PDB-7n4p: Crystal Structure of Lizard Cadherin-23 EC1-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n4p

タイトル

Crystal Structure of Lizard Cadherin-23 EC1-2

要素

Cadherin 23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / ADHESION / CALCIUM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

inner ear receptor cell stereocilium organization / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / stereocilium / catenin complex / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / locomotory behavior / sensory perception of sound / membrane => GO:0016020 / cadherin binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Anolis carolinensis (グリーンアノール)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.097 Å

データ登録者

Nisler, C.R. / Sotomayor, M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2023
タイトル: Interpreting the Evolutionary Echoes of a Protein Complex Essential for Inner-Ear Mechanosensation.
著者: Nisler, C.R. / Narui, Y. / Scheib, E. / Choudhary, D. / Bowman, J.D. / Mandayam Bharathi, H. / Lynch, V.J. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2021年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年4月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n4p.cif.gz	100.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n4p.ent.gz	71.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sb6C 7scmC 7sgxC 8e51C 2whvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Cadherin 23

ヘテロ分子

24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.386, 43.386, 296.227
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-500- HOH

#1: タンパク質	Cadherin 23 分子量: 24267.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anolis carolinensis (グリーンアノール) 遺伝子: CDH23 / プラスミド: pET21a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIPL / 参照: UniProt: R4GAX0
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.67 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 1.1 M CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.097→50 Å / Num. obs: 17931 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.5 % / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 16.65
反射シェル	解像度: 2.097→2.14 Å / Num. unique obs: 736 / R_rim(I) all: 0.589 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WHV

2whv

解像度: 2.097→41.671 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 11.875 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2665	891	5.073 %
R_work	0.2108	16674	-
all	0.214	-	-
obs	-	17565	98.475 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.331 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.921 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.921 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.843 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.097→41.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1613	0	9	148	1770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1675
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.857	1.643	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.396	1.576	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.924	5	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.348	23.723	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.058	15	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.002	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	403
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	332
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	1520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	826
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.209	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.773	2.6	833
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.774	2.596	832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.797	3.885	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.796	3.889	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.011	2.855	842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.008	2.847	840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.218	4.177	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.219	4.176	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.67	31.887	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.252	31.171	1856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.097-2.151	0.405	46	0.307	1060	X-RAY DIFFRACTION	86.2042
2.151-2.21	0.403	50	0.28	1141	X-RAY DIFFRACTION	95.0519
2.21-2.274	0.33	52	0.263	1149	X-RAY DIFFRACTION	98.9292
2.274-2.344	0.375	52	0.241	1102	X-RAY DIFFRACTION	100
2.344-2.421	0.338	72	0.24	1100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.421-2.506	0.413	65	0.259	1013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.506-2.6	0.191	49	0.236	1041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.706	0.347	53	0.237	1007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.706-2.827	0.305	39	0.239	934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-2.964	0.303	46	0.235	921	X-RAY DIFFRACTION	99.8967
2.964-3.124	0.288	52	0.204	883	X-RAY DIFFRACTION	100
3.124-3.314	0.211	41	0.189	816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.314-3.542	0.238	55	0.201	766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.542-3.825	0.279	44	0.196	740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.825-4.189	0.268	40	0.165	675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.189-4.681	0.166	43	0.148	621	X-RAY DIFFRACTION	99.5502
4.681-5.402	0.214	25	0.174	583	X-RAY DIFFRACTION	99.6721
5.402-6.607	0.235	30	0.196	472	X-RAY DIFFRACTION	99.6032
6.607-9.307	0.199	27	0.196	392	X-RAY DIFFRACTION	99.0544
9.307-41.67	0.27	10	0.256	258	X-RAY DIFFRACTION	97.1014

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1418	-0.1159	-0.6903	0.5023	1.4831	8.8269	-0.0419	0.0532	-0.3247	0.0435	-0.0409	0.0613	0.624	0.023	0.0829	0.0628	0.0346	-0.0056	0.1402	-0.023	0.1055	3.4	4.424	-49.6238
2	0.8894	0.0747	1.2684	1.2625	1.7617	7.5736	-0.0242	0.1074	0.0551	0.2112	-0.1125	0.0983	0.2892	-0.7042	0.1367	0.0422	-0.0483	0.0265	0.2152	-0.0327	0.0561	2.3323	15.9494	-2.6669

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	302
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	303 - 304
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	102 - 206
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	305 - 306
6	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	301
7	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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