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- PDB-7n93: P70 S6K1 IN COMPLEX WITH MSC2363318A-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n93
タイトルP70 S6K1 IN COMPLEX WITH MSC2363318A-1
要素Ribosomal protein S6 kinase beta-1
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Kinase Domain / Inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid import into cell / negative regulation of TORC2 signaling / cellular response to nutrient / TORC1 signaling / phosphatidylinositol-mediated signaling / germ cell development / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of translational initiation / cellular response to dexamethasone stimulus ...long-chain fatty acid import into cell / negative regulation of TORC2 signaling / cellular response to nutrient / TORC1 signaling / phosphatidylinositol-mediated signaling / germ cell development / TOR signaling / mTORC1-mediated signalling / positive regulation of translational initiation / cellular response to dexamethasone stimulus / behavioral fear response / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of translation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / response to nutrient levels / G1/S transition of mitotic cell cycle / modulation of chemical synaptic transmission / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to type II interferon / cellular response to insulin stimulus / mitochondrial outer membrane / neuron projection / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S6 kinase / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Ribosomal protein S6 kinase / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1SK / Ribosomal protein S6 kinase beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Mochalkin, I.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification of Clinical Candidate M2698, a Dual p70S6K and Akt Inhibitor, for Treatment of PAM Pathway-Altered Cancers.
著者: DeSelm, L. / Huck, B. / Lan, R. / Neagu, C. / Potnick, J. / Xiao, Y. / Chen, X. / Jones, R. / Richardson, T.E. / Heasley, B.H. / Haxell, T. / Moore, J. / Tian, H. / Georgi, K. / Rohdich, F. / ...著者: DeSelm, L. / Huck, B. / Lan, R. / Neagu, C. / Potnick, J. / Xiao, Y. / Chen, X. / Jones, R. / Richardson, T.E. / Heasley, B.H. / Haxell, T. / Moore, J. / Tian, H. / Georgi, K. / Rohdich, F. / Sutton, A. / Johnson, T. / Mochalkin, I. / Jackson, J. / Lin, J. / Crowley, L. / Machl, A. / Clark, A. / Wilker, E. / Sherer, B. / Goutopoulos, A.
履歴
登録2021年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase beta-1
B: Ribosomal protein S6 kinase beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9924
ポリマ－77,0932
非ポリマー9002
水724
1
A: Ribosomal protein S6 kinase beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,5461
非ポリマー4501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal protein S6 kinase beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9962
ポリマ－38,5461
非ポリマー4501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.020, 75.450, 151.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A84 - 418
2116B84 - 418

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase beta-1 / S6K-beta-1 / S6K1 / 70 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / P70S6K1 / p70-S6K 1 / Ribosomal protein ...S6K-beta-1 / S6K1 / 70 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / P70S6K1 / p70-S6K 1 / Ribosomal protein S6 kinase I / Serine/threonine-protein kinase 14A / p70 ribosomal S6 kinase alpha / p70 S6 kinase alpha / p70 S6K-alpha / p70 S6KA


分子量: 38546.258 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (81-421) DIGEST / 変異: T412E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KB1, STK14A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23443, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-1SK / 4-({(1S)-2-(azetidin-1-yl)-1-[4-chloro-3-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl}amino)quinazoline-8-carboxamide


分子量: 449.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19ClF3N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2M Bis-Tris pH 5.5, 0.1M Li2SO4, 26-28% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月6日
放射モノクロメーター: 1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.739→47.53 Å / Num. obs: 18874 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.27 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 16.64
反射 シェル解像度: 2.739→2.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2854 / Rrim(I) all: 0.603 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3a60

3a60


解像度: 2.74→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 38.003 / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.43 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 941 5 %RANDOM
Rwork0.2115 ---
obs0.2155 17873 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.13 Å2 / Biso mean: 50.346 Å2 / Biso min: 21.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.74→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4972 0 62 4 5038
Biso mean--60.59 29.13 -
残基数----621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2081.9956992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5935621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24223.853231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.14115.016936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5781532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213872
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2431 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.545
LOOSE THERMAL1.6810
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.809 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 58 -
Rwork0.299 1112 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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