+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n4w | |||||||||
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Title | Complex structure of ROTU4 with rotundine | |||||||||
Components | ROTU4 | |||||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Transcription Factor / Protein Engineering / Specificity / Synthetic Biology | |||||||||
Function / homology | rotundine Function and homology information | |||||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.64 Å | |||||||||
Authors | Kim, W. / Zhang, Y. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2022 Title: Using fungible biosensors to evolve improved alkaloid biosyntheses. Authors: d'Oelsnitz, S. / Kim, W. / Burkholder, N.T. / Javanmardi, K. / Thyer, R. / Zhang, Y. / Alper, H.S. / Ellington, A.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7n4w.cif.gz | 56.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7n4w.ent.gz | 37.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7n4w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n4w | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7n4zC 7n53C 7n54C 3vvxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22145.389 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (bacteria) Production host: Escherichia coli (E. coli) |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Chemical | ChemComp-GOL / |
#4: Chemical | ChemComp-P4V / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.45 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M MES PH range: 6.0 - 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.97741 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 6, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97741 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 1.64→50 Å / Num. obs: 39481 / % possible obs: 96 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.373 / Net I/σ(I): 7.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VVX Resolution: 1.64→46.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.919 / SU ML: 0.035 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.016 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.41 Å2 / Biso mean: 27.781 Å2 / Biso min: 15.5 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.64→46.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.64→1.681 Å / Rfactor Rfree error: 0
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