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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n1s | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of Xac Nucleotide Pyrophosphatase/Phosphodiesterase | ||||||
要素 | Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / enzyme / nucleotide / pyrophosphatase / phosphodiesterase / bacterial | ||||||
機能・相同性 | Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / transferase activity / hydrolase activity / Alkaline phosphatase family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xanthomonas citri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Fernandez, D. / Li, L. / Brown, J.A. / Carozza, J.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: ENPP1's regulation of extracellular cGAMP is a ubiquitous mechanism of attenuating STING signaling. 著者: Carozza, J.A. / Cordova, A.F. / Brown, J.A. / AlSaif, Y. / Bohnert, V. / Cao, X. / Mardjuki, R.E. / Skariah, G. / Fernandez, D. / Li, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n1s.cif.gz | 161.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n1s.ent.gz | 125 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n1s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7n1s_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7n1s_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7n1s_validation.xml.gz | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7n1s_validation.cif.gz | 39.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n1s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7mw8C 2gsuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 45 - 425 / Label seq-ID: 2 - 382
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41749.039 Da / 分子数: 2 / 変異: H214A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / 遺伝子: XAC3562_610174 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U5FM15 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3350, bis-tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→66.606 Å / Num. all: 45218 / Num. obs: 45218 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.109 / Rsym value: 0.101 / Net I/av σ(I): 4.9 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 328450 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2GSU 解像度: 2→30.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.2386 / WRfactor Rwork: 0.1957 / FOM work R set: 0.7108 / SU B: 7.608 / SU ML: 0.193 / SU R Cruickshank DPI: 0.2435 / SU Rfree: 0.1945 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.41 Å2 / Biso mean: 44.528 Å2 / Biso min: 23.99 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→30.61 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 45434 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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