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- PDB-7nbi: Crystal structure of a monomeric FLT3 Ligand variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nbi
タイトルCrystal structure of a monomeric FLT3 Ligand variant
要素Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
キーワードDE NOVO PROTEIN / FLT3 Ligand / Engineered cytokine / monomeric FLT3 ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic cell differentiation / STAT5 Activation / FLT3 signaling through SRC family kinases / embryonic hemopoiesis / PI3K Cascade / FLT3 signaling by CBL mutants / FLT3 Signaling / Negative regulation of FLT3 / B cell differentiation / cytokine activity ...dendritic cell differentiation / STAT5 Activation / FLT3 signaling through SRC family kinases / embryonic hemopoiesis / PI3K Cascade / FLT3 signaling by CBL mutants / FLT3 Signaling / Negative regulation of FLT3 / B cell differentiation / cytokine activity / receptor tyrosine kinase binding / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flt3 ligand / flt3 ligand / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Pannecoucke, E. / Raes, L. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO) ベルギー
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Engineering and crystal structure of a monomeric FLT3 ligand variant.
著者: Pannecoucke, E. / Raes, L. / Savvides, S.N.
履歴
登録2021年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
B: Fms-related tyrosine kinase 3 ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2317
ポリマ－31,7502
非ポリマー4805
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, size exclusion chromatography in line with multi-angle laser light scattering device
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.300, 43.490, 46.360
Angle α, β, γ (deg.)82.820, 85.410, 85.100
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Fms-related tyrosine kinase 3 ligand / Flt3 ligand / Flt3L / SL cytokine


分子量: 15875.146 Da / 分子数: 2 / 変異: L33D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLT3LG / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta-gami B / 参照: UniProt: P49771
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.89 % / 解説: Morphologically twinned
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→18.64 Å / Num. obs: 70278 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 8.81 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 2.37 % / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique obs: 4053 / CC1/2: 0.728 / Rrim(I) all: 0.567 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVERSION Jan 31, 2020データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19.1_4122精密化
BUSTER2.10.3精密化
XDSVERSION Jan 31, 2020データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ETE

1ete


解像度: 1.65→18.42 Å / SU ML: 0.1961 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 22.5253
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2026 1246 5 %
Rwork0.1643 23665 -
obs0.1662 24910 94.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→18.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2170 0 25 218 2413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01752261
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48973072
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0896340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0179397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2138298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.720.30781330.28762530X-RAY DIFFRACTION92.72
1.72-1.790.27691380.21522628X-RAY DIFFRACTION93.73
1.79-1.890.24331380.18182614X-RAY DIFFRACTION94.6
1.89-2.010.20241400.18012655X-RAY DIFFRACTION95.1
2.01-2.160.18481380.14572622X-RAY DIFFRACTION95.5
2.16-2.380.18361390.14492640X-RAY DIFFRACTION95.63
2.38-2.720.20151400.15632671X-RAY DIFFRACTION96.53
2.72-3.430.19811400.16042645X-RAY DIFFRACTION96.17
3.43-18.420.18661400.15392660X-RAY DIFFRACTION95.79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.80387887907 Å / Origin y: 34.3372772444 Å / Origin z: 52.6374430596 Å
111213212223313233
T0.0778154800444 Å2-0.00349774329364 Å2-0.00452947362204 Å2-0.0845710151639 Å20.00271611197028 Å2--0.0842227283259 Å2
L0.180380999753 °2-0.04513223838 °2-0.0613606161871 °2-0.174136085964 °2-0.0551592686399 °2--0.242403503501 °2
S-0.0222990504561 Å °-0.0126178183503 Å °-0.00494726007736 Å °-0.0119451884893 Å °-0.00525553695723 Å °0.00279873046016 Å °-0.0246820485145 Å °0.0127607374854 Å °-0.0245919055185 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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