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万見
- PDB-7n8m: PptT PAP(CoA) 8978B complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n8m
タイトルPptT PAP(CoA) 8978B complex
要素4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / Structural Genomics / PSI-Biology / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore metabolic process / enterobactin synthetase complex / holo-[acyl-carrier-protein] synthase / enterobactin biosynthetic process / siderophore biosynthetic process / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Enterobactin synthetase-like, component D / 4'-phosphopantetheinyl transferase, N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase N-terminal domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-17I / COENZYME A / 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Mosior, J.W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: In Vitro and In Vivo Inhibition of the Mycobacterium tuberculosis Phosphopantetheinyl Transferase PptT by Amidinoureas.
著者: Ottavi, S. / Scarry, S.M. / Mosior, J. / Ling, Y. / Roberts, J. / Singh, A. / Zhang, D. / Goullieux, L. / Roubert, C. / Bacque, E. / Lagiakos, H.R. / Vendome, J. / Moraca, F. / Li, K. / ...著者: Ottavi, S. / Scarry, S.M. / Mosior, J. / Ling, Y. / Roberts, J. / Singh, A. / Zhang, D. / Goullieux, L. / Roubert, C. / Bacque, E. / Lagiakos, H.R. / Vendome, J. / Moraca, F. / Li, K. / Perkowski, A.J. / Ramesh, R. / Bowler, M.M. / Tracy, W. / Feher, V.A. / Sacchettini, J.C. / Gold, B.S. / Nathan, C.F. / Aube, J.
履歴
登録2021年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
B: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,26419
ポリマ－53,4092
非ポリマー2,85517
水8,197455
1
A: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,12010
ポリマ－26,7051
非ポリマー1,4159
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1449
ポリマ－26,7051
非ポリマー1,4408
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.759, 63.709, 79.669
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.334, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-620-

HOH

21B-621-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRPROPRO(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA5 - 125 - 12
12ASPASPARGARG(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA18 - 4818 - 48
13ASNASNARGARG(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA50 - 6050 - 60
14ALAALAASPASP(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA62 - 6462 - 64
15LEULEUPROPRO(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA66 - 7266 - 72
16LEULEUPROPRO(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA74 - 8474 - 84
17VALVALARGARG(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA88 - 10588 - 105
18ALAALAPHEPHE(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA107 - 153107 - 153
19LYSLYSILEILE(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA156 - 178156 - 178
110PHEPHELEULEU(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA180 - 207180 - 207
111THRTHRGLUGLU(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA209 - 217209 - 217
112GLYGLYALAALA(chain 'A' and (resid 5 through 12 or resid 18...AA219 - 228219 - 228
213THRTHRPROPRO(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB5 - 125 - 12
214ASPASPARGARG(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB18 - 4818 - 48
215ASNASNARGARG(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB50 - 6050 - 60
216ALAALAASPASP(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB62 - 6462 - 64
217LEULEUPROPRO(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB66 - 7266 - 72
218LEULEUPROPRO(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB74 - 8474 - 84
219VALVALARGARG(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB88 - 10588 - 105
220ALAALAPHEPHE(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB107 - 153107 - 153
221LYSLYSILEILE(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB156 - 178156 - 178
222PHEPHELEULEU(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB180 - 207180 - 207
223THRTHRGLUGLU(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB209 - 217209 - 217
224GLYGLYALAALA(chain 'B' and (resid 5 through 12 or resid 18...BB219 - 228219 - 228

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4'-phosphopantetheinyl transferase PptT / PPTase


分子量: 26704.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pptT, Rv2794c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O33336, holo-[acyl-carrier-protein] synthase

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非ポリマー , 6種, 472分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-17I / N-(2,6-diethylphenyl)-N'-(N-methylcarbamimidoyl)urea


分子量: 248.324 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane pH 6.7, 1.8M Magnesium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→39.79 Å / Num. obs: 78467 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 22.74 Å2 / CC1/2: 0.949 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 1.57→1.625 Å / Num. unique obs: 7824 / CC1/2: 0.779 / % possible all: 99.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3126精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CT5

6ct5


解像度: 1.57→39.79 Å / SU ML: 0.1596 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.8075 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2017 2855 3.64 %
Rwork0.1716 75610 -
obs0.1727 78465 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→39.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3351 0 137 455 3943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00933752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99295148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0575566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.45762176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.57-1.60.26791500.23743744X-RAY DIFFRACTION99.44
1.6-1.630.25471350.2213797X-RAY DIFFRACTION99.52
1.63-1.660.25241420.21383719X-RAY DIFFRACTION99.43
1.66-1.690.24251360.21353773X-RAY DIFFRACTION99.64
1.69-1.730.25481520.20163779X-RAY DIFFRACTION99.67
1.73-1.770.22171410.20253768X-RAY DIFFRACTION99.64
1.77-1.810.26471490.19483729X-RAY DIFFRACTION99.82
1.81-1.860.23171280.18573794X-RAY DIFFRACTION99.82
1.86-1.920.20921520.1813768X-RAY DIFFRACTION99.87
1.92-1.980.20651460.17953790X-RAY DIFFRACTION99.97
1.98-2.050.1991430.16853780X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.130.19811370.16863789X-RAY DIFFRACTION99.97
2.13-2.230.19781500.16883757X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.350.1841370.1723844X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.490.21511510.17453781X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.680.19861400.17743784X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.950.18191420.17723807X-RAY DIFFRACTION100
2.95-3.380.19751440.16713826X-RAY DIFFRACTION100
3.38-4.260.17321390.15363821X-RAY DIFFRACTION99.57
4.26-39.790.20861410.16073760X-RAY DIFFRACTION96.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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