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- PDB-7n3r: The ternary complex of human Bisphosphoglycerate mutase with 3-ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n3r
タイトルThe ternary complex of human Bisphosphoglycerate mutase with 3-phosphoglycerate and 2-phosphoglycolate
要素Bisphosphoglycerate mutase
キーワードISOMERASE / BPGM / Bisphosphoglycerate mutase / 2 / 3-bisphosphoglycerate phosphatase / 3-phosphoglycerate / 2-phosphoglycolate / erythrocyte
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate derivative catabolic process / bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / neuroinflammatory response / establishment of blood-brain barrier / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Glycolysis / defense response to protozoan ...carbohydrate derivative catabolic process / bisphosphoglycerate mutase / bisphosphoglycerate mutase activity / phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent) / 2,3-bisphosphoglycerate-dependent phosphoglycerate mutase activity / neuroinflammatory response / establishment of blood-brain barrier / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Glycolysis / defense response to protozoan / oxygen transport / erythrocyte development / glycolytic process / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate mutase 1 / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / Bisphosphoglycerate mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Aljahdali, A.S. / Musayev, F.N. / Safo, M.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)R01MD009124 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Molecular insight into 2-phosphoglycolate activation of the phosphatase activity of bisphosphoglycerate mutase.
著者: Aljahdali, A.S. / Musayev, F.N. / Burgner 2nd, J.W. / Ghatge, M.S. / Shekar, V. / Zhang, Y. / Omar, A.M. / Safo, M.K.
履歴
登録2021年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bisphosphoglycerate mutase
B: Bisphosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7355
ポリマ－62,2372
非ポリマー4983
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.072, 70.865, 159.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bisphosphoglycerate mutase / BPGM / 2 / 3-bisphosphoglycerate mutase / erythrocyte / 3-bisphosphoglycerate synthase / 3- ...BPGM / 2 / 3-bisphosphoglycerate mutase / erythrocyte / 3-bisphosphoglycerate synthase / 3-diphosphoglycerate mutase / DPGM / BPG-dependent PGAM


分子量: 31118.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPGM / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: P07738, bisphosphoglycerate mutase, phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-dependent)
#2: 化合物 ChemComp-3PG / 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 3-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M BIS TRIS propane, 18% polyethylene glycol 8000, 10% v/v polyethylene glycol 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→27.65 Å / Num. obs: 29181 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 33.23 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 2677 / CC1/2: 0.916 / Rpim(I) all: 0.181 / Rrim(I) all: 0.524 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.61 Å27.65 Å
Translation4.61 Å27.65 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrysalisPro41_64_69aデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H4Z

2h4z


解像度: 2.25→27.648 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1466 5.05 %
Rwork0.2025 27539 -
obs0.206 29005 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.32 Å2 / Biso mean: 41.7833 Å2 / Biso min: 13.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→27.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4028 0 29 249 4306
Biso mean--52.1 41.01 -
残基数----492
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.25-2.33040.37331450.3229274299
2.3304-2.42370.32981440.2625271599
2.4237-2.53390.35171540.2499275099
2.5339-2.66740.31111410.24022728100
2.6674-2.83440.29071490.2306274899
2.8344-3.0530.31811340.2342275599
3.053-3.35970.29261460.2236276599
3.3597-3.84480.24521330.1903278099
3.8448-4.83980.24381430.1524275697
4.8398-27.6480.22761770.1665280095

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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