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- PDB-7mw8: Crystal Structure Analysis of Xac Nucleotide Pyrophosphatase/Phos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mw8
タイトルCrystal Structure Analysis of Xac Nucleotide Pyrophosphatase/Phosphodiesterase
要素
  • Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
  • pApG
キーワードHYDROLASE / enzyme / nucleotide / pyrophosphatase / phosphodiesterase / bacterial
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate-containing compound metabolic process / transferase activity / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas citri (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Fernandez, D. / Li, L. / Brown, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1209045-100-PAMNF 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: ENPP1's regulation of extracellular cGAMP is a ubiquitous mechanism of attenuating STING signaling.
著者: Carozza, J.A. / Cordova, A.F. / Brown, J.A. / AlSaif, Y. / Bohnert, V. / Cao, X. / Mardjuki, R.E. / Skariah, G. / Fernandez, D. / Li, L.
履歴
登録2021年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
B: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
C: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
A: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
E: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
F: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
J: pApG
K: pApG
L: pApG
M: pApG
N: pApG
O: pApG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,52524
ポリマ－279,74012
非ポリマー78512
水7,188399
1
D: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
K: pApG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7544
ポリマ－46,6232
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area14730 Å2
手法PISA
2
B: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
L: pApG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7544
ポリマ－46,6232
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area14710 Å2
手法PISA
3
C: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
M: pApG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7544
ポリマ－46,6232
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area14980 Å2
手法PISA
4
A: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
J: pApG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7544
ポリマ－46,6232
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area14550 Å2
手法PISA
5
E: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
N: pApG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7544
ポリマ－46,6232
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area14820 Å2
手法PISA
6
F: Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase
O: pApG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7544
ポリマ－46,6232
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area15240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.420, 66.719, 134.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.250, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Phosphodiesterase-nucleotide pyrophosphatase


分子量: 45993.855 Da / 分子数: 6 / 変異: T90A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / 遺伝子: XAC3562_610174 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U5FM15
#2: RNA鎖
pApG


分子量: 629.454 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 3350, Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.18076 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日 / 詳細: Rh coated collimating mirrors, K-B focusing mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→121.042 Å / Num. all: 155855 / Num. obs: 155855 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.9 % / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.16 / Rsym value: 0.132 / Net I/av σ(I): 2.1 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 449161
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-22.60.5961.156237212380.4070.7250.5961.189.1
2-2.122.70.411.656001207930.280.4980.411.792
2.12-2.272.60.2951.551002195620.210.3650.2952.292.5
2.27-2.4530.2522.357508192160.1680.3050.2522.997
2.45-2.693.10.207255156178580.1380.250.2073.998.3
2.69-330.1842.948939162300.1230.2220.1844.898.4
3-3.472.90.1443.740740140590.0980.1750.1445.996.6
3.47-4.253.20.1142.538840122430.0770.1380.1147.399.1
4.25-6.0130.0845.92803793410.0580.1030.0847.297
6.01-38.993.10.0743.71670153150.0480.0890.0746.798.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GSU

2gsu


解像度: 1.9→30.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 8.479 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 7565 4.9 %RANDOM
Rwork0.2429 ---
obs0.2458 147590 94.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.72 Å2 / Biso mean: 37.325 Å2 / Biso min: 15.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.83 Å20 Å20.24 Å2
2--1.26 Å2-0 Å2
3---1.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→30.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17587 0 127 399 18113
Biso mean--31.35 32.46 -
残基数----2301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01918319
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0216951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.94725047
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.182338833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.13452302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55222.442823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.039152630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3715173
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.22648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02121055
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024400
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 493 -
Rwork0.369 9995 -
all-10488 -
obs--87.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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