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- PDB-7na5: Structure of the H2DB-TCR ternary complex with HSF2 melanoma neoa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7na5
タイトルStructure of the H2DB-TCR ternary complex with HSF2 melanoma neoantigen
要素
  • 47BE7 TCR alpha chain
  • 47BE7 TCR beta chain
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • Heat shock factor protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / neoantigen / cancer / melanoma / B16 / mouse / H2DB / TCR / TCR-MHC complex / anchor residue mutation / HSF2
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding ...RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sequence-specific double-stranded DNA binding / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / sequence-specific DNA binding / learning or memory / immune response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heat shock factor protein 2 / Vertebrate heat shock transcription factor, C-terminal domain / Vertebrate heat shock transcription factor / Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / Heat shock transcription factor family / HSF-type DNA-binding / HSF-type DNA-binding domain signature. / heat shock factor / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...Heat shock factor protein 2 / Vertebrate heat shock transcription factor, C-terminal domain / Vertebrate heat shock transcription factor / Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / Heat shock transcription factor family / HSF-type DNA-binding / HSF-type DNA-binding domain signature. / heat shock factor / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / Heat shock factor protein 2 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Finnigan, J. / Patskovska, L. / Newman, J. / Bhardwaj, N. / Krogsgaard, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA243486 米国
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the TCR-H2DB ternary complex with melanoma HSF2 neoantigen YGFRNVVHI
著者: Patskovsky, Y. / Finnigan, J. / Patskovska, L. / Newman, J. / Bhardwaj, N. / Krogsgaard, M.
履歴
登録2021年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Heat shock factor protein 2
D: 47BE7 TCR alpha chain
E: 47BE7 TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,38422
ポリマ－96,8025
非ポリマー1,58117
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14230 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area36770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)155.439, 191.710, 67.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 32601.303 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 47BE7 TCR alpha chain


分子量: 21426.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#5: タンパク質 47BE7 TCR beta chain


分子量: 29788.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Heat shock factor protein 2 / HSF 2 / Heat shock transcription factor 2 / HSTF 2


分子量: 1106.277 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 68-76 / Mutation: K5N / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P38533

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非ポリマー , 3種, 225分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 % / 解説: rods
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M lithium sulfate, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月9日 / 詳細: SI 111 CRYSTAL
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50.01 Å / Num. obs: 35345 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3783 / CC1/2: 0.45 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7N9J

7n9j


解像度: 2.5→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 11.616 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 1073 3 %RANDOM
Rwork0.1838 ---
obs0.1858 34250 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.5 Å / 減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 167.09 Å2 / Biso mean: 51.318 Å2 / Biso min: 24.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.25 Å20 Å2-0 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6370 0 98 208 6676
Biso mean--77.45 45.59 -
残基数----804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0136660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.6479044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1971.57313358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5735800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69722.59363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.972151015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8511537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021448
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 65 -
Rwork0.321 2411 -
all-2476 -
obs--95.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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