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- PDB-7n27: Crystal Structure of chromodomain of CDYL in complex with inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n27
タイトルCrystal Structure of chromodomain of CDYL in complex with inhibitor UNC6261
要素
  • Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
  • inhibitor UNC6261
キーワードTRANSCRIPTION / Chromodomain Y-like protein / transcription regulation / spermatogenesis / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptidyl-lysine crotonylation / (2E)-butenoyl-CoA hydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / random inactivation of X chromosome / spermatid development / transcription corepressor activity / chromosome / spermatogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear speck ...negative regulation of peptidyl-lysine crotonylation / (2E)-butenoyl-CoA hydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / random inactivation of X chromosome / spermatid development / transcription corepressor activity / chromosome / spermatogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear speck / chromatin binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Chromo/chromo shadow domain ...: / Chromo domain, conserved site / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromodomain Y-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Beldar, S. / Dong, A. / Loppnau, P. / Min, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of chromodomain of CDYL in complex with inhibitor UNC6261
著者: Beldar, S. / Dong, A. / Loppnau, P. / Min, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2021年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
G: inhibitor UNC6261
B: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
H: inhibitor UNC6261
C: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
I: inhibitor UNC6261
D: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
J: inhibitor UNC6261
E: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
K: inhibitor UNC6261
F: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
L: inhibitor UNC6261
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,32116
ポリマ－48,27512
非ポリマー464
水1,24369
1
A: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
G: inhibitor UNC6261
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0693
ポリマ－8,0462
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area4360 Å2
手法PISA
2
B: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
H: inhibitor UNC6261


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0462
ポリマ－8,0462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area4500 Å2
手法PISA
3
C: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
I: inhibitor UNC6261


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0462
ポリマ－8,0462
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4490 Å2
手法PISA
4
D: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
J: inhibitor UNC6261
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0694
ポリマ－8,0462
非ポリマー232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4700 Å2
手法PISA
5
E: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
K: inhibitor UNC6261


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0462
ポリマ－8,0462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area4290 Å2
手法PISA
6
F: Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein
L: inhibitor UNC6261


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0463
ポリマ－8,0462
非ポリマー01
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area4610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.971, 76.386, 80.628
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Isoform 2 of Chromodomain Y-like protein / CDY-like / Crotonyl-CoA hydratase


分子量: 7125.817 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDYL, CDYL1 / プラスミド: pGEX-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y232, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: タンパク質・ペプチド
inhibitor UNC6261


分子量: 919.979 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.76 % / Mosaicity: 0.837 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5M Na Formate, 0.1M Bis-Tris propane pH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 33365 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V41

6v41


解像度: 1.85→48.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.421 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1542 4.6 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.227 31770 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.86 Å20 Å20 Å2
2---2.27 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3191 0 4 69 3264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0143293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0192732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.7514469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4271.7526304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9385362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.61621.971208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23915473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0141527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023679
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 86 -
Rwork0.336 2054 -
obs--87.13 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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