	3.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.55→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11490	0	8	74	11572
B_iso mean	-	-	60.5	54.46	-
残基数	-	-	-	-	1418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	11799
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.183	1.651	16020
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.057	1.575	25725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.858	5	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.659	21.564	633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.032	15	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.224	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.042	0.2	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13006
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2548

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.419	165	-
R_work	0.371	3128	-
all	-	3293	-
obs	-	-	95.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9531	0.4946	-0.5859	0.3186	-0.4653	0.9317	0.0442	-0.323	0.1314	-0.0298	-0.1159	0.0659	0.1026	-0.0427	0.0717	0.0541	-0.062	-0.0032	0.2177	-0.138	0.1721	-32.4166	31.7263	57.0662
2	1.1893	0.5204	-0.5299	0.2898	-0.3658	0.7167	-0.0199	-0.0243	0.1992	-0.0572	-0.0368	0.0417	0.0315	0.067	0.0567	0.1172	-0.0088	-0.0204	0.0482	-0.0486	0.2856	-17.3115	41.7426	42.0275
3	1.8786	0.4451	-0.6201	0.1231	-0.111	1.189	0.0082	0.4077	0.0356	0.0556	0.0643	-0.0036	0.1719	-0.0402	-0.0725	0.1611	-0.0503	-0.0234	0.2152	-0.0101	0.042	-61.6479	-20.2107	40.3259
4	1.4428	-0.0628	-0.4591	0.0397	-0.0473	0.5611	-0.0029	-0.1824	0.0231	-0.0237	0.0816	0.0364	0.0097	-0.0368	-0.0787	0.1003	-0.0104	0.0111	0.2314	0.0382	0.0849	-80.0781	-20.9803	54.8969
5	0.7311	0.375	-0.6127	0.4051	-0.1571	1.0444	-0.0297	-0.0683	0.0158	0.0243	0.0327	-0.1115	0.0545	-0.2195	-0.003	0.1092	0.0051	-0.0682	0.2667	-0.0868	0.0995	-33.7369	-10.6176	25.566
6	0.8146	0.3334	-0.257	0.5173	-0.3679	0.5845	-0.1123	0.0461	0.0552	-0.0874	0.1121	-0.1685	-0.0352	-0.0078	0.0002	0.1541	-0.0066	-0.0433	0.0512	-0.0972	0.2209	-18.6661	-1.0202	10.3468

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 238
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 238
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 238
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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