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- PDB-7n6h: The crystal structure of the GH30 subfamily 10 enzyme, AcXbh30A f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n6h
タイトルThe crystal structure of the GH30 subfamily 10 enzyme, AcXbh30A from Acetivibrio clariflavus
要素AcXbh30A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GH30
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylceramidase activity / sphingolipid metabolic process / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Endo-beta-1,6-galactanase-like / O-Glycosyl hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily ...Endo-beta-1,6-galactanase-like / O-Glycosyl hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / O-glycosyl hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio clariflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Tan, K. / St John, F.J.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2022
タイトル: The first crystal structure of a xylobiose-bound xylobiohydrolase with high functional specificity from the bacterial glycoside hydrolase family 30, subfamily 10.
著者: St John, F.J. / Crooks, C. / Kim, Y. / Tan, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2021年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AcXbh30A
B: AcXbh30A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,14928
ポリマ－100,1572
非ポリマー99326
水12,917717
1
A: AcXbh30A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,72818
ポリマ－50,0781
非ポリマー65017
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: AcXbh30A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,42110
ポリマ－50,0781
非ポリマー3439
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.868, 108.018, 66.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AcXbh30A


分子量: 50078.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio clariflavus (バクテリア)
遺伝子: Clocl_1795 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8LU16
#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 25% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月4日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→41.2 Å / Num. obs: 211708 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 2.012 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 8265 / CC1/2: 0.326 / CC star: 0.701 / Rpim(I) all: 0.642 / Rrim(I) all: 1.215 / Χ2: 0.694 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6M5Z

6m5z


解像度: 1.28→41.18 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 16.7 / 位相誤差: 27.99 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2542 10864 5.14 %
Rwork0.2015 --
obs0.2098 211560 96.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→41.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6875 0 35 717 7627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0017096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3929656
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1192513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.28-1.30.34724180.29468669X-RAY DIFFRACTION79
1.3-1.320.32385180.29069835X-RAY DIFFRACTION90
1.32-1.350.33635400.28459989X-RAY DIFFRACTION92
1.35-1.370.3035230.28210186X-RAY DIFFRACTION93
1.37-1.40.31895300.279110169X-RAY DIFFRACTION93
1.4-1.440.31135990.277310115X-RAY DIFFRACTION92
1.44-1.470.3215530.265810113X-RAY DIFFRACTION92
1.47-1.510.28975160.263710148X-RAY DIFFRACTION93
1.51-1.560.29735400.254410007X-RAY DIFFRACTION91
1.56-1.610.30275560.25210240X-RAY DIFFRACTION93
1.61-1.670.2985600.245710265X-RAY DIFFRACTION93
1.67-1.730.29575640.241810182X-RAY DIFFRACTION93
1.73-1.810.28925530.233610226X-RAY DIFFRACTION93
1.81-1.910.28775130.22510057X-RAY DIFFRACTION91
1.91-2.030.25064990.213510241X-RAY DIFFRACTION93
2.03-2.180.24535400.202610257X-RAY DIFFRACTION93
2.18-2.40.25485190.19210201X-RAY DIFFRACTION93
2.4-2.750.2564920.182610024X-RAY DIFFRACTION91
2.75-3.460.24384970.172910109X-RAY DIFFRACTION92
3.46-41.180.19434990.16599998X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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