PDB-7nc3: Glutathione-S-transferase GliG (space group P212121)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nc3

タイトル

Glutathione-S-transferase GliG (space group P212121)

要素

Glutathione S-transferase GliG

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Aspergillus fumigatus / mycotoxin / glutathione-S-transferase / carbon-sulphur-bond / epidithiodioxopiperazine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / molecular function activator activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Groll, M. / Huber, E.M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into C-S Bond Formation in Gliotoxin.
著者: Scherlach, K. / Kuttenlochner, W. / Scharf, D.H. / Brakhage, A.A. / Hertweck, C. / Groll, M. / Huber, E.M.

履歴

登録	2021年1月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nc3.cif.gz	609.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nc3.ent.gz	506.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nc3_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nc3_full_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示
XML形式データ	7nc3_validation.xml.gz	55.7 KB	表示
CIF形式データ	7nc3_validation.cif.gz	80.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7nc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/7nc3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nc1C 7nc2SC 7nc5C 7nc6C 7nc8C 7nc9C 7ncbC 7ncdC 7nceC 7nclC 7ncmC 7ncnC 7ncoC 7ncpC 7nctC 7ncuC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7nct-3 7nc3-3 7nc8-1 7ncn-1 7ncn-3 7nce-3 7nc3-2 7ncp-2 7ncp-3 7ncp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

174 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutathione S-transferase GliG

B: Glutathione S-transferase GliG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glutathione S-transferase GliG

D: Glutathione S-transferase GliG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Glutathione S-transferase GliG

F: Glutathione S-transferase GliG

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.070, 85.730, 347.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase GliG 分子量: 28963.014 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163) (カビ) 株: CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163 / 遺伝子: AFUB_075740 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0Y813
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 886 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 25 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→49 Å / Num. obs: 191960 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / R_merge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 31117

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NC2

7nc2

解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 5.176 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1944	9596	5 %	RANDOM
R_work	0.1657	-	-	-
obs	0.1672	182331	98.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.7 Å² / B_iso mean: 30.371 Å² / B_iso min: 16.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11555	0	0	886	12441
B_iso mean	-	-	-	39.63	-
残基数	-	-	-	-	1425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	11910
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.183	1.65	16178
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.192	1.575	25944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.042	5	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.692	21.509	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.206	15	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.776	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	1511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13149
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.499	3	23102

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	708	-
R_work	0.266	13459	-
all	-	14167	-
obs	-	-	99.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0106	-0.0017	-0.003	0.0028	-0.0015	0.012	-0.0005	-0.0028	0.0009	0.0002	0.001	0.0004	0.001	-0	-0.0005	0.0422	-0	-0.0002	0.0023	-0.0001	0.0315	-17.4973	-3.756	82.0502
2	0.0174	-0.0007	0.0045	0.0109	-0.003	0.0098	-0.0001	0.0008	0.0007	-0.001	0.0003	0.0005	-0.0005	0.0013	-0.0003	0.0422	0.0005	0.0002	0.0031	-0.0003	0.0307	-15.7894	-5.1818	58.4505
3	0.0049	0.0058	-0.0028	0.0403	-0.0088	0.0077	0.0001	-0.0005	-0.0006	-0.0018	-0.0003	-0.0033	0.0009	-0.0013	0.0002	0.0412	-0.0001	0.0001	0.0015	-0	0.0314	-14.8674	-4.052	116.1747
4	0.0073	0.0008	-0.0116	0.0326	-0.0153	0.0281	0.0013	-0.0016	-0.0011	0.0058	-0.0005	-0.0022	-0.0048	0.0014	-0.0007	0.0416	-0.0005	-0.0008	0.001	-0.0002	0.031	-14.4668	0.2611	139.4975
5	0.0128	0.0038	0.0003	0.011	-0.0119	0.0294	-0.0005	0.0009	0.0002	-0.003	0.0013	0.0018	-0.0008	0.0009	-0.0008	0.043	-0.0003	-0.0001	0.0005	0	0.031	-14.0378	1.5134	174.4973
6	0.0197	-0.003	-0.0092	0.0081	-0.0072	0.0144	0.0007	-0.0011	-0.0003	0.0016	-0.0005	0	-0.0009	0.0023	-0.0003	0.0424	-0.0013	-0.0005	0.0029	-0.0005	0.0307	-10.6879	4.4072	197.8129

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 239
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 239
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	4 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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