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万見
- PDB-7n9f: Structure of the in situ yeast NPC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n9f
タイトルStructure of the in situ yeast NPC
要素
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • Nucleoporin 145c
  • Nucleoporin ASM4
  • Nucleoporin NIC96
  • Nucleoporin NSP1
  • Nucleoporin NUP120
  • Nucleoporin NUP133
  • Nucleoporin NUP157
  • Nucleoporin NUP159
  • Nucleoporin NUP170
  • Nucleoporin NUP188
  • Nucleoporin NUP192
  • Nucleoporin NUP49/NSP49
  • Nucleoporin NUP53
  • Nucleoporin NUP57
  • Nucleoporin NUP82
  • Nucleoporin NUP84
  • Nucleoporin NUP85
  • Nucleoporin SEH1
  • Protein transport protein SEC13
  • orphans bound to Nup192 NTD
キーワードTRANSLOCASE / NPC / nucleocytoplasmic transport
機能・相同性
機能・相同性情報


response to spindle checkpoint signaling / nuclear pore linkers / regulation of protein desumoylation / peroxisomal importomer complex / mRNA export from nucleus in response to heat stress / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / Seh1-associated complex / chromosome, subtelomeric region / COPII-mediated vesicle transport / protein exit from endoplasmic reticulum ...response to spindle checkpoint signaling / nuclear pore linkers / regulation of protein desumoylation / peroxisomal importomer complex / mRNA export from nucleus in response to heat stress / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / Seh1-associated complex / chromosome, subtelomeric region / COPII-mediated vesicle transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of nucleocytoplasmic transport / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / COPII vesicle coat / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / nuclear pore nuclear basket / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein localization to kinetochore / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / vacuolar membrane / nucleocytoplasmic transport / silent mating-type cassette heterochromatin formation / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / regulation of mitotic nuclear division / establishment of mitotic spindle orientation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / ribosomal large subunit export from nucleus / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / subtelomeric heterochromatin formation / mRNA export from nucleus / cytoplasmic microtubule / ribosomal small subunit export from nucleus / ERAD pathway / Neutrophil degranulation / positive regulation of TORC1 signaling / nuclear periphery / cellular response to amino acid starvation / protein export from nucleus / cell periphery / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / molecular condensate scaffold activity / phospholipid binding / protein import into nucleus / transcription corepressor activity / nuclear envelope / heterochromatin formation / protein transport / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / nuclear membrane / amyloid fibril formation / chromosome, telomeric region / hydrolase activity / cell division / chromatin binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Nucleoporin NUP120, helical domain / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / NUP159/214 beta propeller / Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain ...: / Nucleoporin NUP120, helical domain / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / NUP159/214 beta propeller / Nuclear pore protein Nup188, C-terminal / Nuclear pore protein NUP188 C-terminal domain / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin Nup188, N-terminal / Nucleoporin p58/p45 / Nucleoporin Nup188 / : / Nucleoporin Nup188, N-terminal subdomain III / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Sec13/Seh1 family / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain superfamily / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoporin NSP1 / Nucleoporin NIC96 / Nucleoporin NUP120 / Nucleoporin NUP133 / Nucleoporin NUP170 / Nucleoporin NUP157 / Nucleoporin NUP82 / Nucleoporin NUP159 / Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin NUP192 ...Nucleoporin NSP1 / Nucleoporin NIC96 / Nucleoporin NUP120 / Nucleoporin NUP133 / Nucleoporin NUP170 / Nucleoporin NUP157 / Nucleoporin NUP82 / Nucleoporin NUP159 / Nucleoporin NUP85 / Nucleoporin NUP192 / Nucleoporin NUP57 / Nucleoporin NUP145 / Nucleoporin NUP188 / Nucleoporin NUP84 / Nucleoporin SEH1 / Nucleoporin NUP49/NSP49 / Dynein light chain 1, cytoplasmic / Nucleoporin NUP53 / Protein transport protein SEC13 / Nucleoporin ASM4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 37 Å
データ登録者Villa, E. / Singh, D. / Ludtke, S.J. / Akey, C.W. / Rout, M.P. / Echeverria, I. / Suslov, S.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2 GM123494 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MRI DBI 1920374 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01 GM121203 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM121443 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM109824 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM121443 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM45377 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Comprehensive structure and functional adaptations of the yeast nuclear pore complex.
著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / ...著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / Chen Xu / James C Gumbart / Sergey Suslov / Jay Unruh / Sue L Jaspersen / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Steven J Ludtke / Elizabeth Villa / Michael P Rout /
要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub- ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub-nanometer resolution to show how flexible connectors tie together different structural and functional layers. These connectors may be targets for phosphorylation and regulated disassembly in cells with an open mitosis. Moreover, some nucleoporin pairs and transport factors have similar interaction motifs, which suggests an evolutionary and mechanistic link between assembly and transport. We provide evidence for three major NPC variants that may foreshadow functional specializations at the nuclear periphery. Cryo-electron tomography extended these studies, providing a model of the in situ NPC with a radially expanded inner ring. Our comprehensive model reveals features of the nuclear basket and central transporter, suggests a role for the lumenal Pom152 ring in restricting dilation, and highlights structural plasticity that may be required for transport.
履歴
登録2021年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24258
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24258
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Nucleoporin NUP170
1: Nucleoporin NUP157
5: orphans bound to Nup192 NTD
6: orphans bound to Nup192 NTD
A: Nucleoporin NSP1
B: Nucleoporin NUP57
C: Nucleoporin NUP49/NSP49
D: Nucleoporin NSP1
E: Nucleoporin NUP57
F: Nucleoporin NUP49/NSP49
G: Nucleoporin NSP1
H: Nucleoporin NUP57
I: Nucleoporin NUP49/NSP49
J: Nucleoporin NSP1
K: Nucleoporin NUP57
L: Nucleoporin NUP49/NSP49
M: Nucleoporin NUP192
N: Nucleoporin NUP188
O: Nucleoporin NUP192
P: Nucleoporin NUP188
Q: Nucleoporin NIC96
R: Nucleoporin NIC96
S: Nucleoporin NIC96
T: Nucleoporin NIC96
U: Nucleoporin NUP53
V: Nucleoporin ASM4
W: Nucleoporin NUP53
X: Nucleoporin ASM4
Y: Nucleoporin NUP170
Z: Nucleoporin NUP157
u: Nucleoporin NUP82
v: Nucleoporin NUP82
w: Nucleoporin NUP159
x: Nucleoporin NUP159
y: Nucleoporin NSP1
z: Nucleoporin NSP1
h: Nucleoporin NUP120
i: Nucleoporin NUP85
j: Nucleoporin 145c
k: Protein transport protein SEC13
l: Nucleoporin SEH1
m: Nucleoporin NUP84
n: Nucleoporin NUP133
o: Dynein light chain 1, cytoplasmic
p: Dynein light chain 1, cytoplasmic
q: Dynein light chain 1, cytoplasmic
r: Dynein light chain 1, cytoplasmic
s: Dynein light chain 1, cytoplasmic
t: Dynein light chain 1, cytoplasmic
b: Nucleoporin NUP85
c: Nucleoporin 145c
d: Protein transport protein SEC13
e: Nucleoporin SEH1
f: Nucleoporin NUP84
g: Nucleoporin NUP133
a: Nucleoporin NUP120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,672,33156
ポリマ－4,672,33156
非ポリマー00
水00
1
0: Nucleoporin NUP170
1: Nucleoporin NUP157
5: orphans bound to Nup192 NTD
6: orphans bound to Nup192 NTD
A: Nucleoporin NSP1
B: Nucleoporin NUP57
C: Nucleoporin NUP49/NSP49
D: Nucleoporin NSP1
E: Nucleoporin NUP57
F: Nucleoporin NUP49/NSP49
G: Nucleoporin NSP1
H: Nucleoporin NUP57
I: Nucleoporin NUP49/NSP49
J: Nucleoporin NSP1
K: Nucleoporin NUP57
L: Nucleoporin NUP49/NSP49
M: Nucleoporin NUP192
N: Nucleoporin NUP188
O: Nucleoporin NUP192
P: Nucleoporin NUP188
Q: Nucleoporin NIC96
R: Nucleoporin NIC96
S: Nucleoporin NIC96
T: Nucleoporin NIC96
U: Nucleoporin NUP53
V: Nucleoporin ASM4
W: Nucleoporin NUP53
X: Nucleoporin ASM4
Y: Nucleoporin NUP170
Z: Nucleoporin NUP157
u: Nucleoporin NUP82
v: Nucleoporin NUP82
w: Nucleoporin NUP159
x: Nucleoporin NUP159
y: Nucleoporin NSP1
z: Nucleoporin NSP1
h: Nucleoporin NUP120
i: Nucleoporin NUP85
j: Nucleoporin 145c
k: Protein transport protein SEC13
l: Nucleoporin SEH1
m: Nucleoporin NUP84
n: Nucleoporin NUP133
o: Dynein light chain 1, cytoplasmic
p: Dynein light chain 1, cytoplasmic
q: Dynein light chain 1, cytoplasmic
r: Dynein light chain 1, cytoplasmic
s: Dynein light chain 1, cytoplasmic
t: Dynein light chain 1, cytoplasmic
b: Nucleoporin NUP85
c: Nucleoporin 145c
d: Protein transport protein SEC13
e: Nucleoporin SEH1
f: Nucleoporin NUP84
g: Nucleoporin NUP133
a: Nucleoporin NUP120
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,378,644448
ポリマ－37,378,644448
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation7
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C8 (8回回転対称))

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要素

-
タンパク質 , 20種, 54分子 0Y1ZADGJyzBEHKCFILMONPQRSTUWVX...

#1: タンパク質 Nucleoporin NUP170 / Nuclear pore protein NUP170


分子量: 169651.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38181
#2: タンパク質 Nucleoporin NUP157 / Nuclear pore protein NUP157


分子量: 156827.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40064
#4: タンパク質
Nucleoporin NSP1 / Nuclear pore protein NSP1 / Nucleoskeletal-like protein / p110


分子量: 86611.672 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14907
#5: タンパク質
Nucleoporin NUP57 / Nuclear pore protein NUP57


分子量: 57547.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P48837
#6: タンパク質
Nucleoporin NUP49/NSP49 / Nuclear pore protein NUP49/NSP49


分子量: 49174.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02199
#7: タンパク質 Nucleoporin NUP192 / Nuclear pore protein NUP192


分子量: 191718.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47054
#8: タンパク質 Nucleoporin NUP188 / Nuclear pore protein NUP188


分子量: 188753.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P52593
#9: タンパク質
Nucleoporin NIC96 / 96 kDa nucleoporin-interacting component / Nuclear pore protein NIC96


分子量: 96291.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34077
#10: タンパク質 Nucleoporin NUP53 / Nuclear pore protein NUP53


分子量: 52688.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03790
#11: タンパク質 Nucleoporin ASM4 / Nuclear pore protein NUP59


分子量: 58853.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q05166
#12: タンパク質 Nucleoporin NUP82 / Nuclear pore protein NUP82


分子量: 82174.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40368
#13: タンパク質 Nucleoporin NUP159 / Nuclear pore protein NUP159


分子量: 159067.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40477
#14: タンパク質 Nucleoporin NUP120 / Nuclear pore protein NUP120


分子量: 120560.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35729
#15: タンパク質 Nucleoporin NUP85 / Nuclear pore protein NUP85


分子量: 84972.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P46673
#16: タンパク質 Nucleoporin 145c


分子量: 81157.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49687
#17: タンパク質 Protein transport protein SEC13


分子量: 33082.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04491
#18: タンパク質 Nucleoporin SEH1 / Nuclear pore protein SEH1 / SEC13 homolog 1


分子量: 39170.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53011
#19: タンパク質 Nucleoporin NUP84 / Nuclear pore protein NUP84


分子量: 83718.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P52891
#20: タンパク質 Nucleoporin NUP133 / Nuclear pore protein NUP133


分子量: 133452.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36161
#21: タンパク質
Dynein light chain 1, cytoplasmic


分子量: 10456.980 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02647

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 56

#3: タンパク質・ペプチド orphans bound to Nup192 NTD


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
詳細

構成要素の詳細full C8 protomer

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: yeast NPC / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: Complete yeast NPC from vitrified cells / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 52.0 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: W303 yeast cells were harvested during log-phase growth and diluted to an 0.8 x 107 cells/mL in YPD media. Five uL of this diluted sample was applied to glow-discharged 200-mesh, Quantafoil ...詳細: W303 yeast cells were harvested during log-phase growth and diluted to an 0.8 x 107 cells/mL in YPD media. Five uL of this diluted sample was applied to glow-discharged 200-mesh, Quantafoil R2/1 grids (Electron Microscopy Sciences), excess media was manually blotted from the grid back side (opposite to the carbon substrate where the cells were deposited) and the grid was plunge frozen in a liquid ethane-propane mixture (50/50 volume, Airgas) then cryogenic, FIB milling was performed in an Aquilos DualBeam (Thermo Fisher Scientific)
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
詳細: Tilt series collection: dose-symmetric & bi-directional
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 42000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 6000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Calibrated defocus min: 2500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 6000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 4.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
詳細: Images were collected in movie-mode at ~8 frames per second
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3708

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM画像取得
4EMAN22.9CTF補正e2spt_ctf.py
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9VMD1.9.3モデル精密化
13EMAN22.9３次元再構成
画像処理詳細: The tilt images were motion-corrected but not dose-weighted.
CTF補正詳細: e2spt_ctf.py was used to identify the precise z height of the particle in the tomogram. This precise height was then used for computing the CTF and performing the CTF correction.
タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C8 (8回回転対称)
3次元再構成解像度: 37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 518 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: Manual boxing
詳細: The full nuclear pores were manually identified in the tomograms for the manual boxing.
Num. of tomograms: 293 / Num. of volumes extracted: 577
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation
詳細: Manual docking and limited molecular dynamics flexible fitting

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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