+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n53 | |||||||||
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Title | Complex structure of PAP4 with papaverine | |||||||||
Components | PAP4 | |||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Transcription Factor / Protein Engineering / Specificity / Synthetic Biology | |||||||||
Function / homology | 1-(3,4-DIMETHOXYBENZYL)-6,7-DIMETHOXYISOQUINOLINE Function and homology information | |||||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | |||||||||
Authors | Kim, W. / Zhang, Y. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2022 Title: Using fungible biosensors to evolve improved alkaloid biosyntheses. Authors: d'Oelsnitz, S. / Kim, W. / Burkholder, N.T. / Javanmardi, K. / Thyer, R. / Zhang, Y. / Alper, H.S. / Ellington, A.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7n53.cif.gz | 94.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7n53.ent.gz | 70.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7n53.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/7n53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/7n53 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7n4wC 7n4zC 7n54C 3vw0S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22010.320 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (bacteria) Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M MES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.97741 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 6, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97741 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 52245 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 0.641 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 183523 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3VW0 Resolution: 1.6→48.8 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 18.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.75 Å2 / Biso mean: 25.6096 Å2 / Biso min: 11.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→48.8 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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