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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n3y | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Apn2 Catalytic Domain E59Q/D222N Mutant in Complex with DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / nuclease / DNA complex / EEP fold / APE2 homolog / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / phosphoric diester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / endonuclease activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å | ||||||
データ登録者 | Wojtaszek, J.L. / Krahn, J. / Wallace, B.D. / Williams, R.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Molecular basis for processing of topoisomerase 1-triggered DNA damage by Apn2/APE2. 著者: Williams, J.S. / Wojtaszek, J.L. / Appel, D.C. / Krahn, J. / Wallace, B.D. / Walsh, E. / Kunkel, T.A. / Williams, R.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n3y.cif.gz | 658.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n3y.ent.gz | 538.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n3y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/7n3y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/7n3y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7n3zC 3g0rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 47322.094 Da / 分子数: 4 / 変異: E59Q,D222N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: APN2, ETH1, YBL019W, YBL0443 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P38207, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 EFGH
#2: DNA鎖 | 分子量: 4046.927 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | | 分子量: 4055.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 6種, 107分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CA / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CIT / | #8: 化合物 | ChemComp-EDO / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium citrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.73→36.97 Å / Num. obs: 51375 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 67.86 Å2 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 18.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.73→2.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 4598 / Rrim(I) all: 0.891 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3G0R 解像度: 2.73→36.97 Å / SU ML: 0.333 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.917 立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 101.5 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.73→36.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.1379 Å / Origin y: 20.3876 Å / Origin z: 32.6817 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |