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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nbx | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Lateral-open conformation of the lid-locked BAM complex (BamA E435C S665C, BamBDCE) by cryoEM | ||||||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Haysom, S.F. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The role of membrane destabilisation and protein dynamics in BAM catalysed OMP folding. 著者: Paul White / Samuel F Haysom / Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Jonathan M Machin / James M Whitehouse / Jim E Horne / Bob Schiffrin / Charlotte Carpenter-Platt / Antonio N Calabrese / ...著者: Paul White / Samuel F Haysom / Matthew G Iadanza / Anna J Higgins / Jonathan M Machin / James M Whitehouse / Jim E Horne / Bob Schiffrin / Charlotte Carpenter-Platt / Antonio N Calabrese / Kelly M Storek / Steven T Rutherford / David J Brockwell / Neil A Ranson / Sheena E Radford / ![]() ![]() 要旨: The folding of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) in Gram-negative bacteria is catalysed by the β-barrel assembly machinery (BAM). How lateral opening in the β-barrel of the major subunit ...The folding of β-barrel outer membrane proteins (OMPs) in Gram-negative bacteria is catalysed by the β-barrel assembly machinery (BAM). How lateral opening in the β-barrel of the major subunit BamA assists in OMP folding, and the contribution of membrane disruption to BAM catalysis remain unresolved. Here, we use an anti-BamA monoclonal antibody fragment (Fab1) and two disulphide-crosslinked BAM variants (lid-locked (LL), and POTRA-5-locked (P5L)) to dissect these roles. Despite being lethal in vivo, we show that all complexes catalyse folding in vitro, albeit less efficiently than wild-type BAM. CryoEM reveals that while Fab1 and BAM-P5L trap an open-barrel state, BAM-LL contains a mixture of closed and contorted, partially-open structures. Finally, all three complexes globally destabilise the lipid bilayer, while BamA does not, revealing that the BAM lipoproteins are required for this function. Together the results provide insights into the role of BAM structure and lipid dynamics in OMP folding. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 477.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 404.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90601.352 Da / 分子数: 1 / 変異: E435C S665C C690S C700S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 41918.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bamB, yfgL, b2512, JW2496 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 36875.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 27858.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bamD, yfiO, b2595, JW2577 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 13530.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: bamE, smpA, b2617, JW2598 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: beta-barrel assembly machinery (BAM) complex (BamABCDE) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.203 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Grids were glow discharged in a GlowQube Plus for 30s at 60 mA グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 49.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 793444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141612 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 211 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: Initial local fitting accomplished in Chimera. VMD was then used to setup cMDFF simulations that were run using NAMD. Both 7BNQ and 5LJO were used as initial models, with the best fitting ...詳細: Initial local fitting accomplished in Chimera. VMD was then used to setup cMDFF simulations that were run using NAMD. Both 7BNQ and 5LJO were used as initial models, with the best fitting parts of each then combined and flexibly fit again to generate the final conformation. This was then Real Space Refined in Phenix to generate the final structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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