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- PDB-7n51: Structure of a bacterial gasdermin from Vitiosangium sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n51
タイトルStructure of a bacterial gasdermin from Vitiosangium sp.
要素Gasdermin
キーワードIMMUNE SYSTEM / gasdermin / immunity / membrane / pore-forming protein / lipid binding protein / palmitoylation
機能・相同性defense response to virus / plasma membrane / cytoplasm / Gasdermin bGSDM
機能・相同性情報
生物種Vitiosangium sp. GDMCC 1.1324 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Johnson, A.G. / Kranzusch, P.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32CA207021 米国
引用
ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Bacterial gasdermins reveal an ancient mechanism of cell death.
著者: Johnson, A.G. / Wein, T. / Mayer, M.L. / Duncan-Lowey, B. / Yirmiya, E. / Oppenheimer-Shaanan, Y. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Bacterial gasdermins reveal an ancient mechanism of cell death
著者: Johnson, A.G. / Wein, T. / Mayer, M.L. / Duncan-Lowey, B. / Yirmiya, E. / Oppenheimer-Shaanan, Y. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gasdermin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4951
ポリマ－28,4951
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.383, 87.383, 141.969
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Gasdermin


分子量: 28494.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vitiosangium sp. GDMCC 1.1324 (バクテリア)
遺伝子: DAT35_31115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T4VDM4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 90 mM HEPES-KOH (pH 7.5), 1.2 M tri-sodium citrate, and 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→47.19 Å / Num. obs: 37407 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.4 % / Biso Wilson estimate: 34.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.011 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1876 / CC1/2: 0.602 / Rpim(I) all: 0.74 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.67→41.76 Å / SU ML: 0.2001 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6403
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2179 1491 4 %
Rwork0.1936 35789 -
obs0.1945 37280 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→41.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1989 0 0 145 2134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82952720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561312
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047355
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5864756
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.730.40171210.38442948X-RAY DIFFRACTION92.16
1.73-1.790.33911340.34873216X-RAY DIFFRACTION99.73
1.79-1.860.36591330.29613201X-RAY DIFFRACTION99.94
1.86-1.950.2821350.23523222X-RAY DIFFRACTION99.88
1.95-2.050.23351340.20613220X-RAY DIFFRACTION99.85
2.05-2.180.24751350.18933237X-RAY DIFFRACTION99.82
2.18-2.350.241350.19423254X-RAY DIFFRACTION99.94
2.35-2.580.2291370.20593280X-RAY DIFFRACTION99.91
2.58-2.960.2351380.2123292X-RAY DIFFRACTION99.94
2.96-3.720.20491400.18353353X-RAY DIFFRACTION100
3.72-41.760.18711490.17153566X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88779774887-0.7261973441770.3341964704221.883354301730.01202075121771.77453788720.136863100588-0.162179463854-0.1054819600990.4112460655630.02117497531640.307508438586-0.1424373185430.0340342322567-0.1976113686620.431017526724-0.02175339361560.06214712169960.352031398495-0.03063773862770.38496302074213.738456097516.476798416650.6657877055
22.93298928681-3.029389410870.4105130784317.26460629789-0.1370444573016.624966964390.154412633287-1.1408499263-0.2765194089340.9138911211110.02544229164810.3875339981390.164899279234-0.127010747008-0.05452465987970.476857161494-0.05157955841680.03644063367780.478866973172-0.01197059776010.42303602315617.05712716172.8070901804360.4733556937
31.33597030054-0.9886228409790.2278209051982.777286981050.0961391516110.5321624792770.04515987507-0.02229058254580.2109468110670.193856947765-0.0606635748245-0.176685738036-0.1334907301850.185824484823-0.03834511555650.431652321326-0.07575796704310.05046586597310.454605644366-0.0194337873580.39840588165819.690239079318.649829745253.9380944569
42.25754552912-0.529489237489-0.2354975186193.481893718130.2426817998080.9841802010290.0881993760049-0.09536984874850.02946047580220.0695564552523-0.04265281691780.0324552710579-0.06050982606140.1448228075740.01669784521460.338805597965-0.04417777433850.02194449670650.405097049626-0.07414425524060.27854650689218.715598067913.383456909654.923736996
52.866577405180.6990312173790.1600470263692.21674158418-0.1427182599223.17235988781-0.00524561153571-0.2918986184310.8629264243990.215487477920.02214526373220.132084014796-0.535328436181-0.0775715095181-0.0641640581230.547301831578-0.08822213418530.05131848122730.441364789923-0.1101488847490.67162189460816.863059110137.014879606158.0493291131
60.2748239991990.402919381954-0.5233820461487.1411379152-0.4223896269111.672271051620.1507082028230.277110450118-0.0732735063245-0.849207777079-0.113520646532-0.2477683752650.04822708875950.02108966432440.00925035334230.4002512892630.0498642377393-0.05307108649770.431929361978-0.06776993135360.41267606029818.7417602116-2.6701390333546.4997140999
72.34365616767-0.980628109483-0.2126029862293.970634084840.2973186660082.56685686193-0.0130613766155-0.0251607793474-0.369159126710.146412318038-0.1576445934480.4195719854260.140786167433-0.1534935259210.04653926949360.409167592656-0.001137141397840.01303637363620.359980662311-0.03899478613530.46222993573715.01260160357.1796049499148.3020980582
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 30 )1 - 301 - 30
22chain 'A' and (resid 31 through 48 )31 - 4831 - 48
33chain 'A' and (resid 49 through 93 )49 - 9349 - 93
44chain 'A' and (resid 94 through 169 )94 - 16994 - 169
55chain 'A' and (resid 170 through 213 )170 - 213170 - 213
66chain 'A' and (resid 214 through 240 )214 - 240214 - 237
77chain 'A' and (resid 241 through 266 )241 - 266238 - 263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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