[日本語] English
万見
- PDB-7nb5: Structure of EstD11 S144A in complex with naproxen p-nitrophenol ester -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nb5
タイトルStructure of EstD11 S144A in complex with naproxen p-nitrophenol ester
要素EstD11 S144A
キーワードHYDROLASE / Esterase Hormone-Sensitive Lipase Metagenome library Crystal structure
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-U68
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Miguel-Ruano, V. / Rivera, I. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-90030-P スペイン
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of a novel thermophilic esterase EstD11 provide catalytic insights for the HSL family.
著者: Miguel-Ruano, V. / Rivera, I. / Rajkovic, J. / Knapik, K. / Torrado, A. / Otero, J.M. / Beneventi, E. / Becerra, M. / Sanchez-Costa, M. / Hidalgo, A. / Berenguer, J. / Gonzalez-Siso, M.I. / ...著者: Miguel-Ruano, V. / Rivera, I. / Rajkovic, J. / Knapik, K. / Torrado, A. / Otero, J.M. / Beneventi, E. / Becerra, M. / Sanchez-Costa, M. / Hidalgo, A. / Berenguer, J. / Gonzalez-Siso, M.I. / Cruces, J. / Rua, M.L. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2021年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年2月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: database_2 / diffrn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.ambient_temp
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_related
Item: _pdbx_database_related.db_name
改定 1.42024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: EstD11 S144A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3922
ポリマ－32,0391
非ポリマー3531
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.999, 89.705, 125.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

HOH

21A-420-

HOH

31A-488-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 EstD11 S144A


分子量: 32038.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-U68 / (4-nitrophenyl) (2~{S})-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoate


分子量: 353.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Sodium formate 3.2M and citrate pH 5 0.1M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→44.84 Å / Num. obs: 15581 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique obs: 1265 / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.09 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AT0

7at0


解像度: 2.13→42.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.629 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22773 768 4.9 %RANDOM
Rwork0.16738 ---
obs0.17027 14812 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.33 Å20 Å20 Å2
2--4.43 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→42.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2247 0 26 99 2372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0182335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9063190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0492.9385125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.25296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.46522.57797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.87515369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0411526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.2631.3381184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.2651.3331183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.4921.9721480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.5151.9761481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.7731.9941150
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other10.7691.9961151
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.1772.7171710
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.99117.9772661
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other14.02617.8322649
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.185 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 65 -
Rwork0.167 1081 -
obs--99.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.576 Å / Origin y: 19.592 Å / Origin z: 16.272 Å
111213212223313233
T0.1173 Å20.0426 Å2-0.0042 Å2-0.2069 Å2-0.08 Å2--0.0684 Å2
L3.9291 °2-0.3068 °20.0194 °2-0.8602 °20.2854 °2--2.1733 °2
S0.1293 Å °0.649 Å °-0.0618 Å °-0.0644 Å °-0.1084 Å °0.0678 Å °0.0142 Å °-0.1875 Å °-0.0209 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る