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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n54 | |||||||||
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タイトル | Complex structure of GLAU4 with glaucine | |||||||||
要素 | GLAU4 | |||||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / Transcription Factor / Protein Engineering / Specificity / Synthetic Biology | |||||||||
機能・相同性 | glaucine 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, W. / Zhang, Y. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Using fungible biosensors to evolve improved alkaloid biosyntheses. 著者: d'Oelsnitz, S. / Kim, W. / Burkholder, N.T. / Javanmardi, K. / Thyer, R. / Zhang, Y. / Alper, H.S. / Ellington, A.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n54.cif.gz | 166.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n54.ent.gz | 130.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n54.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7n54_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7n54_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7n54_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7n54_validation.cif.gz | 45.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/7n54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/7n54 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22027.107 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-08V / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.09 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 50154 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 90722 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3VW0 解像度: 2→43.76 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 25.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.11 Å2 / Biso mean: 40.7541 Å2 / Biso min: 17.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→43.76 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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