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- PDB-7n9h: Structure of the mammalian importin a1 bound to the TDP-43 NLS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n9h
タイトルStructure of the mammalian importin a1 bound to the TDP-43 NLS
要素
  • Importin subunit alpha-1
  • TAR DNA-binding protein 43
キーワードPROTEIN TRANSPORT / NUCLEAR IMPORT / IMPORTIN ALPHA / NLS / TDP-43
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / nuclear inner membrane organization / regulation of DNA recombination / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / nuclear inner membrane organization / regulation of DNA recombination / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular membraneless organelle / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / DNA metabolic process / negative regulation of protein phosphorylation / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of type I interferon production / pre-mRNA intronic binding / RNA splicing / response to endoplasmic reticulum stress / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / regulation of circadian rhythm / regulation of protein stability / positive regulation of insulin secretion / ISG15 antiviral mechanism / histone deacetylase binding / positive regulation of protein import into nucleus / mRNA processing / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / rhythmic process / host cell / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / regulation of apoptotic process / nuclear membrane / Estrogen-dependent gene expression / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TAR DNA-binding protein 43, N-terminal / : / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal domain / TAR DNA-binding protein 43, C-terminal / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain ...TAR DNA-binding protein 43, N-terminal / : / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal domain / TAR DNA-binding protein 43, C-terminal / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / TAR DNA-binding protein 43
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Doll, S.G. / Lokareddy, R.K. / Cingolani, G.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122844 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM140733 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA56036 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD017987 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)OD023479 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Recognition of the TDP-43 nuclear localization signal by importin alpha 1/ beta.
著者: Doll, S.G. / Meshkin, H. / Bryer, A.J. / Li, F. / Ko, Y.H. / Lokareddy, R.K. / Gillilan, R.E. / Gupta, K. / Perilla, J.R. / Cingolani, G.
履歴
登録2021年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Importin subunit alpha-1
A: TAR DNA-binding protein 43


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1272
ポリマ－49,1272
非ポリマー00
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, equilibrium centrifugation, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.373, 91.306, 97.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Karyopherin subunit alpha-2 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 46386.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNA2, RCH1, SRP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52292
#2: タンパク質・ペプチド TAR DNA-binding protein 43 / TDP-43


分子量: 2741.172 Da / 分子数: 1
Fragment: Nuclear localization signal motif, residues 79-102
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TARDBP, TDP43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13148
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.5M sodium citrate, 10 mM mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 36296 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 37.33 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3545 / CC1/2: 0.549 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y2A

1y2a


解像度: 2.2→14.97 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 1994 5.53 %
Rwork0.1896 34087 -
obs0.191 36081 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.34 Å2 / Biso mean: 49.4035 Å2 / Biso min: 25.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→14.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3391 0 0 163 3554
Biso mean---47.25 -
残基数----445
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.250.28451340.2822353248798
2.25-2.320.32831350.267124222557100
2.32-2.380.29751580.247723832541100
2.38-2.460.26191360.229624162552100
2.46-2.550.25281350.216324062541100
2.55-2.650.27481510.216223942545100
2.65-2.770.2351440.203924312575100
2.77-2.910.2481390.199124232562100
2.91-3.10.261440.202824202564100
3.1-3.330.24471390.198424392578100
3.33-3.660.19861460.1924482594100
3.66-4.180.1761390.160424822621100
4.18-5.230.17611470.162424902637100
5.23-14.970.17341470.166725802727100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3859-0.30140.67973.5995-1.11260.86930.0970.0956-0.1556-0.1665-0.037-0.12960.23130.0652-0.00280.3769-0.0003-0.03960.34170.00290.3289-6.1545-93.9734113.1034
20.93140.9118-1.23291.6794-1.78482.49550.07580.04850.03530.1427-0.00530.0601-0.1065-0.0218-0.00010.3171-0.003-0.01630.3215-0.0110.36344.6842-63.1305103.8356
31.3895-0.6248-0.83721.247-0.30881.82350.06780.75160.2034-0.44330.11950.19340.1163-0.44960.00160.48250.0044-0.07470.73640.13430.37546.8644-51.428472.7696
40.61530.3988-0.2740.37480.19081.4019-0.05240.86950.3015-0.2938-0.14490.3642-0.3975-0.5602-0.02060.42480.0388-0.02520.61620.17130.6323-2.7206-55.686589.5315
50.09790.02920.12080.02140.01280.1629-0.05830.0811-0.3027-0.1298-0.54370.14450.6083-0.0826-0.05541.1105-0.27680.03231.04960.03541.3115-1.0051-68.800791.7954
61.82960.80620.56880.37920.46111.8594-0.0438-0.1992-0.0897-0.31240.2581-0.9549-0.27960.9270.01660.62920.10180.06250.77080.03080.95683.0876-85.5971106.3496
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 75 through 202 )C75 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 203 through 390 )C203 - 390
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 391 through 496 )C391 - 496
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 80 through 84 )A80 - 84
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 85 through 94 )A85 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 95 through 102 )A95 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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