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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nb6 | ||||||
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タイトル | Structure of the autoinducer-2 exporter TqsA from E. coli | ||||||
要素 | AI-2 transport protein TqsA | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / cryo-EM / membrane protein / autoinducer-2 exporter / quorum sensing / pentamer / protein oligomerization | ||||||
機能・相同性 | autoinducer AI-2 transmembrane transport / Transmembrane protein TqsA-like / AI-2E family transporter / quorum sensing / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transport / plasma membrane / AI-2 transport protein TqsA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Khera, R. / Xie, H. / Michel, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of pentameric autoinducer-2 exporter from Escherichia coli reveal its transport mechanism. 著者: Radhika Khera / Ahmad R Mehdipour / Jani R Bolla / Joerg Kahnt / Sonja Welsch / Ulrich Ermler / Cornelia Muenke / Carol V Robinson / Gerhard Hummer / Hao Xie / Hartmut Michel / 要旨: Bacteria utilize small extracellular molecules to communicate in order to collectively coordinate their behaviors in response to the population density. Autoinducer-2 (AI-2), a universal molecule for ...Bacteria utilize small extracellular molecules to communicate in order to collectively coordinate their behaviors in response to the population density. Autoinducer-2 (AI-2), a universal molecule for both intra- and inter-species communication, is involved in the regulation of biofilm formation, virulence, motility, chemotaxis, and antibiotic resistance. While many studies have been devoted to understanding the biosynthesis and sensing of AI-2, very little information is available on its export. The protein TqsA from Escherichia coli, which belongs to the AI-2 exporter superfamily, has been shown to export AI-2. Here, we report the cryogenic electron microscopic structures of two AI-2 exporters (TqsA and YdiK) from E. coli at 3.35 Å and 2.80 Å resolutions, respectively. Our structures suggest that the AI-2 exporter exists as a homo-pentameric complex. In silico molecular docking and native mass spectrometry experiments were employed to demonstrate the interaction between AI-2 and TqsA, and the results highlight the functional importance of two helical hairpins in substrate binding. We propose that each monomer works as an independent functional unit utilizing an elevator-type transport mechanism. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nb6.cif.gz | 282.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nb6.ent.gz | 234.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nb6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nb6_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nb6_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7nb6_validation.xml.gz | 61 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nb6_validation.cif.gz | 85.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nb6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nb6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 12256MC 7ot9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37563.543 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: tqsA, ydgG, b1601, JW1593 / プラスミド: pBADC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: P0AFS5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pentameric TqsA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.187 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBADC3 |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris (pH 7.5), 150 mM NaCl and 0.006% GDN |
試料 | 濃度: 3.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Its a membrane protein and for purification, glyco-diosgenin was used. |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot time 4 s, blot force +20 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5452 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1218552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141366 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 109.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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