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- PDB-7n2z: Crystal Structure of a de Novo Three-stranded Coiled Coil Peptide... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n2z | ||||||
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Title | Crystal Structure of a de Novo Three-stranded Coiled Coil Peptide Containing Trigonal Pyrmidal Pb(II) complexes in the dual Tris-thiolate Site | ||||||
![]() | Pb(II)2-(GRAND CoilSerL16CL23C)3 | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Three-stranded Coiled Coil / 3SCC / Trigonal Pyramidal Lead Complexes / de Novo Protein / Desinged Protein / Heavy Metal Sites in Protein | ||||||
Function / homology | LEAD (II) ION![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Pecoraro, V.L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Open Reading Frame 1 Protein of the Human Long Interspersed Nuclear Element 1 Retrotransposon Binds Multiple Equivalents of Lead. Authors: Pinter, T.B.J. / Ruckthong, L. / Stuckey, J.A. / Deb, A. / Penner-Hahn, J.E. / Pecoraro, V.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 23.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 13.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 4.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 6.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7n2yC ![]() 6eglS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 4104.785 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.4 Details: 40% (v/v) PEG-400, sodium acetate buffer pH 4.5 at a final well solution pH 5.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: C(111) / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 15, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.29→50 Å / Num. obs: 10269 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 15.4 % / Biso Wilson estimate: 17.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 157731 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6EGL Resolution: 1.29→24.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU R Cruickshank DPI: 0.048 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.056 / SU Rfree Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.045
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Displacement parameters | Biso max: 158.65 Å2 / Biso mean: 26.5 Å2 / Biso min: 13.07 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.29→24.02 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.29→1.31 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25
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