PDB-7n2y: Crystal Structure of a de Novo Three-stranded Coiled Coil Peptide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n2y

タイトル

Crystal Structure of a de Novo Three-stranded Coiled Coil Peptide Containing a dual Tris-thiolate Binding Site for Heavy Metal Complexes

要素

Apo-(GRAND CoilSerL16CL23C)3

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Three-straded coiled coil 3SCC Tris-thiolate sites de novo peptide Heavy metal binding

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Open Reading Frame 1 Protein of the Human Long Interspersed Nuclear Element 1 Retrotransposon Binds Multiple Equivalents of Lead.
著者: Pinter, T.B.J. / Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Deb, A. / Penner-Hahn, J.E. / Pecoraro, V.L.

履歴

登録	2021年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n2y.cif.gz	20.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n2y.ent.gz	11.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n2y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7n2y_validation.pdf.gz	918.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n2y_full_validation.pdf.gz	918.7 KB	表示
XML形式データ	7n2y_validation.xml.gz	3.8 KB	表示
CIF形式データ	7n2y_validation.cif.gz	4.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/7n2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/7n2y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n2zC 6eglS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL23C)3

ヘテロ分子

4.17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL23C)3

ヘテロ分子

A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL23C)3

ヘテロ分子

A: Apo-(GRAND CoilSerL16CL23C)3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry
12.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.328, 38.328, 141.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-209- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Apo-(GRAND CoilSerL16CL23C)3 分子量: 4104.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 and 25% (w/v) PEG-1000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.08→20 Å / Num. obs: 2603 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 47.19 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.088 / Χ²: 1.056 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 38222

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.08-2.12	15.4	0.713	113	0.946	0.181	0.736	0.73	100
2.12-2.15	15.3	0.524	135	0.976	0.134	0.541	0.761	100
2.15-2.2	15.5	0.449	119	0.981	0.114	0.464	0.795	100
2.2-2.24	15.6	0.366	129	0.98	0.093	0.377	0.816	100
2.24-2.29	15.7	0.273	128	0.992	0.069	0.282	0.884	100
2.29-2.34	15.7	0.274	124	0.991	0.069	0.283	0.844	100
2.34-2.4	15.5	0.241	137	0.993	0.062	0.249	0.903	100
2.4-2.47	15.9	0.214	119	0.993	0.054	0.221	1	100
2.47-2.54	15.7	0.179	126	0.993	0.046	0.185	1.044	100
2.54-2.62	15.2	0.174	130	0.997	0.045	0.179	1.016	100
2.62-2.71	15.3	0.149	128	0.997	0.038	0.154	1.126	100
2.71-2.82	15.1	0.134	128	0.996	0.035	0.138	1.135	100
2.82-2.95	14.6	0.121	132	0.996	0.033	0.126	1.358	100
2.95-3.1	14.4	0.106	127	0.998	0.029	0.11	1.298	100
3.1-3.3	13.8	0.088	132	0.999	0.025	0.092	1.356	100
3.3-3.55	13.8	0.078	133	0.997	0.022	0.082	1.367	100
3.55-3.91	13.9	0.072	131	0.997	0.02	0.075	1.225	100
3.91-4.47	13.3	0.066	137	0.999	0.018	0.069	1.124	100
4.47-5.61	13.1	0.066	139	1	0.019	0.069	1.237	98.6
5.61-20	12	0.065	156	0.992	0.022	0.07	1.206	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6EGL

6egl

解像度: 2.08→17.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU R Cruickshank DPI: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.256 / SU R_free Blow DPI: 0.188 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.176

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	125	4.8 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.216	2602	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.77 Å² / B_iso mean: 58.46 Å² / B_iso min: 35.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.1347 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.1347 Å²	0 Å²
3-	-	-	-14.2693 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.08→17.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	283	0	1	24	308
B_iso mean	-	-	53.89	56.86	-
残基数	-	-	-	-	36

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	123	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	53	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	299	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	38	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	358	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	299	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	401	HARMONIC	2	1.1
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.07
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				25.06

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.22 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4033	18	4.15 %
R_work	0.231	416	-
all	0.2372	434	-
obs	-	-	99.08 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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