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- PDB-7n6p: Crystal structure of the anti-EBOV and SUDV monoclonal antibody 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n6p
タイトルCrystal structure of the anti-EBOV and SUDV monoclonal antibody 1C3 Fab
要素
  • 1C3 Fab heavy chain
  • 1C3 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / glycoprotein / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Milligan, J.C. / Yu, X. / Buck, T. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIAID U19 AI142790 米国
引用ジャーナル: Cell / : 2022
タイトル: Asymmetric and non-stoichiometric glycoprotein recognition by two distinct antibodies results in broad protection against ebolaviruses.
著者: Jacob C Milligan / Carl W Davis / Xiaoying Yu / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Peter J Halfmann / Robert W Cross / Viktoriya Borisevich / Krystle N Agans / Joan B Geisbert / Chakravarthy ...著者: Jacob C Milligan / Carl W Davis / Xiaoying Yu / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Peter J Halfmann / Robert W Cross / Viktoriya Borisevich / Krystle N Agans / Joan B Geisbert / Chakravarthy Chennareddy / Arthur J Goff / Ashley E Piper / Sean Hui / Kelly C L Shaffer / Tierra Buck / Megan L Heinrich / Luis M Branco / Ian Crozier / Michael R Holbrook / Jens H Kuhn / Yoshihiro Kawaoka / Pamela J Glass / Alexander Bukreyev / Thomas W Geisbert / Gabriella Worwa / Rafi Ahmed / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Several ebolaviruses cause outbreaks of severe disease. Vaccines and monoclonal antibody cocktails are available to treat Ebola virus (EBOV) infections, but not Sudan virus (SUDV) or other ...Several ebolaviruses cause outbreaks of severe disease. Vaccines and monoclonal antibody cocktails are available to treat Ebola virus (EBOV) infections, but not Sudan virus (SUDV) or other ebolaviruses. Current cocktails contain antibodies that cross-react with the secreted soluble glycoprotein (sGP) that absorbs virus-neutralizing antibodies. By sorting memory B cells from EBOV infection survivors, we isolated two broadly reactive anti-GP monoclonal antibodies, 1C3 and 1C11, that potently neutralize, protect rodents from disease, and lack sGP cross-reactivity. Both antibodies recognize quaternary epitopes in trimeric ebolavirus GP. 1C11 bridges adjacent protomers via the fusion loop. 1C3 has a tripartite epitope in the center of the trimer apex. One 1C3 antigen-binding fragment anchors simultaneously to the three receptor-binding sites in the GP trimer, and separate 1C3 paratope regions interact differently with identical residues on the three protomers. A cocktail of both antibodies completely protected nonhuman primates from EBOV and SUDV infections, indicating their potential clinical value.
履歴
登録2021年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 1C3 Fab heavy chain
L: 1C3 Fab light chain
A: 1C3 Fab heavy chain
B: 1C3 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4274
ポリマ-95,4274
非ポリマー00
4,900272
1
H: 1C3 Fab heavy chain
L: 1C3 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7132
ポリマ-47,7132
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
2
A: 1C3 Fab heavy chain
B: 1C3 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7132
ポリマ-47,7132
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.885, 83.737, 133.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 1C3 Fab heavy chain


分子量: 23876.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 1C3 Fab light chain


分子量: 23836.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM CHES/Sodium hydroxide pH 9.5, 40% PEG 600 at 12 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→83.74 Å / Num. obs: 45507 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Num. unique obs: 3452 / CC1/2: 0.579

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15rc1_3420)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.15→64.674 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 1998 4.4 %
Rwork0.1752 --
obs0.1776 45427 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→64.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6608 0 0 272 6880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7969214
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3653996
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1501-2.20380.28921330.22972874X-RAY DIFFRACTION93
2.2038-2.26340.26931380.21972988X-RAY DIFFRACTION96
2.2634-2.330.28011380.21143022X-RAY DIFFRACTION98
2.33-2.40520.29121420.20393074X-RAY DIFFRACTION100
2.4052-2.49120.28011430.19363109X-RAY DIFFRACTION100
2.4912-2.59090.24531430.19053099X-RAY DIFFRACTION100
2.5909-2.70890.23391410.18883087X-RAY DIFFRACTION100
2.7089-2.85170.25771440.18393107X-RAY DIFFRACTION100
2.8517-3.03040.20441430.1753121X-RAY DIFFRACTION100
3.0304-3.26430.25221450.18083131X-RAY DIFFRACTION100
3.2643-3.59280.22141440.16253130X-RAY DIFFRACTION100
3.5928-4.11260.21571450.15863169X-RAY DIFFRACTION100
4.1126-5.18110.17681470.13773186X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.68931.79012.04022.18513.58727.84540.0854-0.0171-0.14290.1340.06470.0210.363-0.0741-0.16280.2043-0.0279-0.01360.1001-0.00570.25358.5544-30.458-27.1346
25.8341-0.1803-0.92664.178-0.76834.55880.010.1114-0.16880.05510.0157-0.51390.03520.41-0.03750.13540.0042-0.04040.153-0.00660.234317.2759-29.4345-31.013
32.2479-1.3661-0.42445.1436-1.52845.44490.09250.16610.1638-0.11680.1207-0.20250.40720.1341-0.2570.1517-0.0255-0.00440.1266-0.03440.241214.958-24.3288-30.2018
44.3168-2.9722-0.58255.37770.62093.5626-0.2264-0.0845-0.50270.42730.01650.67530.5438-0.42610.1790.3549-0.070.05090.275-0.05670.25640.2945-13.5683-4.3619
52.2043-1.3325-0.78393.76651.65443.13380.02140.23510.0362-0.0755-0.0752-0.1193-0.0996-0.11990.02470.1097-0.00280.00560.15050.02310.130413.9401-6.2192-35.592
61.3549-0.2520.45353.3736-0.72236.9493-0.0125-0.1849-0.05690.57090.0122-0.0781-0.0231-0.1483-0.01260.27990.0414-0.0180.2225-0.04670.17159.0482-1.731.3904
72.71681.1089-0.14763.4124-3.43699.3214-0.2498-0.38560.5170.1297-0.0648-0.14540.1406-0.02420.13230.16920.0162-0.06040.2622-0.1440.452729.119237.3386-19.434
85.2523-3.02651.80276.1835-1.61527.28420.02950.0720.4771-0.2437-0.03640.18270.1726-0.101-0.07470.1973-0.0272-0.03720.2373-0.06170.428420.427435.7929-29.3758
95.0065-1.2294-0.28554.052-1.19516.8090.013-0.45130.61090.12190.0780.3838-0.2591-0.2779-0.24310.20680.0223-0.02330.258-0.1310.43922.935440.5115-21.9258
105.069-0.66332.9235.00170.74887.15140.27510.57340.1091-0.79770.01670.05470.05120.5632-0.30170.2963-0.0276-0.05040.2286-0.04520.356225.232331.4888-31.0903
113.8359-0.24551.26133.85530.02084.394-0.28260.2487-0.5876-0.16270.3709-0.4517-0.12710.5504-0.04590.3122-0.14520.12570.4224-0.19120.416740.327420.1344-6.0974
122.7326-1.23951.10215.0733-0.31593.38310.0540.21260.103-0.4149-0.14090.1116-0.03490.05010.07570.1582-0.0277-0.04620.1766-0.03240.247222.95514.8919-34.8943
132.6866-0.1171.30412.660.80768.54420.1138-0.3931-0.07590.4168-0.02440.01790.5448-0.1789-0.03310.3036-0.0478-0.00710.31770.00180.253933.61776.46050.661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 34 through 83 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 84 through 122 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 123 through 225 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 1 through 119 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 120 through 217 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 2 through 25 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 26 through 67 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 68 through 91 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 92 through 122 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 123 through 225 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 119 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 120 through 217 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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