PDB-7n25: NMR structure of EpI-OH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n25

タイトル

NMR structure of EpI-OH

要素

Alpha-conotoxin EpI-OH

キーワード

TOXIN / alpha-conotoxin / CC-C-C framework / alpha4/7 pattern / sulfotyrosine

生物種

Conus episcopatus (ソウジュウイモ)

手法

溶液NMR / simulated annealing / na

Model details

EpI, sulfated, C-terminal acid

データ登録者

Conibear, A.C. / Rosengren, K.J. / Lee, H.S.

資金援助

オーストラリア, 2件

組織	認可番号	国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)	616535	オーストラリア
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)	613982	オーストラリア

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2021
タイトル: Posttranslational modifications of alpha-conotoxins: sulfotyrosine and C-terminal amidation stabilise structures and increase acetylcholine receptor binding.
著者: Ho, T.N.T. / Lee, H.S. / Swaminathan, S. / Goodwin, L. / Rai, N. / Ushay, B. / Lewis, R.J. / Rosengren, K.J. / Conibear, A.C.

履歴

登録	2021年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n25.cif.gz	78.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n25.ent.gz	55.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7n25_validation.pdf.gz	507.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7n25_full_validation.pdf.gz	538.7 KB	表示
XML形式データ	7n25_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	7n25_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/7n25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/7n25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7n0tC 7n1zC 7n20C 7n21C 7n22C 7n23C 7n24C 7n26C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5gwl-d 2mxh-d 2n07-d 7d0z-d 2ak0-d 7edk-d 6d37-d 1nzs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 30921NMR structure of EpI-OH

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-conotoxin EpI-OH

1.87 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin EpI-OH 分子量: 1873.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase peptide synthesis / 由来: (合成) Conus episcopatus (ソウジュウイモ)
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	1H-15N HSQC
1	4	1	isotropic	1	1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 1.0 mg/mL Alpha-conotoxin EpI-[Y(SO3)15Y]-NH2, 10 uM DSS, 90% H2O/10% D2O
詳細: 90% H2O, 10% D2O, 10 uM 2,2-dimethyl-2-silapentane-5-sulfonate sodium salt (DSS), pH 6.0
Label: CX0011 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.0 mg/mL	Alpha-conotoxin EpI-[Y(SO3)15Y]-NH2	natural abundance	1
10 uM	DSS	natural abundance	1

試料状態

イオン強度: 5 mM / Label: aqueous / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS		Brunger A. T. et.al.	精密化
CYANA	3.98.13	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CcpNmr Analysis	v3	CCPN	chemical shift assignment

精密化

手法	ソフトェア番号	詳細
simulated annealing	2	torsion angle simulated annealing, ensemble contains 20 structures with the best MolProbity scores, minimum energies and no violations
na	1	minimised in a water shell

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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