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- PDB-7n3y: Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Apn2 Catalytic Doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n3y
タイトルCrystal Structure of Saccharomyces cerevisiae Apn2 Catalytic Domain E59Q/D222N Mutant in Complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS)P*(AS))-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*(PST)P*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS))-3')
  • DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2
キーワードHYDROLASE/DNA / nuclease / DNA complex / EEP fold / APE2 homolog / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / phosphoric diester hydrolase activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / endonuclease activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, GRF-type / GRF zinc finger / Zinc finger GRF-type profile. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase ...Zinc finger, GRF-type / GRF zinc finger / Zinc finger GRF-type profile. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / D(-)-TARTARIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / DNA / DNA (> 10) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Wojtaszek, J.L. / Krahn, J. / Wallace, B.D. / Williams, R.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1Z01ES102765 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for processing of topoisomerase 1-triggered DNA damage by Apn2/APE2.
著者: Williams, J.S. / Wojtaszek, J.L. / Appel, D.C. / Krahn, J. / Wallace, B.D. / Walsh, E. / Kunkel, T.A. / Williams, R.S.
履歴
登録2021年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2
C: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2
D: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2
E: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*(PST)P*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS))-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*(PST)P*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS))-3')
G: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*(PST)P*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS))-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS)P*(AS))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,38015
ポリマ－205,4858
非ポリマー8957
水1,802100
1
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2
E: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*(PST)P*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS))-3')
F: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*(PST)P*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,3329
ポリマ－102,7384
非ポリマー5945
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2
D: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2
G: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*(PST)P*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS))-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS)P*(AS))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0476
ポリマ－102,7474
非ポリマー3002
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.408, 101.473, 144.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease 2 / AP endonuclease 2 / Apurinic-apyrimidinic endonuclease 2


分子量: 47322.094 Da / 分子数: 4 / 変異: E59Q,D222N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: APN2, ETH1, YBL019W, YBL0443 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P38207, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 EFGH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*(PST)P*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS))-3')


分子量: 4046.927 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*(PST)P*(SC)P*(GS)P*(GS)P*(AS))-3')


分子量: 4055.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 107分子

#4: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M sodium citrate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→36.97 Å / Num. obs: 51375 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 67.86 Å2 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.73→2.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 4598 / Rrim(I) all: 0.891

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G0R

3g0r


解像度: 2.73→36.97 Å / SU ML: 0.333 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.917
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1894 3.69 %
Rwork0.2 --
obs0.201 51347 95.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 101.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→36.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11597 1036 58 100 12791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6117862
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9044734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0472014
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042140
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.73-2.80.31791120.28032989X-RAY DIFFRACTION81
2.8-2.870.28541380.26353607X-RAY DIFFRACTION98
2.87-2.960.32351390.25773584X-RAY DIFFRACTION98
2.96-3.050.2791410.24553574X-RAY DIFFRACTION98
3.05-3.160.26841430.25323640X-RAY DIFFRACTION98
3.16-3.290.27121360.21983569X-RAY DIFFRACTION97
3.29-3.440.21891320.21093572X-RAY DIFFRACTION97
3.44-3.620.22531420.20253597X-RAY DIFFRACTION97
3.62-3.840.2571310.19773599X-RAY DIFFRACTION97
3.84-4.140.22651380.18563560X-RAY DIFFRACTION97
4.14-4.560.22221320.17583564X-RAY DIFFRACTION96
4.56-5.210.19651390.1763555X-RAY DIFFRACTION96
5.21-6.560.22491350.20263544X-RAY DIFFRACTION95
6.56-36.970.19471360.18263499X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.1379 Å / Origin y: 20.3876 Å / Origin z: 32.6817 Å
111213212223313233
T0.5193 Å20.0399 Å2-0.0076 Å2-0.6846 Å2-0.0636 Å2--0.6381 Å2
L0.5839 °20.0274 °2-0.1047 °2-0.2225 °20.0158 °2--0.3844 °2
S0.0023 Å °-0.5048 Å °0.0482 Å °0.0926 Å °0.012 Å °-0.0062 Å °-0.0181 Å °0.199 Å °-0.0072 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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